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- PDB-5tjx: Structure of human plasma kallikrein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tjx
タイトルStructure of human plasma kallikrein
要素Plasma kallikrein
キーワードHydrolase/Hydrolase Inhibitor / plasma kallikrein / protease / serine / inhibitor / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma kallikrein / Factor XII activation / Defective SERPING1 causes hereditary angioedema / positive regulation of fibrinolysis / zymogen activation / plasminogen activation / Defective factor XII causes hereditary angioedema / Activation of Matrix Metalloproteinases / fibrinolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation ...plasma kallikrein / Factor XII activation / Defective SERPING1 causes hereditary angioedema / positive regulation of fibrinolysis / zymogen activation / plasminogen activation / Defective factor XII causes hereditary angioedema / Activation of Matrix Metalloproteinases / fibrinolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / blood coagulation / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Apple domain. / Apple domain / APPLE domain / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family ...Apple domain. / Apple domain / APPLE domain / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GBT / PHOSPHATE ION / Plasma kallikrein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.408 Å
データ登録者Partridge, J.R. / Choy, R.M. / Li, Z.
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2017
タイトル: Structure-Guided Design of Novel, Potent, and Selective Macrocyclic Plasma Kallikrein Inhibitors.
著者: Li, Z. / Partridge, J. / Silva-Garcia, A. / Rademacher, P. / Betz, A. / Xu, Q. / Sham, H. / Hu, Y. / Shan, Y. / Liu, B. / Zhang, Y. / Shi, H. / Xu, Q. / Ma, X. / Zhang, L.
履歴
登録2016年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月1日Group: Database references
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plasma kallikrein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1454
ポリマ－29,4271
非ポリマー7183
水6,017334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.660, 59.620, 77.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Plasma kallikrein / Fletcher factor / Kininogenin / Plasma prekallikrein / PKK


分子量: 29427.314 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 376-638 / 変異: N396E, N453E, N494E, C503S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLKB1, KLK3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P03952, plasma kallikrein
#2: 化合物 ChemComp-GBT / (8E)-3-amino-1-methyl-15-[(1H-pyrazol-1-yl)methyl]-7,10,11,12,24,25-hexahydro-6H,18H,23H-19,22-(metheno)pyrido[4,3-j][1,9,13,17,18]benzodioxatriazacyclohenicosin-23-one


分子量: 527.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H33N7O3
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.42 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M potassium di-hydrogen phosphate, 21 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.408→30 Å / Num. obs: 48771 / % possible obs: 96.81 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 12.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 13.26
反射 シェル解像度: 1.408→1.458 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.2132 / Mean I/σ(I) obs: 3.48 / CC1/2: 0.862 / % possible all: 94.82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2any

2any


解像度: 1.408→27.805 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.94
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1842 1988 4.08 %Random selection
Rwork0.1626 ---
obs0.1634 48757 96.79 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 19.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.408→27.805 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1840 0 49 334 2223
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061967
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8842675
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.239728
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077278
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005335
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.408-1.44320.22241310.21563213X-RAY DIFFRACTION95
1.4432-1.48220.22121420.19243273X-RAY DIFFRACTION96
1.4822-1.52590.23031380.17733265X-RAY DIFFRACTION96
1.5259-1.57510.19281360.17653300X-RAY DIFFRACTION96
1.5751-1.63140.22681510.1663265X-RAY DIFFRACTION96
1.6314-1.69670.2021380.15453271X-RAY DIFFRACTION96
1.6967-1.77390.15151470.1543281X-RAY DIFFRACTION96
1.7739-1.86740.16081320.15573280X-RAY DIFFRACTION95
1.8674-1.98440.17741470.15873310X-RAY DIFFRACTION96
1.9844-2.13750.1621360.15363364X-RAY DIFFRACTION97
2.1375-2.35260.1981360.16223441X-RAY DIFFRACTION99
2.3526-2.69270.15451530.17073470X-RAY DIFFRACTION100
2.6927-3.39160.19961480.15923477X-RAY DIFFRACTION99
3.3916-27.810.18451530.15773559X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.2718 Å / Origin y: 7.8646 Å / Origin z: -12.7873 Å
111213212223313233
T0.0804 Å20.0011 Å2-0.0033 Å2-0.0575 Å2-0.0073 Å2--0.0663 Å2
L1.7664 °20.0487 °2-0.0414 °2-1.1098 °20.3032 °2--1.0443 °2
S0.0057 Å °0.0729 Å °-0.083 Å °-0.0144 Å °0.0167 Å °-0.0704 Å °0.0437 Å °0.0307 Å °-0.0105 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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