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Yorodumi- PDB-2aqj: The structure of tryptophan 7-halogenase (PrnA) suggests a mechan... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2aqj | ||||||
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Title | The structure of tryptophan 7-halogenase (PrnA) suggests a mechanism for regioselective chlorination | ||||||
Components | tryptophan halogenase, PrnA | ||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / tryptophan 7-halogenase / flavin-dependent halogenase / helical bundle / sandwiched sheets / Structural Genomics / Scottish Structural Proteomics Facility / SSPF | ||||||
Function / homology | Function and homology information tryptophan 7-halogenase / antibiotic biosynthetic process / monooxygenase activity / nucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas fluorescens (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Dong, C. / Flecks, S. / Unversucht, S. / Haupt, C. / Van Pee, K.-H. / Naismith, J.H. / Scottish Structural Proteomics Facility (SSPF) | ||||||
Citation | Journal: Science / Year: 2005 Title: Tryptophan 7-halogenase (PrnA) structure suggests a mechanism for regioselective chlorination. Authors: Dong, C. / Flecks, S. / Unversucht, S. / Haupt, C. / van Pee, K.H. / Naismith, J.H. #1: Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2004 Title: Crystallization and X-ray diffraction of a halogenating enzyme, tryptophan 7-halogenase, from Pseudomonas fluorescens Authors: Dong, C. / Kotzsch, A. / Dorward, M. / Van Pee, K.-H. / Naismith, J.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2aqj.cif.gz | 234.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2aqj.ent.gz | 183.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2aqj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/2aqj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/2aqj | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 61146.086 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas fluorescens (bacteria) / Gene: prnA / Plasmid: pPEH14 / Production host: Pseudomonas fluorescens (bacteria) / Strain (production host): BL915 / References: UniProt: P95480 |
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#2: Chemical | ChemComp-CL / |
#3: Chemical | ChemComp-TRP / |
#4: Chemical | ChemComp-FAD / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 8% PEG20000, 0.1M Mes pH 6.5, 20mM tryptophan, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293 K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-1 / Wavelength: 0.934, 0.9796, 0.9798, 0.9252 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Nov 19, 2003 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection |
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Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.8→54.66 Å / Num. all: 57128 / Num. obs: 57013 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 2.11 / Observed criterion σ(I): 2.3 / Redundancy: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 25.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 6.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.9 Å / % possible obs: 68.8 % / Redundancy: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.337 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. measured obs: 5997 / Num. unique all: 5997 / Rsym value: 0.337 / % possible all: 93 |
-Phasing
Phasing | Method: MAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing set |
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Phasing MAD set |
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Phasing MAD set site |
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Phasing dm | FOM : 0.66 / FOM acentric: 0.66 / FOM centric: 0.67 / Reflection: 14782 / Reflection acentric: 11918 / Reflection centric: 2864 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 1.8→54.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 5.48 / SU ML: 0.076 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.111 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29.429 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→54.66 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 10.247 Å / Origin y: 6.789 Å / Origin z: 20.143 Å
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Refinement TLS group | Selection: ALL |