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万見
- PDB-6ydf: X-ray structure of LPMO. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ydf
タイトルX-ray structure of LPMO.
要素LPMO lytic polysaccharide monooxygenase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Lytic Polysaccharide Monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


lytic cellulose monooxygenase (C4-dehydrogenating) / cellulose catabolic process / monooxygenase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Auxiliary Activity family 9 / : / Auxiliary Activity family 9 (formerly GH61)
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / AA9 family lytic polysaccharide monooxygenase A
類似検索 - 構成要素
生物種Collariella virescens (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Tandrup, T. / Tryfona, T. / Frandsen, K.E.H. / Johansen, K.S. / Dupree, P. / Lo Leggio, L.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF17SA0027704 デンマーク
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Oligosaccharide Binding and Thermostability of Two Related AA9 Lytic Polysaccharide Monooxygenases.
著者: Tandrup, T. / Tryfona, T. / Frandsen, K.E.H. / Johansen, K.S. / Dupree, P. / Lo Leggio, L.
履歴
登録2020年3月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02022年4月20日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_seq_id
改定 2.12023年3月8日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 2.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LPMO lytic polysaccharide monooxygenase
B: LPMO lytic polysaccharide monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9987
ポリマ－55,5822
非ポリマー4155
水4,306239
1
A: LPMO lytic polysaccharide monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0474
ポリマ－27,7911
非ポリマー2563
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: LPMO lytic polysaccharide monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9513
ポリマ－27,7911
非ポリマー1602
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.120, 39.390, 119.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.780, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 LPMO lytic polysaccharide monooxygenase


分子量: 27791.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Collariella virescens (菌類) / 遺伝子: aa9 / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: UniProt: A0A223GEC9
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.26 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M NaCl, 0.1 M HEPES pH 6.5, 1.5 M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.96 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→50 Å / Num. obs: 26050 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 4.02 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.12→2.18 Å / Num. unique obs: 1853 / CC1/2: 0.508

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMACv5.8.0230精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ACH

5ach


解像度: 2.12→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24944 --
Rwork0.19732 --
obs0.19979 24792 94.48 %
原子変位パラメータBiso max: 92.8 Å2 / Biso mean: 17.3766 Å2 / Biso min: 8.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3492 0 17 241 3750

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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