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- PDB-5c9k: Crystal structure of a highly fibrillogenic Arg24Gly mutant of th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c9k
タイトルCrystal structure of a highly fibrillogenic Arg24Gly mutant of the Recombinant variable domain 6AJL2
要素Amyloid lambda 6 light chain variable region PIP
キーワードIMMUNE SYSTEM / LAMBDA VI SUBGROUP / BETA-SANDWICH / IMMUNOGLOBULIN / AL AMYLOIDOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Amyloid lambda 6 light chain variable region PIP
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Hernandez-Santoyo, A. / Rodriguez-Romero, A. / Luna-Martinez, O.D. / Becerril-Lujan, B.
引用
#1: ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2010
タイトル: A single mutation at the sheet switch region results in conformational changes favoring lambda6 light-chain fibrillogenesis.
著者: Hernandez-Santoyo, A. / del Pozo Yauner, L. / Fuentes-Silva, D. / Ortiz, E. / Rudino-Pinera, E. / Sanchez-Lopez, R. / Horjales, E. / Becerril, B. / Rodriguez-Romero, A.
履歴
登録2015年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amyloid lambda 6 light chain variable region PIP
B: Amyloid lambda 6 light chain variable region PIP
C: Amyloid lambda 6 light chain variable region PIP
D: Amyloid lambda 6 light chain variable region PIP
E: Amyloid lambda 6 light chain variable region PIP
F: Amyloid lambda 6 light chain variable region PIP
G: Amyloid lambda 6 light chain variable region PIP
H: Amyloid lambda 6 light chain variable region PIP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,13012
ポリマ－94,8948
非ポリマー2364
水18,1951010
1
A: Amyloid lambda 6 light chain variable region PIP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8621
ポリマ－11,8621
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Amyloid lambda 6 light chain variable region PIP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9803
ポリマ－11,8621
非ポリマー1182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Amyloid lambda 6 light chain variable region PIP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8621
ポリマ－11,8621
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Amyloid lambda 6 light chain variable region PIP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8621
ポリマ－11,8621
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Amyloid lambda 6 light chain variable region PIP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9212
ポリマ－11,8621
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Amyloid lambda 6 light chain variable region PIP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8621
ポリマ－11,8621
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Amyloid lambda 6 light chain variable region PIP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8621
ポリマ－11,8621
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Amyloid lambda 6 light chain variable region PIP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9212
ポリマ－11,8621
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
A: Amyloid lambda 6 light chain variable region PIP
G: Amyloid lambda 6 light chain variable region PIP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7242
ポリマ－23,7242
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1250 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area10480 Å2
手法PISA
10
B: Amyloid lambda 6 light chain variable region PIP
ヘテロ分子

H: Amyloid lambda 6 light chain variable region PIP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9015
ポリマ－23,7242
非ポリマー1773
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
Buried area1450 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area10570 Å2
手法PISA
11
C: Amyloid lambda 6 light chain variable region PIP
E: Amyloid lambda 6 light chain variable region PIP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7833
ポリマ－23,7242
非ポリマー591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1580 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area10450 Å2
手法PISA
12
D: Amyloid lambda 6 light chain variable region PIP
F: Amyloid lambda 6 light chain variable region PIP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7242
ポリマ－23,7242
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1220 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area10380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.556, 95.633, 102.583
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-280-

HOH

21G-280-

HOH

31H-400-

HOH

-
要素

#1: 抗体
Amyloid lambda 6 light chain variable region PIP


分子量: 11861.768 Da / 分子数: 8 / 変異: R24G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VL GENE SEGMENT 6A AND JL2/3 GENE SEGMENT / プラスミド: PSYN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): W3110 / 参照: UniProt: Q96JD1*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1010 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.23 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: SOLUTION 7 FROM CRYSTAL REMARK 280 SCREEN I (HAMPTON RESEARCH), PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING REMARK 280 DROP, TEMPERATURE 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→34.7 Å / Num. all: 76561 / Num. obs: 76561 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 19.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.92→2 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10pre_2083: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3B5G

3b5g


解像度: 1.92→34.646 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 3800 4.97 %Random selection
Rwork0.17 ---
obs0.1725 76511 99.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→34.646 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6650 0 16 1010 7676
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0116840
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2659324
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5754084
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561037
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061230
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.92-1.94430.3811340.30082668X-RAY DIFFRACTION100
1.9443-1.96990.33521360.27342722X-RAY DIFFRACTION100
1.9699-1.99690.29991310.24572643X-RAY DIFFRACTION100
1.9969-2.02540.26921510.22372727X-RAY DIFFRACTION100
2.0254-2.05560.2671350.21332651X-RAY DIFFRACTION100
2.0556-2.08770.27571440.19492698X-RAY DIFFRACTION100
2.0877-2.1220.27271530.20252638X-RAY DIFFRACTION100
2.122-2.15850.25931100.19862737X-RAY DIFFRACTION100
2.1585-2.19780.24261590.18962647X-RAY DIFFRACTION100
2.1978-2.24010.26621440.18742686X-RAY DIFFRACTION100
2.2401-2.28580.25741310.18942749X-RAY DIFFRACTION100
2.2858-2.33550.25241500.17962649X-RAY DIFFRACTION100
2.3355-2.38980.2451360.17612689X-RAY DIFFRACTION100
2.3898-2.44950.24831350.16822720X-RAY DIFFRACTION100
2.4495-2.51570.23141320.17152676X-RAY DIFFRACTION100
2.5157-2.58970.24581560.16032661X-RAY DIFFRACTION100
2.5897-2.67330.25131320.17072705X-RAY DIFFRACTION100
2.6733-2.76880.21361190.16562708X-RAY DIFFRACTION100
2.7688-2.87960.26921220.17042706X-RAY DIFFRACTION100
2.8796-3.01060.2051440.16542707X-RAY DIFFRACTION100
3.0106-3.16920.22241290.15962712X-RAY DIFFRACTION100
3.1692-3.36760.19231430.15362710X-RAY DIFFRACTION100
3.3676-3.62740.19031460.15112685X-RAY DIFFRACTION100
3.6274-3.9920.18581570.14622703X-RAY DIFFRACTION100
3.992-4.56850.13441480.12252702X-RAY DIFFRACTION100
4.5685-5.75150.15681570.13662710X-RAY DIFFRACTION100
5.7515-34.65130.22651660.18632702X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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