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- PDB-3rzf: Crystal Structure of Inhibitor of kappaB kinase beta (I4122) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rzf
タイトルCrystal Structure of Inhibitor of kappaB kinase beta (I4122)
要素MGC80376 protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / SIGNALING PROTEIN / kinase uld / kinase ubiquitin-like domain scaffold helix / kinase / I kappa B alpha / phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


IkappaB kinase / IkappaB kinase activity / IkappaB kinase complex / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #250 / I-kappa-kinase-beta NEMO binding domain / IKBKB, scaffold dimerization domain / IKBKB, scaffold dimerization domain superfamily / I-kappa-kinase-beta NEMO binding domain / IQBAL scaffold dimerization domain / I-kappa-kinase-beta NEMO binding domain / : / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 ...Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #250 / I-kappa-kinase-beta NEMO binding domain / IKBKB, scaffold dimerization domain / IKBKB, scaffold dimerization domain superfamily / I-kappa-kinase-beta NEMO binding domain / IQBAL scaffold dimerization domain / I-kappa-kinase-beta NEMO binding domain / : / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Roll / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-XNM / IkappaB kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 4 Å
データ登録者Xu, G. / Lo, Y.C. / Li, Q. / Napolitano, G. / Wu, X. / Jiang, X. / Dreano, M. / Karin, M. / Wu, H.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of inhibitor of KappaB kinase Beta.
著者: Xu, G. / Lo, Y.C. / Li, Q. / Napolitano, G. / Wu, X. / Jiang, X. / Dreano, M. / Karin, M. / Wu, H.
履歴
登録2011年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2011年5月25日ID: 3QAD
改定 1.02011年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MGC80376 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,4392
ポリマ－78,0021
非ポリマー4381
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.656, 164.656, 273.458
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 MGC80376 protein


分子量: 78001.508 Da / 分子数: 1 / 変異: S177E, S181E / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: Q6INT1
#2: 化合物 ChemComp-XNM / (4-{[4-(4-chlorophenyl)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]methanone


分子量: 437.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H24ClN5O2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.29 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: 1.8M K/Na phosphate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 83 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.963937, 0.979163, 0.979328
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月8日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9639371
20.9791631
30.9793281
反射解像度: 4→30 Å / Num. obs: 13319 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 1.2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 130 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 25.3
反射 シェル解像度: 4→4.3021 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Mean I/σ(I) obs: 25.3 / Num. unique all: 12469 / Rsym value: 0.078 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 4→14.965 Å / SU ML: 0.72 / σ(F): 0 / 位相誤差: 42.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3399 655 4.92 %5%
Rwork0.2699 ---
obs0.2732 13319 83.69 %-
all-15817 --
溶媒の処理減衰半径: 0.49 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 200.529 Å2 / ksol: 0.184 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-40.2013 Å20 Å2-0 Å2
2--40.2013 Å2-0 Å2
3----80.4026 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→14.965 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4368 0 31 0 4399
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0484579
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7476060
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.5091735
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.106677
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006778
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4-4.30210.50851040.40221918X-RAY DIFFRACTION65
4.3021-4.72260.37941200.32442234X-RAY DIFFRACTION75
4.7226-5.3780.43941120.32732534X-RAY DIFFRACTION84
5.378-6.67420.39531530.30862882X-RAY DIFFRACTION94
6.6742-14.96510.27421660.21173096X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.31210.8372-1.4954-0.3815-0.32430.48640.98841.1770.69020.80010.2754-0.5983-0.4041-0.37161.44860.9916-0.25460.02131.8687-0.16131.854596.4567-33.291560.0335
23.9022-1.96570.6876.76621.60111.0747-0.4279-0.5895-0.22991.08361.0332-0.8617-0.09730.82110.64650.8707-0.62670.16361.809-0.37631.1379.3564-30.823652.6644
32.1442-0.8008-0.45392.54551.9499-0.20951.102-0.2096-0.26352.2229-0.6869-0.39370.6979-0.01890.02430.7671-0.19440.3161.1675-0.21960.836664.5919-28.444750.4089
41.96310.0995-0.79984.2094-0.74520.6432-0.26251.61450.6327-2.04220.52040.3516-0.42561.2967-01.5755-0.01890.03311.6407-0.03631.237564.9827-21.36318.0643
51.1158-0.2673-2.0512.0885-1.2354.0232-0.4518-1.37930.62460.2444-0.2114-0.3448-0.83443.8551-0.09611.27820.41170.6019-0.6151-0.54191.19363.0529-5.276243.8078
60.07430.62110.08060.75070.20890.1226-1.2582.706-0.5852-0.8401-0.38540.21780.83630.625102.7881-0.3452-0.01832.8280.07882.413373.5545-6.22684.5283
7-0.1465-0.12530.1057-0.20740.01780.02491.28490.14170.50770.79531.68622.4158-0.31550.4293-01.69430.00360.36841.79690.18882.291270.73714.26290.1771
80.0727-0.0377-0.2155-0.1512-0.0560.19430.1396-0.29770.8549-0.29261.6363-0.55430.13113.2704-02.3424-0.69390.39751.9376-0.56842.468774.4174-0.111950.0928
90.4357-0.9480.22310.7727-0.04840.17121.75410.93830.5418-1.5669-0.71321.04560.80272.6221-01.56660.17930.70650.8975-0.12322.144563.55842.688534.8697
100.0052-0.2707-0.02540.66350.11290.05811.1970.029-1.2469-0.0720.5531-1.1709-2.3177-2.046802.0124-0.33190.00112.58030.23042.555865.1787-4.6189-3.3832
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 16:100)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 101:199)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 200:309)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 310:394)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 401:445)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESSEQ 446:475)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESSEQ 528:551)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND (RESSEQ 559:585)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN A AND (RESSEQ 586:610)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN A AND (RESSEQ 611:637)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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