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- PDB-4e3y: X-ray structure of the Serratia marcescens endonuclease at 0.95 A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e3y
タイトルX-ray structure of the Serratia marcescens endonuclease at 0.95 A resolution
要素Nuclease
キーワードHYDROLASE / Rossmann Fold / Nucleic Acid / Extracellular
機能・相同性
機能・相同性情報


Serratia marcescens nuclease / endonuclease activity / nucleic acid binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA/RNA non-specific endonuclease, active site / DNA/RNA non-specific endonucleases active site. / Non-specific endonuclease / Extracellular Endonuclease; Chain A / Extracellular Endonuclease, subunit A / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease ...DNA/RNA non-specific endonuclease, active site / DNA/RNA non-specific endonucleases active site. / Non-specific endonuclease / Extracellular Endonuclease; Chain A / Extracellular Endonuclease, subunit A / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease superfamily / His-Me finger superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Nuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Serratia marcescens (霊菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.95 Å
データ登録者Lashkov, A.A. / Balaev, V.V. / Gabdoulkhakov, A.G. / Betzel, C. / Mikhailov, A.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray structure of the Serratia marcescens endonuclease at 0.95 A resolution
著者: Lashkov, A.A. / Balaev, V.V. / Gabdoulkhakov, A.G. / Betzel, C. / Mikhailov, A.M.
履歴
登録2012年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclease
B: Nuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,04110
ポリマ－53,4782
非ポリマー5638
水12,340685
1
A: Nuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9314
ポリマ－26,7391
非ポリマー1923
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Nuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1096
ポリマ－26,7391
非ポリマー3715
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.265, 73.418, 67.924
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Nuclease / Endonuclease / Nuclease isoform Sm2 / Nuclease isoform Sm3 / Nuclease isoform Sm1


分子量: 26738.896 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 22-266 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Serratia marcescens (霊菌) / 株: SM6 / 参照: UniProt: P13717, Serratia marcescens nuclease

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非ポリマー , 6種, 693分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 685 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 10 mM TRIS-HCl, 1 mM Mg(2+), PEG4000, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.847 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年10月27日
放射モノクロメーター: Si (111), horizontally focussing / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.847 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.949772→27.5967 Å / Num. all: 332540 / Num. obs: 313007 / % possible obs: 94.1264 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1G8T

1g8t


解像度: 0.95→8 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.07 / FOM work R set: 0.929 / SU ML: 0.06 / σ(F): 2 / 位相誤差: 13.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1453 15589 5.04 %Random
Rwork0.1302 ---
obs0.1309 309541 93.26 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 71.595 Å2 / ksol: 0.492 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 48.48 Å2 / Biso mean: 12.1759 Å2 / Biso min: 3.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8343 Å20 Å2-0 Å2
2--2.2791 Å2-0 Å2
3----1.4448 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.95→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3684 0 33 685 4402
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0174010
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.825487
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.117605
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012719
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2261512
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
0.9498-0.96050.27664750.27138695917084
0.9605-0.97180.28454700.26429439990990
0.9718-0.98370.27744610.24659496995791
0.9837-0.99610.23984940.23339492998691
0.9961-1.00920.22644980.21659489998791
1.0092-1.0230.21345110.196395351004692
1.023-1.03760.19615410.186395361007792
1.0376-1.0530.19275040.171996721017692
1.053-1.06940.16874900.157996751016593
1.0694-1.08690.16045110.144297731028493
1.0869-1.10560.14295300.133196921022293
1.1056-1.12570.12974780.122298671034594
1.1257-1.14730.13435580.115898611041994
1.1473-1.17060.12864990.1199641046395
1.1706-1.1960.11775330.104199641049795
1.196-1.22370.12035240.1081100271055196
1.2237-1.25420.13135450.103799791052496
1.2542-1.2880.11775610.0995100101057196
1.288-1.32570.10895520.0986100131056596
1.3257-1.36830.11375380.0907100021054095
1.3683-1.41690.1165250.0935100101053595
1.4169-1.47330.11085180.0896100021052095
1.4733-1.53990.11415330.089999201045394
1.5399-1.62050.10685330.089398671040094
1.6205-1.72110.11275410.095298101035193
1.7211-1.85240.13055310.114498461037793
1.8524-2.03610.14165630.1232100921065595
2.0361-2.32430.13225380.1222100981063695
2.3243-2.90490.14845240.1331100651058994
2.9049-8.00020.16965100.1563100611057191

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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