+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5djq | ||||||
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Title | The structure of CBB3 cytochrome oxidase. | ||||||
Components |
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Keywords | OXIDOREDUCTASE / cbb3-cytochrome c oxidase / Pseudomonas_stutzeri | ||||||
Function / homology | Function and homology information aerobic respiration, using ferrous ions as electron donor / plasma membrane respirasome / plasma membrane respiratory chain complex IV / cytochrome complex / aerobic electron transport chain / cytochrome-c oxidase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / oxidative phosphorylation / electron transport coupled proton transport / cytochrome-c oxidase activity ...aerobic respiration, using ferrous ions as electron donor / plasma membrane respirasome / plasma membrane respiratory chain complex IV / cytochrome complex / aerobic electron transport chain / cytochrome-c oxidase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / oxidative phosphorylation / electron transport coupled proton transport / cytochrome-c oxidase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / respirasome / proton transmembrane transport / oxygen binding / electron transfer activity / iron ion binding / copper ion binding / heme binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas stutzeri (bacteria) Pseudomonas stutzeri ATCC 14405 = CCUG 16156 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 3.2 Å | ||||||
Authors | Buschmann, S. / Warkentin, E. / Xie, H. / Kohlstaedt, M. / Langer, J.D. / Ermler, U. / Michel, H. | ||||||
Citation | Journal: Science / Year: 2010 Title: The structure of cbb3 cytochrome oxidase provides insights into proton pumping. Authors: Buschmann, S. / Warkentin, E. / Xie, H. / Langer, J.D. / Ermler, U. / Michel, H. #1: Journal: Mbio / Year: 2016 Title: Identification and Characterization of the Novel Subunit CcoM in the cbb33Cytochrome c Oxidase from Pseudomonas stutzeri ZoBell. Authors: Kohlstaedt, M. / Buschmann, S. / Xie, H. / Resemann, A. / Warkentin, E. / Langer, J.D. / Michel, H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5djq.cif.gz | 1.6 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5djq.ent.gz | 1.4 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5djq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/5djq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/5djq | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit ... , 3 types, 12 molecules ADGKBEHLCFIM
#1: Protein | Mass: 52829.637 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Pseudomonas stutzeri (bacteria) / References: UniProt: D9IA43, cytochrome-c oxidase #2: Protein | Mass: 22842.102 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Pseudomonas stutzeri (bacteria) / References: UniProt: D9IA44 #3: Protein | Mass: 33691.051 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Pseudomonas stutzeri (bacteria) / References: UniProt: D9IA45 |
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-Protein/peptide , 1 types, 4 molecules NOPQ
#4: Protein/peptide | Mass: 3963.710 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Pseudomonas stutzeri ATCC 14405 = CCUG 16156 (bacteria) References: UniProt: H7ESS5 |
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-Non-polymers , 7 types, 44 molecules
#5: Chemical | ChemComp-HEM / #6: Chemical | ChemComp-CU / #7: Chemical | ChemComp-CA / #8: Chemical | ChemComp-PEO / #9: Chemical | ChemComp-PO4 / #10: Chemical | ChemComp-HEC / #11: Chemical | ChemComp-FC6 / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.74 Å3/Da / Density % sol: 67.09 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 20mM TRIS(HCL), 0.1 M NACL, 0.058% ALPHA-UDM, 0.0125% DECANOYLSUCROSE, 0.018% ALPHA-DDM, 0.016 M K3FE(CN)6, |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 0.9918 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 6, 2008 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.2→14.982 Å / Num. obs: 108344 / % possible obs: 98.51 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.162 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 11.4 |
Reflection shell | Resolution: 3.2→3.3 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 3.2→14.982 Å / SU ML: 0.35 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 20.94 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.2→14.982 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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