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- PDB-1mzv: Crystal Structure of Adenine Phosphoribosyltransferase (APRT) Fro... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1mzv | ||||||
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Title | Crystal Structure of Adenine Phosphoribosyltransferase (APRT) From Leishmania tarentolae | ||||||
![]() | Adenine Phosphoribosyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / alpha/beta structure | ||||||
Function / homology | ![]() adenine phosphoribosyltransferase activity / adenine phosphoribosyltransferase / nucleoside metabolic process / nucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Thiemann, O.H. / Silva, M. / Oliva, G. / Silva, C.H.T.P. / Iulek, J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of adenine phosphoribosyltransferase from Leishmania tarentolae: potential implications for APRT catalytic mechanism. Authors: Silva, M. / Silva, C.H.T.P. / Iulek, J. / Oliva, G. / Thiemann, O.H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 61.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 44.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 787 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 789.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 13.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 19.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1qb7S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Details | The biological assembly is a dimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operation: y-x, y, 1/2-z |
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Components
#1: Protein | Mass: 25913.826 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: O77103, adenine phosphoribosyltransferase |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-PO4 / |
#3: Chemical | ChemComp-AMP / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.72 Å3/Da / Density % sol: 54.75 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 277 K / pH: 7 Details: MOPS 100 mM, 22% isopropanol, Protein at 8 mg/ml, pH 7.00, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Temperature: 4 ℃ / pH: 7 / Method: vapor diffusion, hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: IMAGE PLATE / Date: Aug 14, 1999 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.38 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→28.27 Å / Num. obs: 15513 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.24 Å / % possible all: 93.1 |
Reflection | *PLUS Highest resolution: 2.2 Å / Lowest resolution: 30 Å / Num. obs: 14724 / % possible obs: 99.5 % / Num. measured all: 229639 / Rmerge(I) obs: 0.06 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1QB7 Resolution: 2.2→28.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.16 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→28.27 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 8.3269 Å / Origin y: 31.2102 Å / Origin z: 68.421 Å
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Refinement TLS group |
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Refinement | *PLUS Rfactor Rfree: 0.2178 / Rfactor Rwork: 0.1809 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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