PDB-4b84: Mus musculus Acetylcholinesterase in complex with N-(2-Diethylami...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4b84

タイトル

Mus musculus Acetylcholinesterase in complex with N-(2-Diethylamino- ethyl)-3-trifluoromethyl-benzenesulfonamide

要素

ACETYLCHOLINESTERASE

キーワード

HYDROLASE / INHIBITOR

機能・相同性

機能・相同性情報

serine hydrolase activity / acetylcholine catabolic process / acetylcholinesterase / acetylcholine binding / acetylcholine receptor signaling pathway / osteoblast development / acetylcholinesterase activity / basement membrane / regulation of receptor recycling / side of membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Andersson, C.D. / Forsgren, N. / Akfur, C. / Allgardsson, A. / Berg, L. / Qian, W. / Ekstrom, F. / Linusson, A.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Divergent Structure-Activity Relationships of Structurally Similar Acetylcholinesterase Inhibitors.
著者: Andersson, C.D. / Forsgren, N. / Akfur, C. / Allgardsson, A. / Berg, L. / Engdahl, C. / Qian, W. / Ekstrom, F.J. / Linusson, A.

履歴

登録	2012年8月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年9月11日	Group: Database references
改定 1.2	2013年10月30日	Group: Database references
改定 1.3	2018年1月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.5	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.6	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4b84.cif.gz	440.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4b84.ent.gz	362.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4b84.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/4b84 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/4b84	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4b7zC 4b80C 4b81C 4b82C 4b83C 4b85C 4btlC 1j06S 1c2b 1c2o 1j07 1ku6 1maa 1mah 1n5m 1n5r 1q83 1q84 2c0p 2c0q 2h9y 2ha0 2ha2 2ha3 2ha4 2ha5 2ha6 2ha7 2jey 2jez 2jf0 2jge 2jgf 2jgi 2jgj 2jgk 2jgl 2jgm 2whp 2whq 2whr 2wls 2wu3 2wu4 2xud 2xuf 2xug 2xuh 2xui 2xuj 2xuk 2xuo 2xup 2xuq 2y2u 2y2v 4a16 4a23 4ara 4arb S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2h9y-d 2whr-d 5ehn-d 4b83-d 6wvc-1 4b85-d 2xuh-d 1j06-d 1n5r-d 2whq-d 2y2v-d 4b81-d 4b82-d 5fpq-1 6o4w-1 2whp-d 6o5s-2 2ha3-d 2xuq-d 6u37-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (10)

登録構造単位

A: ACETYLCHOLINESTERASE

B: ACETYLCHOLINESTERASE

ヘテロ分子

123 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.158, 112.356, 227.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB

#1: タンパク質

ACETYLCHOLINESTERASE / ACHE

分子量: 60262.039 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 32-574 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PCDNA3.1 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主:

HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P21836, acetylcholinesterase

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 394分子

#3: 化合物	ChemComp-P3G / 3,6,9,12,15-PENTAOXAHEPTADECANE / テトラエチレングリコ-ルジエチルエ-テル分子量: 250.332 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₅
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-Z5K / N-[2-(diethylamino)ethyl]-3-(trifluoromethyl)benzenesulfonamide 分子量: 324.362 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₉F₃N₂O₂S
#6: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 4.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.7 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 / 詳細: 27-31 % (W/V)PEG750 MME, 0.1 M HEPES PH 7.0-7.1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.041
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月15日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.041 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→29.75 Å / Num. obs: 57324 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 52.23 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 93.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.7.3_928)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1J06

1j06

解像度: 2.6→29.082 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2355	1133	2 %
R_work	0.1764	-	-
obs	0.1775	57214	90.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 54.455 Å² / k_sol: 0.307 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.4353 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.3214 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.1139 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.082 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8299	0	135	384	8818

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	8731
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.212	11922
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.202	3195
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	1274
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1557

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.7183	0.3233	151	0.2827	7081	X-RAY DIFFRACTION	93
2.7183-2.8615	0.3391	146	0.2605	7083	X-RAY DIFFRACTION	93
2.8615-3.0406	0.2698	141	0.2274	7077	X-RAY DIFFRACTION	92
3.0406-3.2751	0.273	144	0.1981	7035	X-RAY DIFFRACTION	92
3.2751-3.6041	0.2694	134	0.1925	7024	X-RAY DIFFRACTION	91
3.6041-4.1243	0.2448	138	0.1476	6950	X-RAY DIFFRACTION	90
4.1243-5.1914	0.1513	136	0.126	6938	X-RAY DIFFRACTION	89
5.1914-29.0837	0.2151	143	0.1666	6893	X-RAY DIFFRACTION	85

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7382	-0.5745	-1.7736	2.1587	-0.6047	4.5265	-0.1756	-0.1443	0.1772	0.5574	0.2205	0.0033	0.0926	-0.0222	-0.0559	0.305	-0.0251	-0.0367	0.1662	-0.0077	0.1624	29.9961	12.9494	41.4493
2	3.3114	-0.1147	0.3456	1.7226	-0.0261	1.9496	0.0267	-0.0624	0.387	0.1912	-0.0874	-0.1067	-0.2273	0.0334	0.0508	0.2747	0.0445	-0.0239	0.3205	0.0106	0.2249	32.6108	16.6464	29.2931
3	1.0818	0.1156	-0.1527	0.6266	-0.574	2.317	-0.0224	-0.0496	-0.2539	0.0371	0.0115	-0.096	0.349	0.1347	0.0092	0.3272	0.0592	0.0143	0.1422	0.0253	0.2638	33.1035	7.723	20.8056
4	1.4395	1.3923	0.8758	4.3939	-2.4581	4.2703	-0.0073	1.2233	0.655	0.5179	-0.5735	-0.9114	-0.0111	0.1942	0.3559	0.166	-0.0116	0.0752	0.4905	0.1167	0.4136	52.6097	17.6363	15.2458
5	5.3773	0.0559	0.4773	1.0806	0.4151	2.1066	-0.0879	0.3287	-0.6454	0.137	0.1986	-0.2752	0.6216	0.1226	-0.0756	0.4406	0.0062	0.0857	0.2163	0.0124	0.2277	32.1527	3.6658	9.2119
6	1.2943	-0.0666	0.0928	0.8977	-0.0492	3.9305	-0.0699	0.2047	0.0095	-0.0476	0.0661	0.1448	0.0561	-0.2628	-0.0066	0.1806	-0.0405	-0.0105	0.2707	0.0347	0.2523	19.139	17.6242	6.3495
7	7.265	-0.9087	-1.069	9.0656	-2.7241	4.3818	0.1051	-0.0588	-1.0102	0.529	-0.1494	1.1246	0.9417	-1.7414	0.1388	0.3868	-0.2426	0.0394	0.5574	0.0195	0.5331	7.3339	1.5656	13.5677
8	4.182	-0.3832	-3.5969	1.7345	0.7055	4.9543	-0.4698	-0.1215	0.1982	-0.4095	0.3769	0.2703	0.6213	0.0357	0.11	0.3858	-0.0446	-0.124	0.5122	0.04	0.2698	17.2771	6.6048	-0.7575
9	3.9402	0.4573	-0.2875	1.5835	-0.1676	1.8159	0.0153	0.2851	0.5466	-0.4133	-0.0178	0.0152	-0.2134	-0.6896	0.054	0.324	0.1138	-0.1202	0.7106	-0.1586	0.2308	-3.3705	6.3352	-61.6727
10	1.0493	0.2186	0.4001	2.4696	0.1011	3.7175	0.1232	0.2669	-0.1476	-0.2788	-0.2846	0.2925	0.596	-0.1659	0.0718	0.3394	0.0597	-0.0813	0.4608	-0.1566	0.3518	2.6682	-0.9027	-53.8257
11	2.1876	-0.6154	1.5589	2.4082	0.8525	2.4243	0.3168	0.6874	-0.2269	-0.2347	-0.3025	0.1743	0.1484	0.175	-0.0004	0.3162	-0.0426	-0.0302	0.4749	-0.0674	0.2223	6.8216	4.4042	-48.8618
12	1.2631	-0.1952	0.3413	2.3917	0.4579	4.0551	0.0543	0.085	0.047	-0.1597	0.0016	-0.1354	-0.1477	0.2673	-0.0072	0.2103	-0.0423	-0	0.2595	-0.0404	0.2263	13.4418	9.6034	-47.3642
13	0.6626	-1.0494	-0.5172	3.4676	2.1951	6.2155	-0.1446	-0.0674	-0.5093	0.1626	0.133	0.2146	0.9742	1.2605	0.0154	0.5657	0.2317	-0.1059	0.4859	-0.1455	0.2727	22.7587	-9.2444	-46.8229
14	3.5826	-1.4689	0.5406	2.2681	0.9746	3.1923	0.1398	0.4169	0.4567	-0.1454	-0.0715	0.0391	-0.0697	0.264	-0.0875	0.2746	-0.1066	-0.0501	0.4115	-0.0579	0.2938	15.562	11.661	-36.9279
15	2.3359	0.2141	0.8594	1.437	0.49	4.0142	0.2687	-0.1998	-0.3026	0.3545	-0.1751	0.329	0.695	-0.2693	-0.0981	0.3101	-0.114	0.0207	0.18	-0.1202	0.2804	4.8672	2.7017	-26.8263
16	5.315	-0.4506	2.2703	4.7723	-3.0144	8.2754	-0.2851	-0.7358	1.0677	0.0525	0.1938	0.3031	-0.0868	-1.5625	0.0266	0.3607	0.0654	0.0031	0.5615	-0.1205	0.366	-0.3554	22.432	-28.8043
17	5.2539	-0.1328	3.7298	0.9255	-1.0085	3.2806	0.0517	-0.2798	0.1665	0.0252	-0.1883	-0.0648	-0.0531	0.2338	0.1575	0.463	-0.0755	0.0209	0.714	-0.1378	0.2607	12.2848	12.0875	-21.528

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1:45)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 46:118)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 119:255)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 256:288)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 289:331)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 332:486)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESSEQ 487:513)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESSEQ 514:541)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 4:45)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 46:111)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESSEQ 112:170)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESSEQ 171:255)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESSEQ 256:300)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN B AND (RESSEQ 301:340)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN B AND (RESSEQ 341:486)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN B AND (RESSEQ 487:513)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN B AND (RESSEQ 514:542)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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