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- PDB-6lt7: Crystal structure of human RPP20-RPP25 proteins in complex with t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lt7
タイトルCrystal structure of human RPP20-RPP25 proteins in complex with the P3 domain of lncRNA RMRP
要素
  • 50-mer RNA
  • Ribonuclease P protein subunit p20
  • Ribonuclease P protein subunit p25
キーワードHYDROLASE/RNA / Ribonucleoprotein complex / RNase MRP / RMRP / Cartilage hair hypoplasia / Alba / RNA BINDING PROTEIN / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


multimeric ribonuclease P complex / nucleolar ribonuclease P complex / ribonuclease MRP complex / ribonuclease P RNA binding / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / tRNA processing in the nucleus / tRNA processing / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / centriolar satellite ...multimeric ribonuclease P complex / nucleolar ribonuclease P complex / ribonuclease MRP complex / ribonuclease P RNA binding / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / tRNA processing in the nucleus / tRNA processing / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / centriolar satellite / rRNA processing / intracellular membrane-bounded organelle / nucleolus / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ribonucleases P/MRP protein subunit Rpp20/Pop7 / Rpp20 subunit of nuclear RNase MRP and P / DNA/RNA-binding protein Alba-like / Alba / Alba-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Ribonuclease P protein subunit p20 / Ribonuclease P protein subunit p25
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Huang, J. / Yin, C.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31570766 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)U1632130 中国
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of human RPP20-RPP25 proteins in complex with the P3 domain of lncRNA RMRP.
著者: Yin, C. / Bai, G. / Zhang, Y. / Huang, J.
履歴
登録2020年1月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease P protein subunit p20
B: Ribonuclease P protein subunit p25
C: 50-mer RNA
D: Ribonuclease P protein subunit p20
E: Ribonuclease P protein subunit p25
F: 50-mer RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,16812
ポリマ－104,7966
非ポリマー3726
水4,882271
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16300 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area37020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.168, 144.168, 74.223
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease P protein subunit p20 / RNaseP protein p20 / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 homolog / hPOP7


分子量: 15853.733 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POP7, RPP20 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O75817, ribonuclease P
#2: タンパク質 Ribonuclease P protein subunit p25 / RNase P protein subunit p25


分子量: 20668.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPP25 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BUL9, ribonuclease P
#3: RNA鎖 50-mer RNA / RMRP_P3


分子量: 15875.380 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.06 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 20% of PEG 3350, 0.2 M ammonium tartrate dibasic, pH 6.6

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 47259 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.187 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.198 / Χ2: 2 / Net I/σ(I): 4.1 / Num. measured all: 482821
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.7-2.758.10.80323800.8330.2930.8570.51699.7
2.75-2.89.10.76123430.8770.2640.8070.497100
2.8-2.859.70.68123570.9160.2290.7180.514100
2.85-2.9110.10.58723380.9350.1930.6180.517100
2.91-2.9710.30.56523710.9370.1840.5950.542100
2.97-3.0410.20.4723650.9530.1540.4940.557100
3.04-3.129.60.37323740.9670.1270.3940.668100
3.12-3.210.20.31823770.9740.1040.3350.68100
3.2-3.310.90.26723390.9810.0840.280.788100
3.3-3.410.90.23823720.980.0760.250.861100
3.4-3.5210.80.20224080.9840.0640.2130.929100
3.52-3.6610.80.1823360.9870.0580.1891.074100
3.66-3.8310.70.16823380.9880.0540.1771.354100
3.83-4.039.90.15323620.980.0510.1611.737100
4.03-4.2910.20.14323790.9880.0470.1512.046100
4.29-4.62110.14323600.9740.0460.152.628100
4.62-5.0810.90.14123560.9790.0460.1492.71100
5.08-5.8110.30.14223610.9790.0470.1492.795100
5.81-7.3210.40.14323750.9880.0470.153.394100
7.32-5010.20.17923680.920.0630.1914.704100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→35.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 8.844 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.283 / ESU R Free: 0.24
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2385 2250 4.8 %RANDOM
Rwork0.1916 ---
obs0.1938 44933 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 225.81 Å2 / Biso mean: 62.135 Å2 / Biso min: 27.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.96 Å20.48 Å20 Å2
2--0.96 Å20 Å2
3----3.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→35.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3671 2060 24 271 6026
Biso mean--91.7 58.89 -
残基数----578
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0126039
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0184627
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8131.5128616
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3741.88110803
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8945472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.23619.557203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg1815613
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.921545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2899
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.025282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021293
LS精密化 シェル解像度: 2.703→2.773 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 161 -
Rwork0.346 3335 -
all-3496 -
obs--99.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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