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- PDB-4nkb: Crystal Structure of the cryptic polo box (CPB)of ZYG-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nkb
タイトルCrystal Structure of the cryptic polo box (CPB)of ZYG-1
要素Probable serine/threonine-protein kinase zyg-1
キーワードTRANSFERASE / cryptic polo box / Centriole biogenesis / centrosomes
機能・相同性
機能・相同性情報


activation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / regulation of mitotic cytokinetic process / regulation of mitotic cell cycle, embryonic / positive regulation of mitotic cell cycle, embryonic / regulation of spindle assembly / detection of temperature stimulus / positive regulation of centrosome duplication / regulation of protein localization to centrosome / positive regulation of protein localization to kinetochore / negative regulation of translational initiation in response to stress ...activation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / regulation of mitotic cytokinetic process / regulation of mitotic cell cycle, embryonic / positive regulation of mitotic cell cycle, embryonic / regulation of spindle assembly / detection of temperature stimulus / positive regulation of centrosome duplication / regulation of protein localization to centrosome / positive regulation of protein localization to kinetochore / negative regulation of translational initiation in response to stress / regulation of centrosome duplication / positive regulation of spindle assembly / embryo development ending in birth or egg hatching / centriole replication / centrosome duplication / spindle assembly / centriole / cellular response to amino acid starvation / intracellular protein localization / mitotic cell cycle / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / cell division / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Zyg-1, polo box domain 1 / Zyg-1, polo box domain 2 / Polo box domain / Polo box domain / Arylsulfatase, C-terminal domain - #120 / Arylsulfatase, C-terminal domain - #130 / Serine/threonine-protein kinase, first cryptic polo-box domain superfamily / : / Arylsulfatase, C-terminal domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. ...Zyg-1, polo box domain 1 / Zyg-1, polo box domain 2 / Polo box domain / Polo box domain / Arylsulfatase, C-terminal domain - #120 / Arylsulfatase, C-terminal domain - #130 / Serine/threonine-protein kinase, first cryptic polo-box domain superfamily / : / Arylsulfatase, C-terminal domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / Probable serine/threonine-protein kinase zyg-1
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Shimanovskaya, E. / Dong, G.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Structure of the C. elegans ZYG-1 Cryptic Polo Box Suggests a Conserved Mechanism for Centriolar Docking of Plk4 Kinases.
著者: Shimanovskaya, E. / Viscardi, V. / Lesigang, J. / Lettman, M.M. / Qiao, R. / Svergun, D.I. / Round, A. / Oegema, K. / Dong, G.
履歴
登録2013年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable serine/threonine-protein kinase zyg-1
B: Probable serine/threonine-protein kinase zyg-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9828
ポリマ－52,4792
非ポリマー5046
水4,071226
1
A: Probable serine/threonine-protein kinase zyg-1
ヘテロ分子

B: Probable serine/threonine-protein kinase zyg-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9828
ポリマ－52,4792
非ポリマー5046
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area2320 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area22130 Å2
手法PISA
2
A: Probable serine/threonine-protein kinase zyg-1
B: Probable serine/threonine-protein kinase zyg-1
ヘテロ分子

A: Probable serine/threonine-protein kinase zyg-1
B: Probable serine/threonine-protein kinase zyg-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,96416
ポリマ－104,9574
非ポリマー1,00712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area8680 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area40230 Å2
手法PISA
3
A: Probable serine/threonine-protein kinase zyg-1
ヘテロ分子

A: Probable serine/threonine-protein kinase zyg-1
ヘテロ分子

B: Probable serine/threonine-protein kinase zyg-1
ヘテロ分子

B: Probable serine/threonine-protein kinase zyg-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,96416
ポリマ－104,9574
非ポリマー1,00712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_756-x+2,y,-z+11
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area8200 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area41100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.383, 60.093, 87.515
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.31, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-776-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Probable serine/threonine-protein kinase zyg-1 / Zygote defective protein 1


分子量: 26239.324 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 338-564 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: C. elegans ZYG-1 (residues 338-564), F59E12.2, zyg-1
プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9GT24, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.94 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 100 mM tri-sodium citrate (pH 5.6), 15% (w/v) PEG 4,000, 200 mM (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年9月12日 / 詳細: channel-cut crystal
放射モノクロメーター: liquid nitrogen cooled channel-cut silicon monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 48287 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3 %
反射 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.53 / Num. unique all: 7837 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
AutoSol位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→24.957 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2759 3343 7.09 %RANDOM
Rwork0.2435 ---
obs0.2457 47167 97.78 %-
all-48238 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→24.957 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3234 0 27 226 3487
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043315
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8764454
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9871285
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059488
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005583
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.33290.44151210.36641842X-RAY DIFFRACTION98
2.3329-2.36770.42571430.35241866X-RAY DIFFRACTION99
2.3677-2.40460.3571310.32381806X-RAY DIFFRACTION96
2.4046-2.4440.33821520.3141849X-RAY DIFFRACTION99
2.444-2.48610.34091370.30251797X-RAY DIFFRACTION97
2.4861-2.53130.38191470.3031816X-RAY DIFFRACTION98
2.5313-2.57990.34151320.29971794X-RAY DIFFRACTION95
2.5799-2.63250.34361350.29181766X-RAY DIFFRACTION96
2.6325-2.68970.33111450.27731861X-RAY DIFFRACTION100
2.6897-2.75220.33141660.27821766X-RAY DIFFRACTION97
2.7522-2.82090.30841260.27131895X-RAY DIFFRACTION100
2.8209-2.89710.28141280.26251804X-RAY DIFFRACTION97
2.8971-2.98220.34381590.26451860X-RAY DIFFRACTION99
2.9822-3.07830.26171360.25551780X-RAY DIFFRACTION97
3.0783-3.18810.31631270.25951798X-RAY DIFFRACTION96
3.1881-3.31550.27041500.23711874X-RAY DIFFRACTION99
3.3155-3.4660.25791350.22561820X-RAY DIFFRACTION98
3.466-3.64820.25311410.22721858X-RAY DIFFRACTION98
3.6482-3.8760.22671410.21981811X-RAY DIFFRACTION98
3.876-4.1740.2831260.21961857X-RAY DIFFRACTION97
4.174-4.59170.2521350.19241817X-RAY DIFFRACTION99
4.5917-5.25070.22781410.19431848X-RAY DIFFRACTION99
5.2507-6.59510.25941420.25841833X-RAY DIFFRACTION98
6.5951-24.95840.21951470.23661806X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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