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万見
- PDB-4bc6: Crystal structure of human serine threonine kinase-10 bound to no... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bc6
タイトルCrystal structure of human serine threonine kinase-10 bound to novel Bosutinib Isoform 1, previously thought to be Bosutinib
要素SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 10
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


lymphocyte aggregation / regulation of lymphocyte migration / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / specific granule membrane / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / cell cycle / protein phosphorylation ...lymphocyte aggregation / regulation of lymphocyte migration / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / specific granule membrane / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / cell cycle / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / Neutrophil degranulation / protein homodimerization activity / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase 10, catalytic domain / Polo kinase kinase / Polo kinase kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain ...Serine/threonine-protein kinase 10, catalytic domain / Polo kinase kinase / Polo kinase kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-XZN / Serine/threonine-protein kinase 10
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Vollmar, M. / Szklarz, M. / Chaikuad, A. / Elkins, J. / Savitsky, P. / Azeez, K.A. / Salah, E. / Krojer, T. / Canning, P. / Muniz, J.R.C. ...Vollmar, M. / Szklarz, M. / Chaikuad, A. / Elkins, J. / Savitsky, P. / Azeez, K.A. / Salah, E. / Krojer, T. / Canning, P. / Muniz, J.R.C. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Knapp, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Serine Threonine Kinase- 10 Bound to Novel Bosutinib Isoform 1, Previously Thought to be Bosutinib
著者: Vollmar, M. / Szklarz, M. / Chaikuad, A. / Elkins, J. / Savitsky, P. / Azeez, K.A. / Salah, E. / Krojer, T. / Canning, P. / Muniz, J.R.C. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / ...著者: Vollmar, M. / Szklarz, M. / Chaikuad, A. / Elkins, J. / Savitsky, P. / Azeez, K.A. / Salah, E. / Krojer, T. / Canning, P. / Muniz, J.R.C. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / von Delft, F. / Knapp, S.
履歴
登録2012年10月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2012年10月10日ID: 3ZZ2
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7213
ポリマ－33,1281
非ポリマー5932
水79344
1
A: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 10
ヘテロ分子

A: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4426
ポリマ－66,2572
非ポリマー1,1854
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z1
Buried area3320 Å2
ΔGint-25.5 kcal/mol
Surface area26480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.170, 114.030, 134.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 10 / SERINE THREONINE KINASE-10 / LYMPHOCYTE-ORIENTED KINASE


分子量: 33128.289 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 24-316 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-LAMBDA-PPASE
参照: UniProt: O94804, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-XZN / 4-[(3,5-DICHLORO-4-METHOXYPHENYL)AMINO]-6-METHOXY-7-[3-(4-METHYLPIPERAZIN-1-YL)PROPOXY]QUINOLINE-3-CARBONITRILE / BOSUTINIB ISOFORM 1


分子量: 530.446 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H29Cl2N5O3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.04 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1M SPG PH 7.0; 60% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→19.18 Å / Num. obs: 20251 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 49.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2J7T

2j7t


解像度: 2.2→19.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9047 / SU R Cruickshank DPI: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.201 / SU Rfree Blow DPI: 0.181 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.183
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2536 1038 5.13 %RANDOM
Rwork0.2114 ---
obs0.2136 20250 99.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 93.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.6204 Å20 Å20 Å2
2---8.3246 Å20 Å2
3---6.7042 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.506 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2091 0 40 44 2175
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012196HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.083002HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d993SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes45HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes326HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2196HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.59
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.61
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion302SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2521SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2719 150 5.09 %
Rwork0.2578 2797 -
all0.2585 2947 -
obs--99.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1835-1.32780.50341.14690.64715.42560.011-0.13370.8337-0.2646-0.0491-0.2091-0.9663-0.14580.038-0.60790.0028-0.00120.52540.001-0.5562-13.084-19.775621.1872
24.38143.4094004.37686.174-0.04030.16320.04850.21420.12710.09270.1669-0.2106-0.0867-0.46330.0485-0.19660.60790.1665-0.5948-30.3856-30.56380.3678
35.30410.07561.20131.57420.66246.57510.13350.1835-0.7851-0.3556-0.18810.25771.0688-0.25290.0545-0.42080.0247-0.07570.6079-0.0204-0.4852-11.5814-40.421617.6808
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 25-176
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESID 177-208
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND RESID 209-316

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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