PDB-4asu: F1-ATPase in which all three catalytic sites contain bound nucleo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4asu

タイトル

F1-ATPase in which all three catalytic sites contain bound nucleotide, with magnesium ion released in the Empty site

要素

(ATP SYNTHASE SUBUNIT ...) x 5

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Formation of ATP by chemiosmotic coupling / Cristae formation / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex assembly / mitochondrial envelope / : / proton-transporting ATP synthase complex / : / : / Mitochondrial protein degradation / proton motive force-driven ATP synthesis ...
類似検索 - 分子機能

ATP Synthase; domain 1 / F0F1 ATP synthase delta/epsilon subunit, N-terminal / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit / ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain / Lysin / Thrombin, subunit H - #170 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #20 / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3 / Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3 ...ATP Synthase; domain 1 / F0F1 ATP synthase delta/epsilon subunit, N-terminal / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit / ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain / Lysin / Thrombin, subunit H - #170 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #20 / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3 / Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3 / : / Metazoan delta subunit of F1F0-ATP synthase, C-terminal domain / ATP synthase, gamma subunit, helix hairpin domain / ATP synthase delta/epsilon subunit, C-terminal domain superfamily / ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit, mitochondrial / ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit superfamily, mitochondrial / Mitochondrial ATP synthase epsilon chain / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit, N-terminal / F0F1 ATP synthase delta/epsilon subunit, N-terminal / ATP synthase, Delta/Epsilon chain, beta-sandwich domain / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit conserved site / ATP synthase gamma subunit signature. / ATP synthase, F1 complex, beta subunit / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal domain superfamily / : / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit superfamily / ATP synthase / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta chain, C terminal domain / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / C-terminal domain of V and A type ATP synthase / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / Helix Hairpins / Thrombin, subunit H / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Beta Barrel / Sandwich / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

BOS TAURUS (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Rees, D.M. / Montgomery, M.G. / Leslie, A.G.W. / Walker, J.E.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural Evidence of a New Catalytic Intermediate in the Pathway of ATP Hydrolysis by F1-ATPase from Bovine Heart Mitochondria.
著者: Rees, D.M. / Montgomery, M.G. / Leslie, A.G. / Walker, J.E.

履歴

登録	2012年5月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年7月4日	Group: Other
改定 1.2	2012年7月25日	Group: Database references
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_sheet / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4asu.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4asu.ent.gz	988.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4asu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4asu_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4asu_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	4asu_validation.xml.gz	104.2 KB	表示
CIF形式データ	4asu_validation.cif.gz	141.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/4asu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/4asu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2jdiS 1bmf 1cow 1e1q 1e1r 1e79 1efr 1h8e 1h8h 1nbm 1ohh 1qo1 1w0j 1w0k 2ck3 2jiz 2jj1 2jj2 2v7q 2w6e 2w6f 2w6g 2w6h 2w6i 2w6j 2wss 2xnd S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3oe7-2 3oee-2 2jdi-d 3fks-2 1d8s-d 2hld-2 2ck3-d 3fks-1 2w6i-d 3oe7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (36) #72 - 2005年12月 ATP合成酵素 (ATP Synthase) 類似性 (36) #131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (10)

登録構造単位

A: ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL

B: ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL

C: ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL

D: ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL

E: ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL

F: ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL

G: ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL

H: ATP SYNTHASE SUBUNIT DELTA, MITOCHONDRIAL

I: ATP SYNTHASE SUBUNIT EPSILON, MITOCHONDRIAL

ヘテロ分子

374 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.268, 135.113, 266.355
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

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ATP SYNTHASE SUBUNIT ... , 5種, 9分子 ABCDEFGHI

#1: タンパク質	ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL 分子量: 55301.207 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P19483
#2: タンパク質	ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL 分子量: 51615.684 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P00829, H+-transporting two-sector ATPase
#3: タンパク質	ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL / F-ATPASE GAMMA SUBUNIT 分子量: 30300.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P05631
#4: タンパク質	ATP SYNTHASE SUBUNIT DELTA, MITOCHONDRIAL / F-ATPASE DELTA SUBUNIT 分子量: 15074.813 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P05630
#5: タンパク質・ペプチド	ATP SYNTHASE SUBUNIT EPSILON, MITOCHONDRIAL / ATPASE SUBUNIT EPSILON 分子量: 5662.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P05632

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非ポリマー , 3種, 319分子

#6: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

配列の詳細	DIFFERENT RESIDUE: GLY A 481, GLY B 481, GLY C 481 THIS RESIDUE WAS IDENTIFIED AS A GLY FROM THE ...DIFFERENT RESIDUE: GLY A 481, GLY B 481, GLY C 481 THIS RESIDUE WAS IDENTIFIED AS A GLY FROM THE PROTEIN SEQUENCE. IN THE CDNA SEQUENCE THE CODON FOR THIS RESIDUE WAS AGC (SER) IN THREE CLONES, WHILE IN TWO OTHERS IT WAS GGC (GLY). THE DIFFERENCE WAS THOUGHT TO BE DUE TO A MUTATION OCCURRING DURING EITHER PROPAGATION OF THE CLONES IN THE LIBRARY OR SUBCLONING INTO M13 VECTORS. THE ELECTRON DENSITY IN HIGHER RESOLUTION STRUCTURES SUGGESTS A GLY IN THIS POSITION.

配列の詳細

DIFFERENT RESIDUE: GLY A 481, GLY B 481, GLY C 481 THIS RESIDUE WAS IDENTIFIED AS A GLY FROM THE ...

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実験

実験	手法: X線回折

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月2日 / 詳細: TORODIAL FOCUSING MIRROR
放射	モノクロメーター: CHANNEL CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.59→133.18 Å / Num. obs: 92081 / % possible obs: 78.4 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 4.4
反射シェル	解像度: 2.59→2.73 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 66

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0119	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2JDI

2jdi

解像度: 2.6→63.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.905 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.864 / SU B: 31.727 / SU ML: 0.326 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.437 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28933	4568	5 %	RANDOM
R_work	0.24487	-	-	-
obs	0.24711	87491	77.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.97 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.88 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→63.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23808	0	167	308	24283

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.019	24341
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.892	1.99	32947
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.128	5	3112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.29	24.154	999
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.391	15	4288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.574	15	177
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.056	0.2	3854
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	17936
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.595→2.662 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.37	256	-
R_work	0.32	4849	-
obs	-	-	60.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.8267	1.1375	0.4774	2.7572	-1.2847	2.1537	0.0515	0.2318	0.6841	-0.0069	-0.0578	0.0149	-0.4168	-0.1633	0.0062	0.3173	0.0308	0.0481	0.1484	0.0886	0.0987	-26.0592	25.7633	0.9305
2	1.1143	-0.1092	0.036	1.1611	0.2722	1.6131	-0.0462	-0.0922	0.3274	0.0385	0.0557	-0.0433	-0.172	0.0911	-0.0095	0.2021	0.0156	0.0066	0.1169	-0.0403	0.1099	-23.9472	30.6072	31.7552
3	1.3323	0.1662	-0.0831	2.9911	0.4448	1.9605	0.0095	-0.2111	0.0817	0.0952	-0.1475	0.043	0.1442	0.0834	0.138	0.2549	0.024	0.0318	0.3029	-0.1354	0.1191	-25.7379	31.6276	62.9126
4	5.3456	0.8999	1.0508	5.3868	-0.6136	1.9355	-0.1122	0.214	0.1399	0.0262	0.0225	-0.0307	-0.2779	0.0612	0.0897	0.1789	0.0282	0.063	0.2167	0.0251	0.0465	-2.5557	-8.0785	-0.1407
5	1.473	-0.0189	0.3037	0.8549	-0.2417	1.134	0.0303	-0.048	-0.21	0.0861	0.0009	-0.1426	0.0379	0.1733	-0.0312	0.1532	0.0533	0.0157	0.1189	-0.0046	0.0692	-1.4017	-22.1993	27.433
6	3.5343	0.3068	0.3693	2.3939	-0.5729	2.887	0.0372	-0.2066	-0.4108	0.2214	0.0116	-0.066	0.3232	-0.1688	-0.0488	0.2841	0.0633	-0.0336	0.2346	0.1612	0.1682	0.9054	-34.41	55.961
7	5.1208	-1.8503	0.8026	4.9371	0.3327	5.1405	0.0823	0.3357	-0.2943	-0.3723	-0.0449	0.1905	0.2122	-0.2475	-0.0374	0.233	0.0391	0.0006	0.1298	-0.0124	0.0194	-42.922	-11.3595	-6.4436
8	1.2878	-0.172	-0.3812	0.9992	0.0995	1.1805	-0.0044	0.0366	-0.0576	-0.0085	0.0414	0.1377	-0.0296	-0.0736	-0.037	0.1448	0.0385	0.0212	0.0594	0.014	0.0262	-56.7534	-13.3429	21.5747
9	3.3403	0.4495	0.2496	1.3748	0.2099	2.6235	0.1152	-0.5371	-0.0686	0.1786	0.0625	0.0034	-0.2183	-0.061	-0.1777	0.2795	0.068	0.0564	0.2139	0.11	0.0944	-65.8485	-15.6742	51.2976
10	1.8109	0.7073	-0.6794	4.6548	-0.2951	0.4599	0.1198	0.4696	0.3366	-0.4	-0.0591	0.1695	-0.2594	-0.0812	-0.0607	0.3285	0.0031	-0.0511	0.2276	0.1151	0.0838	-47.1643	11.9045	-2.9874
11	1.1348	0.4276	0.2492	0.9429	0.3588	1.4353	-0.0591	-0.1137	0.321	0.0253	0.0094	0.3459	-0.1551	-0.1711	0.0497	0.1907	0.0688	0.0131	0.1109	-0.0055	0.163	-54.5453	18.2118	24.4728
12	2.7389	-0.4091	0.6298	2.7432	-1.0294	2.1387	0.0683	-0.4502	-0.1557	0.457	0.1095	0.373	-0.0861	-0.3658	-0.1778	0.3892	0.0594	0.1188	0.3547	-0.1007	0.1665	-54.8985	14.5817	55.0862
13	3.0263	-0.6132	-0.3123	3.861	-0.2018	1.5541	0.1164	0.1604	0.2323	-0.2923	-0.0956	-0.2939	-0.1434	0.1601	-0.0207	0.2024	-0.0046	0.0691	0.188	0.0743	0.0898	-4.1924	17.1501	4.7481
14	0.9771	0.24	0.4003	1.0749	0.0325	1.0375	0.014	-0.1587	0.1752	0.1921	0.0344	-0.2428	-0.02	0.2391	-0.0484	0.2231	0.0141	0.0071	0.2306	-0.0753	0.1552	3.4369	11.8101	33.0816
15	1.9316	0.4043	-1.1051	2.9844	-0.6233	3.5338	0.1684	-0.5045	-0.0147	0.3821	0.0781	0.2121	0.0883	0.1736	-0.2464	0.453	0.0418	-0.1356	0.4816	-0.04	0.3195	7.3971	5.0724	61.43
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22	0.585	0.3905	-2.2751	0.4356	-0.9659	13.2349	0.0359	-0.1949	-0.0899	0.1928	-0.1303	-0.0353	0.2907	0.1904	0.0943	0.3749	0.0367	0.0108	0.3126	0.0225	0.1089	-27.0387	-4.7776	57.7285
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24	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.2145	0	0	0.2145	0	0.2145	0	0	0
25	9.1358	11.0194	-6.4052	13.3099	-7.8098	4.8832	0.572	-0.6386	0.6982	0.4815	-0.4904	0.7925	-0.1072	-0.2782	-0.0815	0.9394	-0.0856	0.145	1.6176	-0.4103	0.5859	-44.7798	1.6728	100.2176
26	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.2145	0	0	0.2145	0	0.2145	0	0	0
27	9.0536	9.4657	17.3769	9.9181	18.1975	33.3936	0.3485	-0.4835	-0.0886	0.1641	-0.3308	-0.0489	0.3593	-0.8034	-0.0177	0.8299	-0.1932	0.0235	0.6062	0.108	0.4643	-47.2497	-6.2238	83.1878

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	24 - 93
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	94 - 379
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	600 - 601
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	2020 - 2023
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	380 - 510
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	23 - 93
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	94 - 379
8	X-RAY DIFFRACTION	5	B	600 - 601
9	X-RAY DIFFRACTION	5	B	2028 - 2032
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	380 - 510
11	X-RAY DIFFRACTION	7	C	24 - 93
12	X-RAY DIFFRACTION	8	C	94 - 379
13	X-RAY DIFFRACTION	8	C	600 - 601
14	X-RAY DIFFRACTION	8	C	2018 - 2021
15	X-RAY DIFFRACTION	9	C	380 - 510
16	X-RAY DIFFRACTION	10	D	9 - 81
17	X-RAY DIFFRACTION	11	D	82 - 357
18	X-RAY DIFFRACTION	11	D	600 - 620
19	X-RAY DIFFRACTION	11	D	2012 - 2016
20	X-RAY DIFFRACTION	12	D	358 - 475
21	X-RAY DIFFRACTION	13	E	9 - 81
22	X-RAY DIFFRACTION	14	E	82 - 357
23	X-RAY DIFFRACTION	14	E	600 - 650
24	X-RAY DIFFRACTION	15	E	358 - 470
25	X-RAY DIFFRACTION	16	F	9 - 81
26	X-RAY DIFFRACTION	17	F	82 - 357
27	X-RAY DIFFRACTION	17	F	600 - 620
28	X-RAY DIFFRACTION	17	F	2025 - 2027
29	X-RAY DIFFRACTION	18	F	358 - 475
30	X-RAY DIFFRACTION	19	G	1 - 50
31	X-RAY DIFFRACTION	20	G	60 - 99
32	X-RAY DIFFRACTION	21	G	100 - 180
33	X-RAY DIFFRACTION	22	G	197 - 272
34	X-RAY DIFFRACTION	23	H	16 - 103
35	X-RAY DIFFRACTION	24	H	104 - 144
36	X-RAY DIFFRACTION	25	I	1 - 25
37	X-RAY DIFFRACTION	26	I	26 - 31
38	X-RAY DIFFRACTION	27	I	32 - 45

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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