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- PDB-4etq: Vaccinia virus D8L IMV envelope protein in complex with Fab of mu... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4etq | ||||||
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Title | Vaccinia virus D8L IMV envelope protein in complex with Fab of murine IgG2a LA5 | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / variable domain / constant domain / IgG2a / IgG domain / CDR / hypervariable region / neutralizing antibody / beta sheet / carbonic anhydrase fold / loose knot / chondroitin-sulfate binding site / delta 262 / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex | ||||||
Function / homology | ![]() regulation of pH / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / virion membrane / zinc ion binding / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Matho, M.H. / Zajonc, D.M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural and Biochemical Characterization of the Vaccinia Virus Envelope Protein D8 and Its Recognition by the Antibody LA5. Authors: Matho, M.H. / Maybeno, M. / Benhnia, M.R. / Becker, D. / Meng, X. / Xiang, Y. / Crotty, S. / Peters, B. / Zajonc, D.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 50.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 71.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4e9oC ![]() 4ebqC ![]() 1nsnS ![]() 3jxfS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules XC
#3: Protein | Mass: 31321.184 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 1-261 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Antibody , 2 types, 4 molecules HALB
#1: Antibody | Mass: 23926.680 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Fab Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Description: BALB/c splenocytes fused with mouse myeloma SP2/0 cells Cell: hybridoma / Gene: IgG2a, IGHV1S127*01 #2: Antibody | Mass: 23304.697 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Fab Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Description: BALB/c splenocytes fused with mouse myeloma SP2/0 cells Cell: hybridoma / Gene: IgG2a, IGKV4-55*01 germ line |
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-Non-polymers , 5 types, 503 molecules ![](data/chem/img/SCN.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-SCN / #5: Chemical | ChemComp-EDO / | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-CL / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M potassium thiocyanate, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 15, 2010 Details: Sample to detector distance: 185-650 mm, maximum vertical offset: 208 mm | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: side scattering I-beam bent single crystal, asymmetric cut 4.9650 degrees Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→40 Å / Num. obs: 77173 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Χ2: 2.235 / Net I/σ(I): 10.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRIES 1NSN AND 3JXF Resolution: 2.1→36.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / WRfactor Rfree: 0.2545 / WRfactor Rwork: 0.2046 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.808 / SU B: 13.442 / SU ML: 0.161 / SU R Cruickshank DPI: 0.2573 / SU Rfree: 0.2087 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.248 / ESU R Free: 0.203 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→36.2 Å
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Refine LS restraints |
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Refinement TLS group |
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