+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ig1 | ||||||
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Title | Crystal structure of S. rosetta CaMKII kinase domain | ||||||
Components | CAMK/CAMK2 protein kinase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Ca2+/CaM-dependent kinase / choanoflagellate | ||||||
Function / homology | Function and homology information cellular anatomical entity / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / calmodulin binding / protein phosphorylation / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Salpingoeca rosetta (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.9 Å | ||||||
Authors | Bhattacharyya, M. / Gee, C.L. / Barros, T. / Kuriyan, J. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Elife / Year: 2016 Title: Molecular mechanism of activation-triggered subunit exchange in Ca(2+)/calmodulin-dependent protein kinase II. Authors: Bhattacharyya, M. / Stratton, M.M. / Going, C.C. / McSpadden, E.D. / Huang, Y. / Susa, A.C. / Elleman, A. / Cao, Y.M. / Pappireddi, N. / Burkhardt, P. / Gee, C.L. / Barros, T. / Schulman, H. ...Authors: Bhattacharyya, M. / Stratton, M.M. / Going, C.C. / McSpadden, E.D. / Huang, Y. / Susa, A.C. / Elleman, A. / Cao, Y.M. / Pappireddi, N. / Burkhardt, P. / Gee, C.L. / Barros, T. / Schulman, H. / Williams, E.R. / Kuriyan, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ig1.cif.gz | 262 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ig1.ent.gz | 211.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ig1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5ig1_validation.pdf.gz | 453.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5ig1_full_validation.pdf.gz | 462.9 KB | Display | |
Data in XML | 5ig1_validation.xml.gz | 22.8 KB | Display | |
Data in CIF | 5ig1_validation.cif.gz | 30.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/5ig1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/5ig1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5ig0C 5ig3C 5ig4C 5ig5C 2bdwS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Details | As per the authors the biological assembly is unknown |
-Components
#1: Protein | Mass: 39150.066 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 1-330 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salpingoeca rosetta (eukaryote) / Strain: ATCC 50818 / BSB-021 / Gene: PTSG_10090 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: F2UPG5 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.98 Å3/Da / Density % sol: 69.13 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.9 Details: 1.8 M sodium phosphate monobasic monohydrate, potassium phosphate dibasic pH 6.9 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 12, 2014 / Details: M1: parabola M2: torroid |
Radiation | Monochromator: Si (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→46.58 Å / Num. obs: 27096 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 51.72 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 8.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→3.08 Å / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2BDW Resolution: 2.9→46.58 Å / SU ML: 0.33 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / Phase error: 25.27
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→46.58 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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