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- PDB-6avz: Crystal structure of the HopQ-CEACAM3 WT complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6avz
タイトルCrystal structure of the HopQ-CEACAM3 WT complex
要素
  • Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 3
  • HopQ
  • part of HopQ loop
キーワードCELL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of immune system process / specific granule membrane / protein tyrosine kinase binding / Cell surface interactions at the vascular wall / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / SabA, N-terminal extracellular adhesion domain / SabA N-terminal extracellular adhesion domain / Outer membrane protein, Helicobacter / Helicobacter outer membrane protein / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins ...: / SabA, N-terminal extracellular adhesion domain / SabA N-terminal extracellular adhesion domain / Outer membrane protein, Helicobacter / Helicobacter outer membrane protein / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HopQ / Cell adhesion molecule CEACAM3
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
Homo sapiens (ヒト)
Helicobacter pylori P12 (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Bonsor, D.A. / Sundberg, E.J.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2018
タイトル: TheHelicobacter pyloriadhesin protein HopQ exploits the dimer interface of human CEACAMs to facilitate translocation of the oncoprotein CagA.
著者: Bonsor, D.A. / Zhao, Q. / Schmidinger, B. / Weiss, E. / Wang, J. / Deredge, D. / Beadenkopf, R. / Dow, B. / Fischer, W. / Beckett, D. / Wintrode, P.L. / Haas, R. / Sundberg, E.J.
履歴
登録2017年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: HopQ
A: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 3
E: part of HopQ loop
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4275
ポリマ－59,3473
非ポリマー802
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area20990 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)39.479, 103.263, 112.565
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-502-

CA

21A-216-

HOH

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要素

#1: タンパク質 HopQ


分子量: 47027.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: hopQ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: H6A3H4
#2: タンパク質 Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 3 / Carcinoembryonic antigen CGM1


分子量: 12045.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CEACAM3, CD66D, CGM1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40198
#3: タンパク質・ペプチド part of HopQ loop


分子量: 273.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori P12 (ピロリ菌)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% w/v PEG 3000, 0.1 M Bis-Tris-HCl, pH 6.5, 0.2 M calcium acetate, 1 % v/v glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月19日 / 詳細: Adjustable focus K-B pair Si plus Pt, Rh coatings
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→103.26 Å / Num. obs: 29535 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.3 % / Rpim(I) all: 0.043 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.05→2.11 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.897 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 2202 / Rpim(I) all: 0.719 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→103.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 5.543 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.185 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25027 1483 5 %RANDOM
Rwork0.20281 ---
obs0.20519 28028 99.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 47.358 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.84 Å20 Å20 Å2
2--0.16 Å20 Å2
3----2 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.05→103.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3448 0 2 63 3513
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0193498
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023108
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0981.9424747
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87137279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7535452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.44827.115156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.23115590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.544154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2555
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023934
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02602
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4214.7021826
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.4094.7011825
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.7767.0132272
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.7757.0152273
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9945.111672
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.9935.1111673
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.0647.52475
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.93456.1053746
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.93356.1143747
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.104 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 107 -
Rwork0.311 1994 -
obs--97.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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