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万見
- PDB-4ajy: von Hippel-Lindau protein-ElonginB-ElonginC complex, bound to Hif... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ajy
タイトルvon Hippel-Lindau protein-ElonginB-ElonginC complex, bound to Hif1- alpha peptide
要素
  • (TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE ...) x 2
  • HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1-ALPHA
  • VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
キーワードTRANSCRIPTION / E3 UBIQUITIN LIGASE / TRANSCRIPTION FACTOR / HYPOXIC SIGNALING
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial cell differentiation involved in mammary gland alveolus development / neural fold elevation formation / iris morphogenesis / intestinal epithelial cell maturation / positive regulation of nitric oxide metabolic process / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / elastin metabolic process / regulation of transforming growth factor beta2 production / glandular epithelial cell maturation ...epithelial cell differentiation involved in mammary gland alveolus development / neural fold elevation formation / iris morphogenesis / intestinal epithelial cell maturation / positive regulation of nitric oxide metabolic process / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / elastin metabolic process / regulation of transforming growth factor beta2 production / glandular epithelial cell maturation / hemoglobin biosynthetic process / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / cardiac ventricle morphogenesis / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of growth / positive regulation of hormone biosynthetic process / Cellular response to hypoxia / retina vasculature development in camera-type eye / mesenchymal cell apoptotic process / regulation of protein neddylation / negative regulation of bone mineralization / PTK6 Expression / intracellular oxygen homeostasis / collagen metabolic process / B-1 B cell homeostasis / regulation of cellular response to hypoxia / vascular endothelial growth factor production / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / dopaminergic neuron differentiation / transcription regulator activator activity / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / elongin complex / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / lactate metabolic process / negative regulation of thymocyte apoptotic process / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / negative regulation of TOR signaling / Replication of the SARS-CoV-1 genome / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / response to iron ion / VCB complex / neural crest cell migration / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / embryonic hemopoiesis / regulation of glycolytic process / motile cilium / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / DNA-binding transcription repressor activity / intracellular membraneless organelle / PTK6 promotes HIF1A stabilization / muscle cell cellular homeostasis / positive regulation of neuroblast proliferation / digestive tract morphogenesis / DNA-binding transcription activator activity / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / axonal transport of mitochondrion / bone mineralization / heart looping / response to muscle activity / E-box binding / intracellular glucose homeostasis / TOR signaling / outflow tract morphogenesis / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / positive regulation of macroautophagy / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / positive regulation of epithelial cell migration / cellular response to interleukin-1 / epithelial to mesenchymal transition / neuroblast proliferation / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / chondrocyte differentiation / embryonic placenta development / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / negative regulation of signal transduction / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / positive regulation of chemokine production / negative regulation of TORC1 signaling / lactation / positive regulation of endothelial cell proliferation / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / axon cytoplasm / negative regulation of autophagy / negative regulation of miRNA transcription / protein serine/threonine kinase binding
類似検索 - 分子機能
Hypoxia-inducible factor-1 alpha / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor 1-alpha bHLH domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / PAS fold-3 ...Hypoxia-inducible factor-1 alpha / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor 1-alpha bHLH domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / PAS fold-3 / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / PAS fold / Elongin-C / Elongin B / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Elongin-C / Elongin-B / Hypoxia-inducible factor 1-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Van Molle, I. / Thomann, A. / Buckley, D.L. / So, E.C. / Lang, S. / Crews, C.M. / Ciulli, A.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: Dissecting Fragment-Based Lead Discovery at the Von Hippel-Lindau Protein:Hypoxia Inducible Factor 1Alpha Protein-Protein Interface.
著者: Van Molle, I. / Thomann, A. / Buckley, D.L. / So, E.C. / Lang, S. / Crews, C.M. / Ciulli, A.
履歴
登録2012年2月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
C: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
H: HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1-ALPHA
V: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3155
ポリマ－45,2234
非ポリマー921
水4,360242
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6580 Å2
ΔGint-48.9 kcal/mol
Surface area17050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.232, 59.232, 244.038
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE ... , 2種, 2分子 BC

#1: タンパク質 TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2 / ELONGIN 18 KDA SUBUNIT / ELONGIN-B / ELOB / RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR SIII SUBUNIT B / SIII P18


分子量: 13147.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15370
#2: タンパク質 TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1 / ELONGIN 15 KDA SUBUNIT / ELONGIN-C / ELOC / RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR SIII SUBUNIT C / SIII P15


分子量: 10974.616 Da / 分子数: 1 / Fragment: 17-112 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: EXTRA MET AT N-TERMINUS DUE TO CLONING / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15369

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タンパク質・ペプチド / タンパク質 , 2種, 2分子 HV

#3: タンパク質・ペプチド HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1-ALPHA / HIF-1-ALPHA / HIF1-ALPHA / ARNT-INTERACTING PROTEIN / BASIC-HELIX-LOOP-HELIX-PAS PROTEIN MOP1 / ...HIF-1-ALPHA / HIF1-ALPHA / ARNT-INTERACTING PROTEIN / BASIC-HELIX-LOOP-HELIX-PAS PROTEIN MOP1 / CLASS E BASIC HELIX-LOOP-HELIX PROTEIN 78 / BHLHE78 / MEMBER OF PAS PROTEIN 1 / PAS DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 8


分子量: 2260.457 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 559-577 / Mutation: YES / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q16665
#4: タンパク質 VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR / PROTEIN G7 / PVHL / PVHL54-213


分子量: 18840.438 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 54-213 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40337

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非ポリマー , 2種, 243分子

#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.36 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M K PHOSPHATE PH 6.6 0.2 M (NH4)2SO4 20% PEG MME 5000 5 MM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月22日 / 詳細: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BI-MORPH MIRRORS
放射モノクロメーター: CHANNEL CUT CRYOGENICALLY COOLED MONOCHROMATOR CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→45 Å / Num. obs: 46307 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 22.19
反射 シェル解像度: 1.73→1.84 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 3.09 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LM8

1lm8


解像度: 1.73→42.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 2.097 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23241 2316 5 %RANDOM
Rwork0.19032 ---
obs0.19241 43989 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.567 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→42.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2800 0 6 242 3048
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.022884
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1781.9883924
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3015355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.63523.465127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.95215473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3411522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1680.2450
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0222184
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.733→1.778 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 142 -
Rwork0.257 2803 -
obs--97.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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