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- PDB-6aw2: Crystal structure of the HopQ-CEACAM1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6aw2
タイトルCrystal structure of the HopQ-CEACAM1 complex
要素
  • Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
  • HopQ
キーワードCELL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of endothelial cell differentiation / insulin receptor internalization / negative regulation of cytotoxic T cell degranulation / Regulation of MITF-M dependent genes involved in invasion / granulocyte colony-stimulating factor signaling pathway / regulation of homophilic cell adhesion / negative regulation of hepatocyte proliferation / regulation of sprouting angiogenesis / regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / filamin binding ...regulation of endothelial cell differentiation / insulin receptor internalization / negative regulation of cytotoxic T cell degranulation / Regulation of MITF-M dependent genes involved in invasion / granulocyte colony-stimulating factor signaling pathway / regulation of homophilic cell adhesion / negative regulation of hepatocyte proliferation / regulation of sprouting angiogenesis / regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / filamin binding / regulation of blood vessel remodeling / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of lipid biosynthetic process / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / regulation of endothelial cell migration / negative regulation of granulocyte differentiation / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / insulin catabolic process / Fibronectin matrix formation / common myeloid progenitor cell proliferation / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / negative regulation of interleukin-1 production / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / positive regulation of vasculogenesis / negative regulation of platelet aggregation / bile acid transmembrane transporter activity / negative regulation of vascular permeability / regulation of immune system process / wound healing, spreading of cells / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / microvillus membrane / bile acid and bile salt transport / transport vesicle membrane / blood vessel development / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / tertiary granule membrane / lateral plasma membrane / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / specific granule membrane / regulation of cell migration / protein tyrosine kinase binding / basal plasma membrane / negative regulation of protein kinase activity / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / adherens junction / regulation of cell growth / kinase binding / cellular response to insulin stimulus / cell junction / cell-cell junction / cell migration / actin binding / protein phosphatase binding / angiogenesis / calmodulin binding / protein dimerization activity / cell adhesion / apical plasma membrane / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / SabA, N-terminal extracellular adhesion domain / SabA N-terminal extracellular adhesion domain / Outer membrane protein, Helicobacter / Helicobacter outer membrane protein / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 ...: / SabA, N-terminal extracellular adhesion domain / SabA N-terminal extracellular adhesion domain / Outer membrane protein, Helicobacter / Helicobacter outer membrane protein / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HopQ / Cell adhesion molecule CEACAM1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Bonsor, D.A. / Sundberg, E.J.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2018
タイトル: TheHelicobacter pyloriadhesin protein HopQ exploits the dimer interface of human CEACAMs to facilitate translocation of the oncoprotein CagA.
著者: Bonsor, D.A. / Zhao, Q. / Schmidinger, B. / Weiss, E. / Wang, J. / Deredge, D. / Beadenkopf, R. / Dow, B. / Fischer, W. / Beckett, D. / Wintrode, P.L. / Haas, R. / Sundberg, E.J.
履歴
登録2017年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
B: HopQ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1292
ポリマ－59,1292
非ポリマー00
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area20360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.670, 103.077, 112.881
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221

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要素

#1: タンパク質 Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1 / Biliary glycoprotein 1 / BGP-1


分子量: 12101.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CEACAM1, BGP, BGP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P13688
#2: タンパク質 HopQ


分子量: 47027.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: hopQ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: H6A3H4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG 6000, 0.1M HEPES , pH 7.5, 0.2M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月13日 / 詳細: Rh coated
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→103.08 Å / Num. obs: 13386 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.68→2.81 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.818 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 1673 / Rpim(I) all: 0.664 / % possible all: 94.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5lp2 2gk2

5lp2

2gk2


解像度: 2.68→103.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 19.793 / SU ML: 0.374 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.395
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS #Refmac command script from PDB_REDO 6.28 # #Use of riding hydrogens make hydrogen ALL #B-factor model selection refi bref ISOT #Solvent ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS #Refmac command script from PDB_REDO 6.28 # #Use of riding hydrogens make hydrogen ALL #B-factor model selection refi bref ISOT #Solvent related settings scal type SIMP lssc function a sigma n solvent YES solvent vdwprobe 1.0 ionprobe 0.9 rshrink 0.9 tlsd waters exclude #Restraint weights weight MATRIX 0.005 temp 1.00
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27682 660 4.9 %RANDOM
Rwork0.23447 ---
obs0.23657 12702 97.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 60.376 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.25 Å20 Å20 Å2
2--4.61 Å2-0 Å2
3----4.36 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.68→103.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3433 0 0 2 3435
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0193485
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023050
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0281.9414735
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86137142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7455455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.327.124153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.09615574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.161154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2553
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023942
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02602
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3226.3631835
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3186.3621834
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2929.5382285
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2929.542286
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2036.3431650
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2026.3451651
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.0899.492451
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.78675.7643776
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.78575.7783777
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.677→2.746 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 44 -
Rwork0.344 837 -
obs--90.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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