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万見
- PDB-6aw1: Crystal structure of CEACAM3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6aw1
タイトルCrystal structure of CEACAM3
要素Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 3
キーワードCELL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of immune system process / specific granule membrane / protein tyrosine kinase binding / Cell surface interactions at the vascular wall / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Cell adhesion molecule CEACAM3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Bonsor, D.A. / Sundberg, E.J.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2018
タイトル: TheHelicobacter pyloriadhesin protein HopQ exploits the dimer interface of human CEACAMs to facilitate translocation of the oncoprotein CagA.
著者: Bonsor, D.A. / Zhao, Q. / Schmidinger, B. / Weiss, E. / Wang, J. / Deredge, D. / Beadenkopf, R. / Dow, B. / Fischer, W. / Beckett, D. / Wintrode, P.L. / Haas, R. / Sundberg, E.J.
履歴
登録2017年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 3
B: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6979
ポリマ－24,0912
非ポリマー6067
水1,18966
1
A: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2303
ポリマ－12,0461
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4676
ポリマ－12,0461
非ポリマー4225
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 3
B: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 3
ヘテロ分子

A: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 3
B: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,39418
ポリマ－48,1824
非ポリマー1,21214
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,-y+1/2,-z+1/41
Buried area7250 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area19920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.433, 94.433, 153.707
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-201-

CL

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 0 - 107 / Label seq-ID: 2 - 109

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 3 / Carcinoembryonic antigen CGM1


分子量: 12045.568 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CEACAM3, CD66D, CGM1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40198

-
非ポリマー , 5種, 73分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1.0M Ammonium Sulphate, 1% PEG 3350, 0.1M Bis Tris pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月21日 / 詳細: Flat Si Rh coated M0
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→80.46 Å / Num. obs: 20361 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 1.022 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 1645 / Rpim(I) all: 0.748 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QSQ

2qsq


解像度: 2.1→80.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 12.373 / SU ML: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.146 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22302 1020 5 %RANDOM
Rwork0.20529 ---
obs0.20622 19328 98.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 54.236 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.26 Å2-0 Å20 Å2
2--1.26 Å2-0 Å2
3----2.51 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→80.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1684 0 37 66 1787
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0191748
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021595
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5211.9632369
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91633703
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6295214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.18125.38578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.33915278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.58154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2275
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021918
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02334
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6872.767862
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6872.767861
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1634.1481074
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.1624.1471075
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6812.97884
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.6812.97884
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.1144.3731296
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.95332.3331819
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.95232.3871820
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 6594 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 70 -
Rwork0.349 1413 -
obs--98.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.15022.36490.47064.49881.62566.56150.27750.3067-0.1315-0.00230.0077-0.15-0.1764-0.5548-0.28520.17960.0467-0.00690.1750.03420.0197-27.70965.49115.3
23.9921-1.78771.28926.3772-2.97175.16530.08540.0589-0.15250.5302-0.11640.0066-0.26580.48940.0310.3929-0.0657-0.07120.1841-0.00580.0218-15.11466.265127.8191
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 107
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 107

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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