PDB-5ls2: Receptor mediated chitin perception in legumes is functionally se...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ls2

タイトル

Receptor mediated chitin perception in legumes is functionally seperable from Nod factor perception

要素

LysM type receptor kinase

キーワード

PLANT PROTEIN / LysM domain / chitin binding / plant defence

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane receptor protein kinase activity / innate immune response / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Lotus japonicus (エボシグサ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Bozsoki, Z. / Cheng, J. / Feng, F. / Gysel, K. / Andersen, K.R. / Oldroyd, G. / Blaise, M. / Radutoiu, S. / Stougaard, J.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Receptor-mediated chitin perception in legume roots is functionally separable from Nod factor perception.
著者: Bozsoki, Z. / Cheng, J. / Feng, F. / Gysel, K. / Vinther, M. / Andersen, K.R. / Oldroyd, G. / Blaise, M. / Radutoiu, S. / Stougaard, J.

履歴

登録	2016年8月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ls2.cif.gz	173.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ls2.ent.gz	139.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ls2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/5ls2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/5ls2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ebyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4awf-3 4nfz-2 4awf-4 6ydd-1 4hnh-1 5acj-d 4rxv-d 5nls-d 2xtt-d 2h0r-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: LysM type receptor kinase

B: LysM type receptor kinase

ヘテロ分子

47.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LysM type receptor kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: LysM type receptor kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.290, 130.690, 53.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.70, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

LysM type receptor kinase

分子量: 22292.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Lotus japonicus (エボシグサ) / 遺伝子: LYS6
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: D3KTZ6

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.73 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.2M ammonium sulfate, 28% peg 2000 MME, 0.1 M sodium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→29.218 Å / Num. obs: 26292 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 44.64 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 15.07
反射シェル	解像度: 2.3→2.382 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.8601 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / CC_1/2: 0.769 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4EBY

4eby

解像度: 2.3→29.218 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2182	2000	7.61 %
R_work	0.1835	-	-
obs	0.1862	26280	99.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.218 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3000	0	178	132	3310

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	3258
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.451	4467
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.422	1189
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	528
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	571

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2998-2.3573	0.2879	142	0.2664	1729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3573-2.421	0.3096	142	0.257	1723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.421-2.4922	0.3021	142	0.2459	1715	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4922-2.5726	0.3116	143	0.2504	1739	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5726-2.6645	0.265	145	0.2388	1752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6645-2.7711	0.3465	140	0.2509	1705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7711-2.8971	0.2591	142	0.2445	1727	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8971-3.0497	0.2978	145	0.2322	1752	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0497-3.2405	0.2562	143	0.2108	1740	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2405-3.4904	0.2265	143	0.1936	1736	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4904-3.8409	0.1908	143	0.1672	1744	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8409-4.3951	0.1742	142	0.142	1730	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3951-5.5312	0.1668	144	0.1334	1741	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5312-29.2208	0.1711	144	0.156	1747	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.9994	-1.8949	1.051	7.7884	-3.3186	3.2503	0.1552	-0.2092	-0.3331	0.9871	0.2657	-0.0906	0.0148	0.4242	-0.4719	0.5647	0.0283	-0.0952	0.2969	-0.0579	0.4205	27.7152	-15.2045	73.4216
2	2.7494	0.4658	1.935	7.9314	-2.0173	2.3569	-0.2202	-0.1219	0.4776	0.3489	0.1224	-2.1855	0.0736	0.9454	0.0734	0.5043	-0.0045	-0.1544	0.5435	-0.068	0.7025	39.0178	-15.4857	72.6717
3	5.3693	4.6714	-0.211	4.927	0.5778	7.0714	-0.0496	-0.5551	-0.1409	1.4214	-0.3504	-1.1175	-0.5382	1.0872	0.3293	0.9597	-0.053	-0.4137	0.6223	-0.0202	0.754	36.0743	-10.4903	83.8094
4	6.6901	0.074	2.8989	5.6075	-3.7825	9.5638	0.2946	0.5404	-0.522	0.3028	0.1933	0.0593	-0.5801	0.5946	-0.5004	0.3024	0.0984	-0.0209	0.2674	-0.092	0.3898	26.7259	-14.016	67.2725
5	3.7649	-2.9863	0.0876	6.5765	-0.9729	2.1607	0.2098	0.1364	-0.3451	-0.1551	-0.1843	-0.1762	0.4008	0.2027	-0.0183	0.494	0.0511	-0.064	0.41	-0.043	0.4274	28.9082	-24.4501	67.2465
6	5.5398	-1.0112	-1.8302	5.3471	-0.4912	7.2515	-0.0319	-0.4436	0.0101	0.5481	0.0747	0.1822	0.2429	-0.2362	-0.0419	0.5526	-0.0256	0.0013	0.386	-0.0156	0.3555	15.9949	-13.4152	81.1677
7	4.1812	-0.1188	-0.7451	6.721	-1.6894	4.4292	-0.0247	-0.1538	-0.2109	0.3262	0.0333	-0.4215	0.0077	-0.1008	0.0036	0.4995	-0.0015	-0.0393	0.374	-0.0441	0.3009	18.8512	-10.85	76.5203
8	4.2264	1.1067	-1.4623	9.0472	-5.6152	5.6132	0.2548	0.1131	0.3553	-0.0587	-0.0379	0.537	-0.3448	0.3655	-0.2381	0.4348	-0.0351	-0.0333	0.3998	-0.0824	0.3906	19.1871	9.0549	49.7766
9	6.0915	-1.2739	-0.5287	5.9981	-2.8731	4.4349	0.186	-0.228	0.969	0.9769	-0.2963	-0.4632	-0.9111	0.607	0.0583	0.6531	-0.2577	-0.0421	0.549	-0.016	0.5614	26.0845	17.3061	52.0642
10	2.4575	-1.2484	0.0809	5.2315	-2.4136	6.5473	-0.0352	0.091	0.2781	0.1755	0.0273	0.3929	-0.381	0.1504	-0.0882	0.285	-0.0785	-0.0207	0.2977	-0.0732	0.3329	20.7927	11.0591	50.3015
11	2.526	-1.5075	0.0263	2.1453	-2.1196	3.7402	0.1797	0.0491	0.7038	0.8158	0.3139	1.3159	-1.1772	-0.2602	-0.3619	0.813	0.0068	0.1095	0.4814	0.0354	0.8965	8.0251	17.069	52.7284
12	2.1015	0.7345	-1.7755	0.2613	-0.6431	1.6067	-0.1451	-0.0756	-0.1514	1.0617	0.4724	1.5743	-0.6313	-0.7755	-0.1292	0.5249	0.0963	0.2715	0.5405	0.1581	0.9613	4.977	12.6171	51.6178
13	2.1523	0.1229	0.1295	3.7652	-0.8368	3.73	0.1139	0.1269	0.356	0.0461	0.0413	0.701	-0.414	-0.0811	-0.082	0.3327	-0.0239	0.0179	0.3131	0.0112	0.4352	13.7823	7.0243	49.1943
14	6.6391	-3.107	-0.5591	7.3543	-3.6548	6.2821	-0.1342	0.3069	0.0652	-0.6658	-0.0292	-0.4523	0.4047	0.6453	0.1882	0.3992	-0.0062	-0.0085	0.4036	-0.0623	0.3076	22.7166	-3.0998	38.3265
15	5.9311	-0.9187	1.0001	6.4356	-1.0657	5.5037	0.0385	-0.0609	0.3343	-0.2338	-0.0913	-0.1262	0.2155	0.1399	0.0559	0.2776	-0.021	0.0543	0.3437	-0.0142	0.2354	21.8788	0.271	45.1246

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 27 through 46 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 47 through 61 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 62 through 83 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 84 through 97 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 98 through 165 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 166 through 195 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 196 through 221 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 27 through 46 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 47 through 75 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 76 through 97 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 98 through 118 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 119 through 137 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 138 through 176 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 177 through 195 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 196 through 222 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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