PDB-4dxl: Crystal structure of IspE (4-diphosphocytidyl-2-C-methyl-D-erythr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dxl

タイトル

Crystal structure of IspE (4-diphosphocytidyl-2-C-methyl-D-erythritol kinase) from Mycobacterium abscessus, bound to CMP and ATP

要素

4-diphosphocytidyl-2-C-methyl-D-erythritol kinase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / NIH / NIAID / SBRI / Emerald BioStructures / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

4-(cytidine 5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol kinase / 4-(cytidine 5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol kinase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...

履歴

登録	2012年2月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月11日	Group: Database references
改定 1.2	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dxl.cif.gz	129.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dxl.ent.gz	98.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dxl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4dxl_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dxl_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4dxl_validation.xml.gz	15.4 KB	表示
CIF形式データ	4dxl_validation.cif.gz	22.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/4dxl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/4dxl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gvcC 3gvgC 3gwcC 3h7fC 3h81C 3he2C 3hwiC 3hwkC 3hzgC 3icoC 3khpC 3llsC 3moyC 3mpzC 3mybC 3ndnC 3ndoC 3nf4C 3ng3C 3njdC 3nwoC 3o0mC 3o38C 3oc6C 3oc7C 3oi9C 3oksC 3omeC 3p0tC 3p2yC 3p4iC 3p4tC 3p5mC 3p85C 3pe8C 3pk0C 3ppiC 3pzyC 3q1tC 3q8nC 3qbpC 3qdfC 3qhaC 3qivC 3qk8C 3qkaC 3qljC 3qmjC 3qreC 3quaC 3quvC 3qxiC 3qxzC 3qyrC 3r0oC 3r1iC 3r1jC 3r20C 3r2nC 3r4tC 3r6hC 3r6oC 3r7kC 3r8cC 3r9pC 3r9qC 3r9rC 3r9sC 3r9tC 3rd5C 3rd7C 3rd8C 3rfqC 3rihC 3rr2C 3rr6C 3rrpC 3rrvC 3rsiC 3rv2C 3s82C 3sbxC 3sf6C 3sllC 3svkC 3svtC 3swoC 3swtC 3swxC 3t3wC 3tavC 3tcrC 3tdeC 3tjrC 3tl3C 3tlfC 3trrC 3tx2C 3tzqC 3tzuC 3u0aC 3ucxC 3uveC 4di1C 4dieC 4dq8C 4ed4C 4egeC 4egfC 4emdC 4eo9C 4eyeC 4f3wC 4f47C 4ffcC 4gk6C 4hdtC 4hr3C 4i1yC 4ijnC 4iv6C 4iz9C 4j5iC 4kamC 4lgvC 4o2dC 3pygS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1eh3-d 1j5p-d 5klp-3 6lv0-2 4ed4-d 4gt4-2 3npm-d 3lw0-2 1p27-3 6krx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-MyabA.00725.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 4-diphosphocytidyl-2-C-methyl-D-erythritol kinase

ヘテロ分子

33.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.590, 110.090, 53.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-553- HOH

#1: タンパク質	4-diphosphocytidyl-2-C-methyl-D-erythritol kinase / IspE / CMK / 4-(cytidine-5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol kinase 分子量: 32742.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 株: ATCC 19977 / DSM 44196 / 遺伝子: ispE, MAB_1139 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: B1MKD5, 4-(cytidine 5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol kinase
#2: 化合物	ChemComp-C5P / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP 分子量: 323.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₃O₈P
#3: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.06 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: Internal tracking number 230819a2, INDEX screen condition A2: 2 M ammonium sulfate, 0.1 M acetate, pH 4.5, MyabA.00725.a.A1 PW30213 at 29.3 mg/mL in 25 mM HEPES, pH 7.0, 500 mM sodium ...詳細: Internal tracking number 230819a2, INDEX screen condition A2: 2 M ammonium sulfate, 0.1 M acetate, pH 4.5, MyabA.00725.a.A1 PW30213 at 29.3 mg/mL in 25 mM HEPES, pH 7.0, 500 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 0.025% sodium azide, 5% glycerol, 2 mM CDP, 2 mM ATP, 2 mM meso-erythritol, cryoprotectant: Al's oil, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

結晶

マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.06 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: Internal tracking number 230819a2, INDEX screen condition A2: 2 M ammonium sulfate, 0.1 M acetate, pH 4.5, MyabA.00725.a.A1 PW30213 at 29.3 mg/mL in 25 mM HEPES, pH 7.0, 500 mM sodium ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54178 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 17719 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 18.285 Å² / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 16.65

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2-2.05		3.5	0.192	6.4	4551	1304	93.4
2.05-2.11			0.166	7.2	4535	1284	94.1
2.11-2.17			0.167	7.8	5015	1271	97.8
2.17-2.24			0.241	6.8	3845	1001	77.2
2.24-2.31			0.249	7.1	1807	522	41.9
2.31-2.39			0.152	10.6	5419	1157	96
2.39-2.48			0.107	13	5637	1139	98
2.48-2.58			0.1	14	5812	1122	98.7
2.58-2.7			0.092	15.4	5965	1063	98.9
2.7-2.83			0.086	16.8	6393	1037	99.1
2.83-2.98			0.073	21.2	6850	989	99.3
2.98-3.16			0.064	22.8	6368	922	99.6
3.16-3.38			0.058	24.5	6099	891	99.8
3.38-3.65			0.06	26.3	5230	814	97.6
3.65-4			0.061	28.7	4057	660	86.6
4-4.47			0.045	31	4569	692	98.3
4.47-5.16			0.041	31.2	4169	631	99.8
5.16-6.32			0.048	27.2	3503	531	100
6.32-8.94			0.052	29.1	2724	439	99.8
	8.94		0.05	30.8	1405	250	96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3PYG

3pyg

解像度: 2→35.562 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.916 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.838 / SU B: 7.914 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.241 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.253	905	5.1 %	RANDOM
R_work	0.193	-	-	-
obs	0.196	17719	92.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.101 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.23 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.73 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→35.562 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2180	0	53	215	2448

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	2299
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1435
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.567	1.979	3161
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.923	3	3507
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.932	5	311
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.996	23.978	93
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.81	15	309
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.848	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	371
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	2652
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	464

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.201	62	-
R_work	0.163	1125	-
all	-	1187	-
obs	-	-	92.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4535	0.057	0.4902	0.2998	0.167	2.3855	-0.0308	-0.0227	-0.0242	0.0532	0.0407	0.0311	0.0751	0.0629	-0.0099	0.0552	0.0258	0.0138	0.0144	0.0096	0.0556	-6.205	15.085	-1.417
2	14.1001	2.5302	-10.1738	0.8083	-2.095	7.5463	0.1111	0.1258	0.2918	0.1689	0.0775	0.0218	-0.2019	-0.138	-0.1887	0.1527	0.0055	-0.0212	0.0385	-0.0327	0.0578	-7.442	28.872	5.103
3	0.1624	-0.0875	-0.021	0.7528	0.3662	1.4123	-0.0341	-0.045	-0.0077	0.0862	0.0007	0.0648	0.1601	-0.032	0.0334	0.0617	0.0165	0.0057	0.022	0.0108	0.0357	-6.826	12.214	1.755
4	3.2746	1.1065	0.9629	1.2531	0.7336	1.9011	0.0789	0.0462	0.1381	0.0104	-0.0593	0.1596	-0.1294	-0.2268	-0.0196	0.051	0.0284	-0.004	0.0439	0.0214	0.0727	-19.501	21.567	-17.018
5	2.0358	-0.372	1.8837	1.9579	-0.4807	1.767	0.0136	0.1079	-0.0933	-0.2003	0.0258	-0.0059	0.0127	0.089	-0.0394	0.0982	0.012	-0.0068	0.013	-0.0253	0.1018	-2.714	7.804	-24.469
6	0.4206	-0.0451	-0.0897	0.4466	0.0802	1.1091	-0.0373	0.0415	0.0995	-0.0174	0.0175	-0.0354	-0.0889	0.0828	0.0198	0.0519	-0.0017	0.002	0.018	0.0138	0.0583	-2.233	23.893	-17.36

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 61
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	62 - 75
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	76 - 180
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	181 - 206
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	207 - 229
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	230 - 308

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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