PDB-4dno: Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif with the E153...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dno

タイトル

Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif with the E153Q mutation adducted with the 1,2-epoxyhexane hydrolysis intermediate

要素

Putative hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Alpha Beta Hydrolase / Epoxide Hydrolase covalently adducted with the 1 / 2-epoxyhexane hydrolysis intermediate / secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Bahl, C.D. / Patankar, Y.R. / Madden, D.R.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Visualizing the Mechanism of Epoxide Hydrolysis by the Bacterial Virulence Enzyme Cif.
著者: Bahl, C.D. / Hvorecny, K.L. / Morisseau, C. / Gerber, S.A. / Madden, D.R.

履歴

登録	2012年2月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月10日	Group: Database references
改定 1.2	2016年2月24日	Group: Database references
改定 1.3	2016年11月2日	Group: Derived calculations / Non-polymer description
改定 1.4	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.5	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dno.cif.gz	480.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dno.ent.gz	395.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dno.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4dno_validation.pdf.gz	454.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dno_full_validation.pdf.gz	461.9 KB	表示
XML形式データ	4dno_validation.xml.gz	51.9 KB	表示
CIF形式データ	4dno_validation.cif.gz	76.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/4dno ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/4dno	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dmcC 4dnfC 4ehbC 4eusC 3kd2S 3kda 3pi6 4dln 4dm7 4dmf 4dmh S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hk9-2 5tnm-1 5tnq-2 5tni-1 4eus-2 5tnl-1 5jyc-1 5hk9-1 3kd2-2 4dmc-1 4eus-1 6wcx-2 5hkb-1 6wcx-1 1y37-d 5tnk-1 5tnm-2 5tnr-2 4yx9-1 7l0a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative hydrolase

B: Putative hydrolase

C: Putative hydrolase

D: Putative hydrolase

ヘテロ分子

137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative hydrolase

B: Putative hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Putative hydrolase

D: Putative hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	168.080, 83.663, 89.248
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.52, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-617- HOH
2	1	A-734- HOH
3	1	C-700- HOH
4	1	C-704- HOH
5	1	D-637- HOH

#1: タンパク質	Putative hydrolase 分子量: 34163.715 Da / 分子数: 4 / 断片: Cif (UNP Residues 25-319) / 変異: E153Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: PA14_26090 / プラスミド: pMQ70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q02P97, UniProt: A0A0H2ZD27*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-7FB / (2R)-hexane-1,2-diol / (R)-1,2-ヘキサンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 995 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.51 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 14% PEG 8000, 0.125M calcium chloride, 0.1M sodium acetate, 0.01M 1,2-epoxyhexane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1.2006 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月25日 / 詳細: Toroidal focusing mirror
放射	モノクロメーター: Si(111) channel cut monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2006 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→46.01 Å / Num. obs: 88446 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.8 % / R_sym value: 0.099 / Net I/σ(I): 11.68
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.53 / Num. unique all: 24024 / R_sym value: 0.394 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: CHAIN A OF PDB ENTRY 3KD2

3kd2

解像度: 1.95→46.008 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 21.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2251	4411	4.99 %	thin shells
R_work	0.1734	-	-	-
obs	0.1759	88434	99.75 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 47.367 Å² / k_sol: 0.388 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.9225 Å²	-0 Å²	0.2055 Å²
2-	-	-2.9237 Å²	0 Å²
3-	-	-	8.8462 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→46.008 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9426	0	28	995	10449

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	9819
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.006	13314
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.148	3568
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	1364
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1752

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.9722	0.3001	217	0.2171	2660	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9722-1.9954	10000000	0	0.2099	2919	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9954-2.0197	0.2664	221	0.2015	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0197-2.0453	0.2762	220	0.1893	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0453-2.0722	10000000	0	0.1935	2907	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0722-2.1006	0.2441	219	0.1837	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1006-2.1306	0.2365	221	0.1734	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1306-2.1624	10000000	0	0.1672	2886	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1624-2.1962	0.2146	220	0.1626	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1962-2.2322	0.2081	221	0.1608	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2322-2.2707	10000000	0	0.1716	2898	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2707-2.3119	0.2583	221	0.1704	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3119-2.3564	0.2218	221	0.1605	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3564-2.4045	10000000	0	0.1741	2972	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4045-2.4568	0.2344	221	0.1707	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4568-2.5139	0.2225	221	0.173	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5139-2.5768	10000000	0	0.1716	2961	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5768-2.6465	0.2624	221	0.1735	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6465-2.7243	0.2215	221	0.1682	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7243-2.8122	10000000	0	0.1708	2946	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8122-2.9127	0.2425	221	0.1745	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9127-3.0293	0.2303	221	0.1803	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0293-3.1672	10000000	0	0.1779	2920	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1672-3.3341	0.2087	221	0.175	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3341-3.5429	0.2145	221	0.173	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5429-3.8164	10000000	0	0.1666	3001	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8164-4.2002	0.1893	221	0.1506	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2002-4.8074	0.1743	220	0.1375	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8074-6.0547	10000000	0	0.1631	3001	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0547-46.0207	0.2648	221	0.2335	2819	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2441	0.0265	0.0491	0.2767	-0.0047	0.2581	0.0002	0.0132	-0.0502	0.0048	-0.0084	-0.0526	0.0519	0.0056	0.0048	0.0562	-0.0036	0.0004	0.0577	-0.0063	0.0563	22.0382	12.4459	-27.3134
2	0.0829	0.0239	0.0139	0.0589	0.0138	0.0479	-0.032	-0.0133	0.0848	0.0205	0.035	-0.0546	-0.038	0.0009	0.011	0.0605	-0.0257	-0.0145	0.0564	-0.0131	0.1136	30.8479	51.4147	-15.6035
3	0.1594	0.037	-0.0402	0.146	0.0284	0.2432	0.0227	-0.0118	0.1009	0.0005	-0.0262	0.0522	-0.0558	-0.0162	0.0012	0.0657	-0.0017	0.011	0.0666	-0.0004	0.1018	-5.7191	44.5884	-27.2337
4	0.1937	0.0754	-0.0278	0.2458	-0.0785	0.1609	0.0108	-0.0257	-0.0022	0.0225	0.0098	0.0725	0.0279	0.0232	-0.0037	0.0705	-0.0252	0.0101	0.0689	0.0039	0.0625	-14.5599	5.5379	-15.7611

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 25:321)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resid 25:317)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain C and resid 25:321)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain D and resid 25:318)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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