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万見
- PDB-4dxh: Horse liver alcohol dehydrogenase complexed with NAD+ and 2,2,2-t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dxh
タイトルHorse liver alcohol dehydrogenase complexed with NAD+ and 2,2,2-trifluoroethanol
要素Alcohol dehydrogenase E chain
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALCOHOL DEHYDROGENASE / NAD+ / TRIFLUOROETHANOL / MICHAELIS COMPLEX ROSSMANN FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


alcohol dehydrogenase (NAD+) activity, zinc-dependent / : / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / retinol metabolic process / retinoic acid metabolic process / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIFLUOROETHANOL / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE (ACIDIC FORM) / Alcohol dehydrogenase E chain
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.12 Å
データ登録者Plapp, B.V. / Ramaswamy, S.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Atomic-Resolution Structures of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase with NAD(+) and Fluoroalcohols Define Strained Michaelis Complexes.
著者: Plapp, B.V. / Ramaswamy, S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Dependence of crystallographic atomic displacement parameters on temperature (25-150 K) for complexes of horse liver alcohol dehydrogenase.
著者: Plapp, B.V. / Gakhar, L. / Subramanian, R.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Amino acid residues in the nicotinamide binding site contribute to catalysis by horse liver alcohol dehydrogenase.
著者: Rubach, J.K. / Plapp, B.V.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Formamides mimic aldehydes and inhibit liver alcohol dehydrogenases and ethanol metabolism.
著者: Venkataramaiah, T.H. / Plapp, B.V.
履歴
登録2012年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月2日Group: Structure summary
改定 1.22012年5月16日Group: Database references
改定 1.32012年6月27日Group: Database references
改定 1.42022年4月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_related_exp_data_set ...database_2 / pdbx_related_exp_data_set / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52022年10月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.62023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alcohol dehydrogenase E chain
B: Alcohol dehydrogenase E chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,96814
ポリマ－79,7072
非ポリマー2,26112
水18,4651025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7450 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area26580 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)44.250, 51.160, 92.530
Angle α, β, γ (deg.)91.91, 103.02, 109.90
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Alcohol dehydrogenase E chain


分子量: 39853.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Liver / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 器官: liver / 株: Domestic horse / 参照: UniProt: P00327, alcohol dehydrogenase

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非ポリマー , 5種, 1037分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NAJ / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE (ACIDIC FORM)


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2
#4: 化合物 ChemComp-ETF / TRIFLUOROETHANOL / 2,2,2-トリフルオロエタノ-ル


分子量: 100.040 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3F3O
#5: 化合物
ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1025 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.54 %
結晶化温度: 278 K / 手法: microdialysis / pH: 6.7
詳細: 50 MM AMMONIUM N-[TRIS(HYDROXYMETHYL) METHYL]-2-AMINOETHANE SULFONATE, PH 6.7 (AT 25 C), 0.25 MM EDTA, 10 MG/ML PROTEIN, 1 MM NAD+, 100 MM 2,2,2-TRIFLUOROETHANOL, 12 TO 25 % 2-METHYL-2,4- ...詳細: 50 MM AMMONIUM N-[TRIS(HYDROXYMETHYL) METHYL]-2-AMINOETHANE SULFONATE, PH 6.7 (AT 25 C), 0.25 MM EDTA, 10 MG/ML PROTEIN, 1 MM NAD+, 100 MM 2,2,2-TRIFLUOROETHANOL, 12 TO 25 % 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL, TEMPERATURE 278K, MICRODIALYSIS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月24日
詳細: Rosenbaum Rock vertical focusing mirror with Pt, glass, Pd lanes
放射モノクロメーター: Rosenbaum Rock high resolution double crystal monochromator, LN2 cooled, sagittal focussing 2nd mirror, Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.12→20 Å / Num. all: 283954 / Num. obs: 267668 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.12→1.16 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.365 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 91.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1HLD

1hld


解像度: 1.12→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.979 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 0.94 / SU ML: 0.019 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.027 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14672 1352 0.5 %RANDOM
Rwork0.12653 ---
obs0.12663 266085 94.14 %-
all-283954 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.289 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å2-0.29 Å20.19 Å2
2--0.19 Å20.08 Å2
3----0.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.12→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5570 0 136 1025 6731
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.026032
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024137
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6362.0248189
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9773.00210268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1425762
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.86924.67212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.191151109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4471525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.140.2975
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216440
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021085
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4581.53780
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5021.51544
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.17926172
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.15532252
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7984.52010
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.948310169
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free31.44910203
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.9241010907
LS精密化 シェル解像度: 1.12→1.149 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 93 -
Rwork0.29 19020 -
obs--90.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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