PDB-2aqj: The structure of tryptophan 7-halogenase (PrnA) suggests a mechan...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2aqj

タイトル

The structure of tryptophan 7-halogenase (PrnA) suggests a mechanism for regioselective chlorination

要素

tryptophan halogenase, PrnA

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / tryptophan 7-halogenase / flavin-dependent halogenase / helical bundle / sandwiched sheets / Structural Genomics / Scottish Structural Proteomics Facility / SSPF

機能・相同性

機能・相同性情報

tryptophan 7-halogenase / antibiotic biosynthetic process / monooxygenase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Dong, C. / Flecks, S. / Unversucht, S. / Haupt, C. / Van Pee, K.-H. / Naismith, J.H. / Scottish Structural Proteomics Facility (SSPF)

引用

ジャーナル: Science / 年: 2005
タイトル: Tryptophan 7-halogenase (PrnA) structure suggests a mechanism for regioselective chlorination.
著者: Dong, C. / Flecks, S. / Unversucht, S. / Haupt, C. / van Pee, K.H. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2005年8月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb2aqj.ent.gz	183.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	2aqj_full_validation.pdf.gz	691.5 KB	表示
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CIF形式データ	2aqj_validation.cif.gz	20.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/2aqj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/2aqj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2apgC 2ar8C 2ardC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2apg-1 2ar8-1 2ard-1 6lt7-d 6kyj-3 3v05-d 6kyi-d 1z4u-2 4rg7-d 2x4p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: tryptophan halogenase, PrnA

ヘテロ分子

62.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: tryptophan halogenase, PrnA

ヘテロ分子

A: tryptophan halogenase, PrnA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
124 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.630, 67.630, 276.027
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-764- HOH

#1: タンパク質	tryptophan halogenase, PrnA 分子量: 61146.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: prnA / プラスミド: pPEH14 / 発現宿主: Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 株 (発現宿主): BL915 / 参照: UniProt: P95480
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂N₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 8% PEG20000, 0.1M Mes pH 6.5, 20mM tryptophan, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293 K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
3		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934, 0.9796, 0.9798, 0.9252

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月19日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.934	1
2	0.9796	1
3	0.9798	1
4	0.9252	1

Reflection

冗長度 (%)	ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	R_sym value	D res high (Å)	D res low (Å)	% possible obs
13.1	1	8.2	15243	0.081	0.081	2.9	54.57	100
4.4	2	10	16587	0.061	0.061	2.8	54.5	98.9
5	3	8	15238	0.078	0.078	2.9	54.57	100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
12.97	55.21	98.8	1	0.03	0.03	9.5
9.17	12.97	100	1	0.027	0.027	11.4
7.49	9.17	100	1	0.031	0.031	11.9
6.48	7.49	100	1	0.052	0.052	12.3
5.8	6.48	100	1	0.083	0.083	12.6
5.29	5.8	100	1	0.076	0.076	12.8
4.9	5.29	100	1	0.06	0.06	12.8
4.59	4.9	100	1	0.055	0.055	13
4.32	4.59	100	1	0.056	0.056	13.2
4.1	4.32	100	1	0.062	0.062	13
3.91	4.1	100	1	0.074	0.074	13.3
3.74	3.91	100	1	0.082	0.082	13.3
3.6	3.74	100	1	0.097	0.097	13.3
3.47	3.6	100	1	0.116	0.116	13.4
3.35	3.47	100	1	0.144	0.144	13.3
3.24	3.35	100	1	0.164	0.164	13.5
3.15	3.24	100	1	0.204	0.204	13.4
3.06	3.15	100	1	0.25	0.25	13.5
2.98	3.06	100	1	0.332	0.332	13.5
2.9	2.98	100	1	0.405	0.405	13.5
12.52	55.19	95.1	2	0.028	0.028	3.5
8.85	12.52	98.4	2	0.025	0.025	4
7.23	8.85	98.6	2	0.026	0.026	4.3
6.26	7.23	99.4	2	0.046	0.046	4.3
5.6	6.26	99.1	2	0.057	0.057	4.4
5.11	5.6	99.6	2	0.055	0.055	4.4
4.73	5.11	99.7	2	0.044	0.044	4.5
4.43	4.73	99.7	2	0.042	0.042	4.5
4.17	4.43	99.8	2	0.046	0.046	4.4
3.96	4.17	99.9	2	0.051	0.051	4.6
3.78	3.96	100	2	0.06	0.06	4.6
3.61	3.78	100	2	0.066	0.066	4.5
3.47	3.61	100	2	0.085	0.085	4.6
3.35	3.47	100	2	0.098	0.098	4.5
3.23	3.35	100	2	0.115	0.115	4.6
3.13	3.23	100	2	0.143	0.143	4.6
3.04	3.13	100	2	0.176	0.176	4.6
2.95	3.04	100	2	0.248	0.248	4.6
2.87	2.95	100	2	0.301	0.301	4.6
2.8	2.87	88.7	2	0.36	0.36	3
12.97	55.27	98.2	3	0.026	0.026	3.7
9.17	12.97	99.8	3	0.026	0.026	4.2
7.49	9.17	100	3	0.027	0.027	4.6
6.48	7.49	100	3	0.038	0.038	4.7
5.8	6.48	100	3	0.057	0.057	4.8
5.29	5.8	100	3	0.061	0.061	4.8
4.9	5.29	100	3	0.063	0.063	4.9
4.59	4.9	100	3	0.055	0.055	4.9
4.32	4.59	100	3	0.05	0.05	5
4.1	4.32	99.9	3	0.057	0.057	5
3.91	4.1	99.9	3	0.07	0.07	5
3.74	3.91	100	3	0.075	0.075	5.1
3.6	3.74	100	3	0.092	0.092	5
3.47	3.6	100	3	0.116	0.116	5.1
3.35	3.47	100	3	0.138	0.138	5.1
3.24	3.35	100	3	0.155	0.155	5.1
3.15	3.24	100	3	0.191	0.191	5
3.06	3.15	100	3	0.239	0.239	5.2
2.98	3.06	100	3	0.311	0.311	5.1
2.9	2.98	100	3	0.37	0.37	5.1

反射

解像度: 1.8→54.66 Å / Num. all: 57128 / Num. obs: 57013 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 2.11 / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 9.1 % / B_iso Wilson estimate: 25.52 Å² / R_merge(I) obs: 0.071 / R_sym value: 0.071 / Net I/σ(I): 6.4

反射シェル

解像度: 1.8→1.9 Å / % possible obs: 68.8 % / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.337 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. measured obs: 5997 / Num. unique all: 5997 / R_sym value: 0.337 / % possible all: 93

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	3 wavelength	1	0.9796	5.87	-8.13
1	3 wavelength	2	0.9798	2.57	-10.44
1	3 wavelength	3	0.9252	3.15	-2.94

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	60	0.579	0.227	0.119	0.968
2	Se	60	0.224	0.947	0.074	1.003
3	Se	60	0.891	0.233	0.052	0.872
4	Se	60	0.345	0.135	0.103	0.896
5	Se	60	0.24	0.078	0.047	0.887
6	Se	60	0.309	0.249	0.059	0.95
7	Se	56.059	0.883	0.029	0.079	0.886
8	Se	60	0.786	0.141	0.019	0.742
9	Se	60	0.014	0.894	0.093	0.781
10	Se	60	0.076	0.983	0.121	0.822
11	Se	60	0.015	0.396	0.052	0.506

Phasing dm

FOM : 0.66 / FOM acentric: 0.66 / FOM centric: 0.67 / 反射: 14782 / Reflection acentric: 11918 / Reflection centric: 2864

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
8.3-19.977	0.94	0.96	0.91	695	391	304
5.2-8.3	0.9	0.92	0.84	2088	1505	583
4.1-5.2	0.87	0.88	0.82	2533	2006	527
3.6-4.1	0.76	0.78	0.71	2504	2056	448
3.1-3.6	0.54	0.55	0.49	4326	3680	646
2.9-3.1	0.31	0.31	0.27	2636	2280	356

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
SOLVE	2.03	位相決定
RESOLVE	2.03	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	1.7	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.8→54.66 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 5.48 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.202	2857	5.1 %	RANDOM
R_work	0.168	-	-	-
all	0.169	57013	-	-
obs	0.167	56573	93.12 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.429 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.24 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→54.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4162	0	69	393	4624

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	4352
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.478	1.961	5919
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.099	5	516
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.683	23.194	216
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.857	15	687
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.862	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	618
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3394
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	2329
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.317	0.2	3021
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	429
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.247	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.128	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.099	1.5	2633
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.67	2	4162
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.287	3	2053
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.371	4.5	1757
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.512	3	4686
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	6.435	3	394
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	2.48	3	4231

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / R_factor R_free error: 0.01 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.272	150	-
R_work	0.194	2748	-
all	-	2898	-
obs	-	31170	65.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 10.247 Å / Origin y: 6.789 Å / Origin z: 20.143 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0855 Å²	-0.0125 Å²	-0.0025 Å²	-	0.0864 Å²	-0.0564 Å²	-	-	-0.0991 Å²
L	2.2919 °²	-0.7068 °²	-0.2246 °²	-	0.4174 °²	0.2489 °²	-	-	0.848 °²
S	0.0717 Å °	-0.3617 Å °	-0.0203 Å °	-0.0297 Å °	0.0998 Å °	-0.0174 Å °	0.0273 Å °	0.1469 Å °	-0.1714 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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