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万見
- PDB-3zrc: pVHL54-213-EloB-EloC complex (4R)-4-HYDROXY-1-[(3-METHYLISOXAZOL-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zrc
タイトルpVHL54-213-EloB-EloC complex (4R)-4-HYDROXY-1-[(3-METHYLISOXAZOL-5-YL)ACETYL]-N-[4-(1,3-OXAZOL-5-YL)BENZYL]-L-PROLINAMIDE bound
要素
  • TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
  • TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
  • VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
キーワードTRANSCRIPTION / TUMOUR SUPRESSOR PROTEIN / CHRONIC ANEAMIA TRE E3 TREATMENT / E3 UBIQUITIN LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex ...regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / intracellular membraneless organelle / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / negative regulation of signal transduction / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / negative regulation of autophagy / protein serine/threonine kinase binding / transcription corepressor binding / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of cell differentiation / transcription elongation by RNA polymerase II / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cell morphogenesis / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / microtubule cytoskeleton / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / Replication of the SARS-CoV-2 genome / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / cellular response to hypoxia / molecular adaptor activity / DNA-binding transcription factor binding / amyloid fibril formation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein stabilization / protein ubiquitination / cilium / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin-C / Elongin B / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-L8B / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Van Molle, I. / Buckley, D.L. / Crews, C.M. / Ciulli, A.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012
タイトル: Targeting the Von Hippel-Lindau E3 Ubiquitin Ligase Using Small Molecules to Disrupt the Vhl/Hif-1Alpha Interaction
著者: Buckley, D.L. / Van Molle, I. / Gareiss, P.C. / Tae, H.S. / Michel, J. / Noblin, D.J. / Jorgensen, W.L. / Ciulli, A. / Crews, C.M.
履歴
登録2011年6月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Other
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
B: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
C: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
D: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
E: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
F: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
G: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
H: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
I: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
J: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
K: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
L: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,49316
ポリマ－171,85112
非ポリマー1,6424
水18010
1
A: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
B: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
C: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3734
ポリマ－42,9633
非ポリマー4101
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint-31.8 kcal/mol
Surface area15740 Å2
手法PISA
2
D: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
E: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
F: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3734
ポリマ－42,9633
非ポリマー4101
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4290 Å2
ΔGint-36.4 kcal/mol
Surface area16060 Å2
手法PISA
3
G: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
H: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
I: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3734
ポリマ－42,9633
非ポリマー4101
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4700 Å2
ΔGint-42.4 kcal/mol
Surface area16650 Å2
手法PISA
4
J: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
K: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
L: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3734
ポリマ－42,9633
非ポリマー4101
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4330 Å2
ΔGint-38.1 kcal/mol
Surface area16610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.741, 93.741, 363.184
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

#1: タンパク質
TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2 / ELONGIN 18 KDA SUBUNIT / ELONGIN-B / ELOB / RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR SIII SUBUNIT B / ...ELONGIN 18 KDA SUBUNIT / ELONGIN-B / ELOB / RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR SIII SUBUNIT B / SIII P18 / ELONGINB


分子量: 13147.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15370
#2: タンパク質
TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1 / ELONGIN 15 KDA SUBUNIT / ELONGIN-C / ELOC / RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR SIII SUBUNIT C / ...ELONGIN 15 KDA SUBUNIT / ELONGIN-C / ELOC / RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR SIII SUBUNIT C / SIII P15 / ELONGINC


分子量: 10974.616 Da / 分子数: 4 / Fragment: 17-112 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15369
#3: タンパク質
VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR / PROTEIN G7 / PVHL


分子量: 18840.438 Da / 分子数: 4 / Fragment: RESIDUES 54-213 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40337
#4: 化合物
ChemComp-L8B / (4R)-4-HYDROXY-1-[(3-METHYLISOXAZOL-5-YL)ACETYL]-N-[4-(1,3-OXAZOL-5-YL)BENZYL]-L-PROLINAMIDE


分子量: 410.423 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H22N4O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細PVHL ISOFORM 3, STARTING FROM RESIDUE 54 RESIDUES 51-53 CONSEQUENCE OF EXPRESSION TAG. STARTING AT ...PVHL ISOFORM 3, STARTING FROM RESIDUE 54 RESIDUES 51-53 CONSEQUENCE OF EXPRESSION TAG. STARTING AT RESIDUE 17, FROM SECOND INTERNAL START CODON. EXTRA M AT N-TERMINUS DUE TO CLONING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.02 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1.M NA CITRATE PH 5.6, 0.2 M MG ACETATE, 15% PEG 8000, 50.MM DTT.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97625
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月24日
放射モノクロメーター: CU / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→45.39 Å / Num. obs: 34397 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 91.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RZF (APO STRUCTURE V54BC)

3rzf


解像度: 2.9→41.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.896 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.776 / SU B: 22.943 / SU ML: 0.456 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.601 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.35042 1742 5.1 %RANDOM
Rwork0.24224 ---
obs0.24772 32437 91.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.644 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å20 Å20 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3---0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→41.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10210 0 120 10 10340
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02210577
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9211.9914411
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.53951308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.06523.485439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.987151653
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1151571
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.21650
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0228065
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6611.56682
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.26210803
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.74533895
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9754.53608
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 119 -
Rwork0.27 2292 -
obs--90.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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