+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5t5o | |||||||||
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Title | LECTIN FROM BAUHINIA FORFICATA IN COMPLEX WITH TN-PEPTIDE | |||||||||
Components |
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Keywords | SUGAR BINDING PROTEIN / LEGUME LECTIN / CONCANAVALIN A / GALNAC-SPECIFIC / LIGAND-FREE | |||||||||
Function / homology | Function and homology information | |||||||||
Biological species | Bauhinia forficata (plant) Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.75 Å | |||||||||
Authors | Lubkowski, J. / Wlodawer, A. | |||||||||
Citation | Journal: FEBS J. / Year: 2017 Title: Structural analysis and unique molecular recognition properties of a Bauhinia forficata lectin that inhibits cancer cell growth. Authors: Lubkowski, J. / Durbin, S.V. / Silva, M.C. / Farnsworth, D. / Gildersleeve, J.C. / Oliva, M.L. / Wlodawer, A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5t5o.cif.gz | 922.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5t5o.ent.gz | 780.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5t5o.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5t5o_validation.pdf.gz | 573.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5t5o_full_validation.pdf.gz | 591.7 KB | Display | |
Data in XML | 5t5o_validation.xml.gz | 81.9 KB | Display | |
Data in CIF | 5t5o_validation.cif.gz | 111.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/5t5o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/5t5o | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5t50C 5t52C 5t54C 5t55C 5t5jC 5t5lC 5t5pC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper:
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Details | DIMER AS DETERMINED BY ANALYTICAL ULTRACENTRIFUGATION |
-Components
#1: Protein | Mass: 27143.914 Da / Num. of mol.: 10 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bauhinia forficata (plant) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P86993 #2: Protein/peptide | Mass: 459.495 Da / Num. of mol.: 10 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) #3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Sugar | ChemComp-A2G / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.85 Å3/Da / Density % sol: 56.88 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: PROTEIN CONCENTRATION 5-8 MG/ML IN 0.05 M HEPES BUFFER (pH 7.5) AND 0.15 M NACL, PRECIPITANT: 24% (W/W) PEG1500, 0.2 M L-PROLINE, 0.1 M HEPES (pH 7.5), DROPLETS RATIO: 1:1 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Oct 12, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.75→50 Å / Num. obs: 85387 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.124 / Χ2: 0.904 / Net I/av σ(I): 14.45 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 489032 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.75→49.384 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 27.98 / SU ML: 0.258 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.357 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 117.13 Å2 / Biso mean: 58.07 Å2 / Biso min: 10.92 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.75→49.384 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 3478 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: TIGHT THERMAL / Weight position: 0.5
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LS refinement shell | Resolution: 2.75→2.774 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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