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- PDB-5bte: Crystal structure of Ashbya gossypii Rai1 in complex with pU(S)6-Mn2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bte
タイトルCrystal structure of Ashbya gossypii Rai1 in complex with pU(S)6-Mn2+
要素
  • AFR263Cp
  • RNA (5'-R(P*UP*(U37)P*(U37)P*UP*UP*U)-3')
キーワードhydrolase/rna / Rai1 / RNA / Decapping / mRNA 5'-processing / hydrolase-rna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA 5'-diphosphatase activity / NAD-cap decapping / exonuclease activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / mRNA processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / nucleotide binding / RNA binding / metal ion binding ...mRNA 5'-diphosphatase activity / NAD-cap decapping / exonuclease activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / mRNA processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / nucleotide binding / RNA binding / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
RAI1-like / RAI1-like family / RAI1 like PD-(D/E)XK nuclease
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / Decapping nuclease RAI1
類似検索 - 構成要素
生物種Ashbya gossypii (菌類)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Wang, V.Y. / Tong, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM090059 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Structural and biochemical studies of the distinct activity profiles of Rai1 enzymes.
著者: Wang, V.Y. / Jiao, X. / Kiledjian, M. / Tong, L.
履歴
登録2015年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: AFR263Cp
D: RNA (5'-R(P*UP*(U37)P*(U37)P*UP*UP*U)-3')
C: RNA (5'-R(P*UP*(U37)P*(U37)P*UP*UP*U)-3')
A: AFR263Cp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,39412
ポリマ－89,8734
非ポリマー5228
水6,431357
1
B: AFR263Cp
D: RNA (5'-R(P*UP*(U37)P*(U37)P*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1976
ポリマ－44,9362
非ポリマー2614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: RNA (5'-R(P*UP*(U37)P*(U37)P*UP*UP*U)-3')
A: AFR263Cp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1976
ポリマ－44,9362
非ポリマー2614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.655, 79.742, 160.143
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.999971, 0.00662, -0.003799), (0.006619, -0.999978, -0.000202), (-0.0038, 0.000177, -0.999993)-35.05638, 1.85463, -80.09438

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要素

#1: タンパク質 AFR263Cp


分子量: 43112.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ashbya gossypii (strain ATCC 10895 / CBS 109.51 / FGSC 9923 / NRRL Y-1056) (菌類)
株: ATCC 10895 / CBS 109.51 / FGSC 9923 / NRRL Y-1056 / 遺伝子: AGOS_AFR263C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q753P9
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*(U37)P*(U37)P*UP*UP*U)-3')


分子量: 1824.169 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: AgRai1-pU(S)6-Mn2+ complex was obtained by soaking the free AgRai1 crystal with 10mM pU(s)6 and 10mM MnCl2 overnight in the presence of 20%(w/v) PEG3350 and 10%(v/v) ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月1日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 33896 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.465 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.4→42.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 7.542 / SU ML: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.441 / ESU R Free: 0.272 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25379 1787 5 %RANDOM
Rwork0.19573 ---
obs0.19864 33896 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.313 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å20 Å20 Å2
2---1.3 Å2-0 Å2
3---1.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→42.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5935 242 16 357 6550
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0196326
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025934
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5831.9638562
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.823313667
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7685729
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.65623.255298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.038151098
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8521554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2928
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026898
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021476
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.397→2.527 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 220 -
Rwork0.251 4830 -
obs--98.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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