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- PDB-5cyu: Structure of the soluble domain of EccB1 from the Mycobacterium s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cyu
タイトルStructure of the soluble domain of EccB1 from the Mycobacterium smegmatis ESX-1 secretion system.
要素Conserved membrane protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / virulence / protein secretion / mycobacteria / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity / extracellular region / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Type VII secretion system EccB, repeat 3 domain / Type VII secretion system EccB, repeat 1 domain / TTHA1013/TTHA0281-like / Type VII secretion system EccB / Type VII secretion system EccB, repeat 3 domain / Type VII secretion system EccB, repeat 1 domain / Type VII secretion system ESX-1, transport TM domain B / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich ...Type VII secretion system EccB, repeat 3 domain / Type VII secretion system EccB, repeat 1 domain / TTHA1013/TTHA0281-like / Type VII secretion system EccB / Type VII secretion system EccB, repeat 3 domain / Type VII secretion system EccB, repeat 1 domain / Type VII secretion system ESX-1, transport TM domain B / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ESX-1 secretion system ATPase EccB1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.07 Å
データ登録者Arbing, M.A. / Chan, S. / Kahng, S. / Kim, J. / Eisenberg, D.S. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)TBSGC R01 (A1068135) 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)TBSGC P01 (AI095208) 米国
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structures of EccB1 and EccD1 from the core complex of the mycobacterial ESX-1 type VII secretion system.
著者: Wagner, J.M. / Chan, S. / Evans, T.J. / Kahng, S. / Kim, J. / Arbing, M.A. / Eisenberg, D. / Korotkov, K.V.
履歴
登録2015年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22016年7月27日Group: Data collection
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.72024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conserved membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9971
ポリマ－42,9971
非ポリマー00
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area19190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.410, 74.410, 280.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Conserved membrane protein / Uncharacterized protein


分子量: 42997.336 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 73-479 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_0060, MSMEI_0061 / プラスミド: pMAPLe4 / 詳細 (発現宿主): pET28 derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0QNJ0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein storage buffer: 20 mM Tris, pH 8.0, 300 mM NaCl, 10% glycerol Reservoir solution: 14% PEG 8000, 200 mM NaCl, 100 mM PO4-Citrate pH 4.2 Cryoprotectant: reservoir solution with 20% propylene glycol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.07→64.44 Å / Num. obs: 8748 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 113.7 Å2 / Rmerge F obs: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 1.15 / Net I/σ(I): 13.67 / Num. measured all: 72652
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
3.07-3.158.30.5092.2231.0146666616032.37491.2
3.15-3.240.7851.571.5957646686381.66395.5
3.24-3.330.8081.1272.2551426105831.19595.6
3.33-3.430.9240.7493.4550926235930.79595.2
3.43-3.550.9580.554.750126045780.58395.7
3.55-3.670.9630.4176.2645725775470.44394.8
3.67-3.810.9840.3077.7442765725430.32794.9
3.81-3.960.9920.21910.3744645375040.23293.9
3.96-4.140.9940.15813.7744195384990.16892.8
4.14-4.340.9950.12817.2740254964640.13693.5
4.34-4.580.9960.09220.1638014824490.09993.2
4.58-4.850.9960.08621.7433744574220.09392.3
4.85-5.190.9960.07723.7231624414080.08292.5
5.19-5.610.9970.07824.8933064193870.08392.4
5.61-6.140.9980.06626.6729043803470.0791.3
6.14-6.870.9970.06326.9225043523220.06891.5
6.87-7.930.9960.0530.3220733212860.05489.1
7.93-9.710.9990.04335.719042812410.04685.8
9.71-13.730.9990.03935.5614072322000.04286.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KK7

4kk7


解像度: 3.07→64.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8848 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8628 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.565
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2974 805 10.12 %RANDOM
Rwork0.2407 ---
obs0.2464 7954 85.14 %-
原子変位パラメータBiso max: 190.11 Å2 / Biso mean: 91.15 Å2 / Biso min: 24.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.8784 Å20 Å20 Å2
2---3.8784 Å20 Å2
3---7.7568 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.86 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.07→64.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2650 0 0 10 2660
Biso mean---42.64 -
残基数----378
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1401SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes58HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes791HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5200HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion385SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5645SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5200HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg9435HARMONIC21.06
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.93
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.71
LS精密化 シェル解像度: 3.07→3.43 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3517 171 10.56 %
Rwork0.2623 1448 -
all0.2711 1619 -
obs--85.14 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.6166 Å / Origin y: 53.8013 Å / Origin z: 140.191 Å
111213212223313233
T-0.309 Å2-0.2187 Å2-0.1573 Å2--0.0021 Å20.1831 Å2--0.0701 Å2
L1.6909 °20.4145 °2-1.6347 °2-1.7304 °2-0.9778 °2--6.626 °2
S0.315 Å °-0.0693 Å °-0.1195 Å °-0.5278 Å °0.3906 Å °0.0599 Å °0.6715 Å °-0.8692 Å °-0.7056 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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