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- PDB-4hnh: The crystal structure of a short-chain dehydrogenases/reductase (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hnh
タイトルThe crystal structure of a short-chain dehydrogenases/reductase (wide type) from Veillonella parvula DSM 2008 in complex with NADP
要素NAD-dependent epimerase/dehydratase
キーワードISOMERASE / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
NAD(P)H-binding / NAD(P)-binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / TRIETHYLAMMONIUM ION / NAD-dependent epimerase/dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Veillonella parvula (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.576 Å
データ登録者Tan, K. / Hatzos-Skintges, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a short-chain dehydrogenases/reductase (wide type) from Veillonella parvula DSM 2008 in complex with NADP.
著者: Tan, K. / Hatzos-Skintges, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2012年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月7日Group: Data collection
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent epimerase/dehydratase
B: NAD-dependent epimerase/dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,44213
ポリマ－49,3682
非ポリマー2,07411
水7,999444
1
A: NAD-dependent epimerase/dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8318
ポリマ－24,6841
非ポリマー1,1477
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: NAD-dependent epimerase/dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6115
ポリマ－24,6841
非ポリマー9274
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.219, 71.687, 65.016
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.44, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS EXPERIMENTALLY UNKNOWN. IT IS PREDICTED TO BE MONOMERIC.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 NAD-dependent epimerase/dehydratase


分子量: 24683.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Veillonella parvula (バクテリア)
株: DSM 2008 / 遺伝子: Vpar_0111 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: D1BQI7

-
非ポリマー , 6種, 455分子

#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 化合物 ChemComp-TEA / TRIETHYLAMMONIUM ION / トリエチルアンモニウム


分子量: 102.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H16N
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 444 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.07 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2M Sodium Chloride, 0.1M Bis-Tris:HCl, 25% (w/v) PEG3350, 10mM NADP, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月11日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→29 Å / Num. all: 57582 / Num. obs: 57582 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 1.58→1.61 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.523 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2635 / % possible all: 90.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY: 3R14

3r14
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.576→28.999 Å / SU ML: 0.48 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2029 2916 5.06 %random
Rwork0.1749 ---
obs0.1763 57579 97.51 %-
all-57579 --
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.22 Å2 / ksol: 0.366 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4596 Å2-0 Å24.3211 Å2
2---2.6407 Å2-0 Å2
3---3.1003 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.576→28.999 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3429 0 132 444 4005
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063790
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0555195
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4151454
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066593
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004657
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.576-1.60190.35031120.32492110X-RAY DIFFRACTION80
1.6019-1.62950.36991450.31892543X-RAY DIFFRACTION95
1.6295-1.65910.32111450.29042553X-RAY DIFFRACTION97
1.6591-1.6910.30021400.27312590X-RAY DIFFRACTION98
1.691-1.72550.28331420.23642639X-RAY DIFFRACTION98
1.7255-1.76310.26431510.21862607X-RAY DIFFRACTION98
1.7631-1.80410.25511380.21222619X-RAY DIFFRACTION98
1.8041-1.84920.2421460.19982572X-RAY DIFFRACTION98
1.8492-1.89920.21781400.1762622X-RAY DIFFRACTION98
1.8992-1.9550.23621280.17872630X-RAY DIFFRACTION99
1.955-2.01810.23531460.16842647X-RAY DIFFRACTION99
2.0181-2.09020.20011340.16872651X-RAY DIFFRACTION99
2.0902-2.17390.21821330.16952644X-RAY DIFFRACTION99
2.1739-2.27280.20691480.16082620X-RAY DIFFRACTION99
2.2728-2.39260.16941290.16412683X-RAY DIFFRACTION99
2.3926-2.54240.22131300.16662652X-RAY DIFFRACTION100
2.5424-2.73860.23811390.17342665X-RAY DIFFRACTION99
2.7386-3.01390.18991540.17372662X-RAY DIFFRACTION100
3.0139-3.44940.18121430.15912682X-RAY DIFFRACTION99
3.4494-4.34350.14421560.14072632X-RAY DIFFRACTION99
4.3435-29.00390.17351170.1682640X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.27750.2333-0.1413.541-0.64810.83070.0164-0.1264-0.09790.1945-0.1035-0.29880.02410.14350.05620.10190.0027-0.01780.14140.02110.1061-13.8382-5.29961.0813
22.35090.5262-0.21330.7468-0.04180.84360.00510.01990.025-0.0037-0.01030.01070.0076-0.04140.0040.1114-0.0008-0.01420.09820.00640.077-27.30313.2475-10.144
33.6569-0.43790.80383.88930.09183.05940.0116-0.11220.13720.130.0515-0.0104-0.1112-0.0481-0.04780.0668-0.01840.02380.08270.00630.0702-5.14737.865-17.4962
42.9050.5232-0.37711.8383-0.22584.3760.0667-0.0325-0.0475-0.0426-0.0499-0.1316-0.25210.2412-0.0260.0912-0.02390.00480.09690.01110.11563.395835.3933-22.6144
52.36520.68340.69993.53832.28574.5818-0.0301-0.1579-0.2698-0.07850.0872-0.55590.10510.189-0.0120.0917-0.00670.02570.08390.03880.139-0.143723.2651-16.4866
64.54860.36-0.1521.93360.07031.19570.1211-0.1513-0.70050.14610.0552-0.22960.162-0.0861-0.19460.1463-0.0335-0.04450.09360.02250.1712-11.613522.7676-15.8883
71.74440.10090.02891.7067-0.27111.72690.00870.061-0.0571-0.15360.03830.21670.089-0.2058-0.0050.0866-0.0215-0.01290.08640.00370.0813-18.305625.4417-20.7376
81.72820.498-0.98122.97430.24970.6583-0.00510.21310.16130.11190.00320.4582-0.1660.0170.02570.1170.00880.0430.12560.01750.1817-21.03229.0457-15.1645
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 0:94)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 95:218)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resseq 1:25)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resseq 26:68)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 69:94)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 95:113)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 114:190)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 191:217)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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