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- PDB-3zkj: Crystal Structure of Ankyrin Repeat and Socs Box-Containing Prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zkj
タイトルCrystal Structure of Ankyrin Repeat and Socs Box-Containing Protein 9 (Asb9) in Complex with Elonginb and Elonginc
要素
  • (TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE ...) x 2
  • ANKYRIN REPEAT AND SOCS BOX PROTEIN 9
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION / AUTOANTIBODY
機能・相同性
機能・相同性情報


target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript ...target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / transcription corepressor binding / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / transcription elongation by RNA polymerase II / Evasion by RSV of host interferon responses / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / positive regulation of protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / intracellular signal transduction / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ankyrin repeat and SOCS box protein 9/11, SOCS box domain / : / SOCS box / SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / Elongin C; Chain C, domain 1 / Elongin-C ...Ankyrin repeat and SOCS box protein 9/11, SOCS box domain / : / SOCS box / SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / Elongin C; Chain C, domain 1 / Elongin-C / Elongin B / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Ankyrin repeat-containing domain / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Alpha Horseshoe / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Elongin-C / Elongin-B / Ankyrin repeat and SOCS box protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Muniz, J.R.C. / Guo, K. / Zhang, Y. / Ayinampudi, V. / Savitsky, P. / Keates, T. / Filippakopoulos, P. / Vollmar, M. / Yue, W.W. / Krojer, T. ...Muniz, J.R.C. / Guo, K. / Zhang, Y. / Ayinampudi, V. / Savitsky, P. / Keates, T. / Filippakopoulos, P. / Vollmar, M. / Yue, W.W. / Krojer, T. / Ugochukwu, E. / von Delft, F. / Knapp, S. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bullock, A.N.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Molecular Architecture of the Ankyrin Socs Box Family of Cul5-Dependent E3 Ubiquitin Ligases
著者: Muniz, J.R.C. / Guo, K. / Kershaw, N.J. / Ayinampudi, V. / von Delft, F. / Babon, J.J. / Bullock, A.N.
履歴
登録2013年1月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2013年1月30日ID: 2XAI
改定 1.02013年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月3日Group: Database references / Other ...Database references / Other / Refinement description / Structure summary
改定 1.22013年7月10日Group: Database references
改定 1.32013年8月28日Group: Database references
改定 1.42018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ANKYRIN REPEAT AND SOCS BOX PROTEIN 9
B: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
C: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
D: ANKYRIN REPEAT AND SOCS BOX PROTEIN 9
E: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
F: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,40311
ポリマ－105,1026
非ポリマー3015
水1,11762
1
A: ANKYRIN REPEAT AND SOCS BOX PROTEIN 9
B: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
C: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7556
ポリマ－52,5513
非ポリマー2043
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-44.2 kcal/mol
Surface area19940 Å2
手法PISA
2
D: ANKYRIN REPEAT AND SOCS BOX PROTEIN 9
E: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
F: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6495
ポリマ－52,5513
非ポリマー982
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4560 Å2
ΔGint-54.6 kcal/mol
Surface area20550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.860, 110.740, 113.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22E

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TRPTRPLEULEUAA37 - 2944 - 261
21TRPTRPLEULEUDD37 - 2944 - 261
12TYRTYRCYSCYSBB18 - 1122 - 96
22TYRTYRCYSCYSEE18 - 1122 - 96

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.0843, -0.0303, -0.996), (-0.0109, -0.9995, 0.0295), (-0.9964, 0.0083, -0.0846)
ベクター: 41.8607, 6.9597, 46.2477)

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質 ANKYRIN REPEAT AND SOCS BOX PROTEIN 9 / ASB-9


分子量: 28559.803 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 35-294 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 器官: KIDNEY / プラスミド: P11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q96DX5

-
TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE ... , 2種, 4分子 BECF

#2: タンパク質 TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1 / RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR / ELOC / SIII SUBUNIT C / SIII P15 / ELONGIN 15 KDA SUBUNIT / ELONGIN-C


分子量: 10843.420 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 17-112 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 器官: KIDNEY / プラスミド: P11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q15369
#3: タンパク質 TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2 / RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR SIII SUBUNIT B / SIII P18 / ELONGIN-B / ELOB / ELONGIN 18 KDA SUBUNIT


分子量: 13147.781 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 221-338 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 器官: KIDNEY / プラスミド: P11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q15370

-
非ポリマー , 4種, 67分子

#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.78 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.2M NA2SO4, 0.1M BTPROP 6.5, 20% PEG 3350, 10% ETGLY

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器日付: 2010年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→50.47 Å / Num. obs: 41297 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.58→2.72 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.58→50.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 23.907 / SU ML: 0.236 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.418 / ESU R Free: 0.284 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26507 2050 5 %RANDOM
Rwork0.22706 ---
obs0.2289 39120 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 74.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.2 Å20 Å20 Å2
2---3.31 Å20 Å2
3---1.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.58→50.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6378 0 17 62 6457
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0196541
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.026200
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.521.9668886
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.005314258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.85843
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.61824.466253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.698151036
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5341525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21037
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217359
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021400
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A145450.09
12D145450.09
21B40960.06
22E40960.06
LS精密化 シェル解像度: 2.581→2.648 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.47 140 -
Rwork0.362 2852 -
obs--99.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.43451.10521.38396.4763.25984.3797-0.2344-0.40060.05640.28060.2022-0.08910.20150.13050.03220.4348-0.00880.04360.6119-0.05890.439622.10216.286950.7847
23.3550.33341.71582.77791.21672.32830.0806-0.5035-0.35140.3549-0.00150.24530.3378-0.2984-0.07910.4448-0.09040.07570.53180.09630.68069.2734-15.672535.4529
32.7699-1.367-1.54623.13111.84243.5120.30150.37430.23530.353-0.07920.46870.0538-0.3753-0.22240.4099-0.00330.04710.4070.14740.645914.7671-19.813419.7332
43.58542.16067.18671.56234.42614.450.63120.2635-0.6879-0.13040.6049-0.24781.05390.6445-1.23611.1507-0.7238-0.62061.0097-0.19191.038813.2103-36.98580.3683
538.7833-6.717420.562911.1826.369220.7564-0.3440.6702-0.15520.8951.163-0.81680.68661.5283-0.8190.9739-0.12240.210.6319-0.33460.620719.111-33.476-4.5292
612.11543.6378-4.80623.5321-0.46569.39460.21810.4491-0.43770.34320.10440.52190.7508-0.7364-0.32250.7162-0.1846-0.19290.4695-0.01670.850612.3888-36.150112.086
78.30682.77224.89389.42123.203111.1014-0.16130.7165-1.2749-0.02350.7301-0.323-0.0082-0.4154-0.56880.3536-0.0349-0.00120.45210.00930.598419.1803-28.944112.0787
83.74562.71052.2463.65651.74551.35591.04150.5178-2.26760.16610.2766-1.22650.60640.2905-1.3181.3226-0.331-0.36970.8966-0.48191.692116.4864-47.66096.8621
917.34869.2464-6.06149.0619-2.69812.6006-0.26842.1344-3.3776-0.3394-0.2271-2.19570.7221-1.58980.49561.3742-1.1005-0.5941.83040.58092.28177.7639-55.39710.1054
1011.369417.1247.652227.64145.331826.041-0.60211.7871-1.4685-1.5242.9565-1.66381.46260.4471-2.35441.8356-0.4578-0.29061.0455-0.65193.03059.5451-56.95592.6684
112.42683.9949-4.46396.6328-7.49478.6756-0.15240.3435-0.2546-0.4350.5506-0.13760.6605-0.7147-0.39821.3047-0.2366-0.74490.6283-0.14071.68316.0672-56.41417.1557
1213.6864-5.42320.82512.3454-0.34160.05380.3476-0.2939-0.4196-0.2474-0.27140.07450.05270.0058-0.07621.5412-0.3376-0.36440.97650.2751.152914.1423-45.872616.7471
138.82288.04332.751514.57846.56357.90480.55070.5394-1.11660.03270.8283-3.27861.02840.4184-1.37910.7560.10430.02190.4091-0.04581.16930.5279-33.042814.1829
145.40840.19287.14623.1424-0.858713.37160.08050.1417-0.15870.3533-0.20580.2097-0.1799-0.73250.12530.3636-0.10960.07850.4933-0.19580.5713-10.1965-8.510320.6288
155.8012.77172.00066.36972.53553.869-0.10120.32330.3027-0.3696-0.07740.2415-0.4215-0.16910.17870.37390.0407-0.02480.4657-0.03240.5094-4.85234.645818.8708
162.63842.60842.06233.70781.77124.57470.0062-0.15880.37230.12350.08310.3034-0.0481-0.2385-0.08940.57570.0566-0.02630.3352-0.00050.72336.643420.887729.8307
172.84650.9884.52042.4722-1.04310.8086-0.4089-0.01430.46540.25980.1130.1554-1.0080.18980.2960.5210.0790.02030.3601-0.3160.946115.104130.692942.838
181.41281.86390.64613.6332-1.14853.74620.0018-0.0002-0.3666-0.074-0.0586-0.69620.1710.12160.05680.57350.09520.07150.20040.13290.831326.032828.125822.7129
193.18353.4794-1.72154.4411-2.00890.95640.2471-0.1546-0.0260.9966-0.3683-1.3043-0.33140.09110.12121.12080.0759-0.72660.35260.20332.860139.249150.421528.8977
202.2382.0557-0.92752.71841.065.80410.16380.0702-0.09750.6139-0.0445-0.56960.75950.2956-0.11930.9457-0.0001-0.13990.57590.24391.794140.533645.1824.549
215.44832.70392.00566.43-0.97411.5232-0.1119-0.52180.37710.8171-0.0599-0.2502-0.3834-0.23240.17180.9910.1187-0.01080.48380.1031.204125.156945.538230.3014
220.80871.4376-0.791317.22144.42384.5694-0.2347-0.02740.33060.25670.4491-1.3670.0230.1881-0.21440.83560.18910.04670.40320.07751.370734.947136.871425.0645
231.9698-0.4076-1.12157.2525-0.84843.9427-0.1805-0.0849-0.42831.6859-0.4197-1.68420.03920.23880.60020.84580.0218-0.31430.15940.15171.143831.552463.752927.7824
2419.96059.5471.186316.6256-3.04868.9364-0.0110.7043-2.42361.153-0.4604-2.76850.1790.1390.47140.53170.0862-0.13020.2672-0.04941.634733.847170.765720.7145
250.81782.30680.254714.4156-1.0622.4135-0.33630.0692-0.26260.79910.4268-0.05510.1555-0.3238-0.09050.8714-0.02720.02920.31230.06310.853622.170863.596225.0777
260.88326.00020.956843.23066.44551.0880.22080.02620.37511.0677-0.74180.39650.06320.19230.5210.9196-0.1834-0.09281.02470.52392.972238.991571.068818.1588
276.717813.33140.802229.03851.29182.1219-0.9570.4004-0.8628-1.34031.0089-3.89530.11750.0973-0.0520.58350.1633-0.09650.25130.05242.408136.507864.359713.449
288.3232.4439-2.290320.07890.14780.6996-0.17910.4565-0.0004-2.1481-0.015-0.05970.0026-0.02720.1940.8320.06570.22120.61180.36740.985225.19634.241410.2921
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A37 - 131
2X-RAY DIFFRACTION2A132 - 238
3X-RAY DIFFRACTION3A239 - 294
4X-RAY DIFFRACTION4B18 - 46
5X-RAY DIFFRACTION5B58 - 64
6X-RAY DIFFRACTION6B65 - 91
7X-RAY DIFFRACTION7B92 - 112
8X-RAY DIFFRACTION8C2 - 15
9X-RAY DIFFRACTION9C16 - 25
10X-RAY DIFFRACTION10C26 - 32
11X-RAY DIFFRACTION11C33 - 64
12X-RAY DIFFRACTION12C65 - 74
13X-RAY DIFFRACTION13C75 - 105
14X-RAY DIFFRACTION14D36 - 58
15X-RAY DIFFRACTION15D59 - 131
16X-RAY DIFFRACTION16D132 - 208
17X-RAY DIFFRACTION17D209 - 253
18X-RAY DIFFRACTION18D254 - 294
19X-RAY DIFFRACTION19E18 - 42
20X-RAY DIFFRACTION20E43 - 72
21X-RAY DIFFRACTION21E73 - 99
22X-RAY DIFFRACTION22E100 - 112
23X-RAY DIFFRACTION23F2 - 35
24X-RAY DIFFRACTION24F36 - 48
25X-RAY DIFFRACTION25F49 - 76
26X-RAY DIFFRACTION26F77 - 81
27X-RAY DIFFRACTION27F82 - 94
28X-RAY DIFFRACTION28F95 - 106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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