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- PDB-3zun: pVHL54-213-EloB-EloC complex_(2S,4R)-4-hydroxy-1-(2-(3-methylisox... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zun
タイトルpVHL54-213-EloB-EloC complex_(2S,4R)-4-hydroxy-1-(2-(3-methylisoxazol- 5-yl)acetyl)-N-(4-nitrobenzyl)pyrrolidine-2-carboxamide bound
要素
  • (TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE ...) x 2
  • VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
キーワードTRANSCRIPTION / TUMOUR SUPRESSOR PROTEIN / PVHL E3 UBIQUITIN LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / VCB complex / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / intracellular membraneless organelle ...regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / VCB complex / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / intracellular membraneless organelle / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / negative regulation of signal transduction / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of TORC1 signaling / protein serine/threonine kinase binding / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / negative regulation of autophagy / transcription corepressor binding / positive regulation of cell differentiation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription elongation by RNA polymerase II / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / cell morphogenesis / Evasion by RSV of host interferon responses / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / microtubule cytoskeleton / regulation of gene expression / Replication of the SARS-CoV-2 genome / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / DNA-binding transcription factor binding / molecular adaptor activity / cellular response to hypoxia / amyloid fibril formation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein stabilization / protein ubiquitination / cilium / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin-C / Elongin B / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ZUN / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Van Molle, I. / Buckley, D. / Crews, C.M. / Ciulli, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Elongin-B, Elongin-C, Von Hippel-Lindau Disease Tumor Suppressor Complex
著者: Buckley, D. / Van Molle, I. / Gareiss, P.C. / Tae, H.S. / Michel, J. / Noblin, D.J. / Jorgensen, W.L. / Ciulli, A. / Crews, C.M.
履歴
登録2011年7月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
B: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
C: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
D: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
E: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
F: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
G: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
H: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
I: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
J: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
K: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
L: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,50517
ポリマ－171,85112
非ポリマー1,6545
水4,017223
1
A: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
B: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
C: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4455
ポリマ－42,9633
非ポリマー4822
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-35.5 kcal/mol
Surface area15540 Å2
手法PISA
2
D: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
E: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
F: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3534
ポリマ－42,9633
非ポリマー3901
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4440 Å2
ΔGint-35.1 kcal/mol
Surface area16120 Å2
手法PISA
3
G: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
H: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
I: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3534
ポリマ－42,9633
非ポリマー3901
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-38.8 kcal/mol
Surface area16080 Å2
手法PISA
4
J: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
K: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
L: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3534
ポリマ－42,9633
非ポリマー3901
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-36.6 kcal/mol
Surface area15860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.404, 93.404, 362.891
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

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TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE ... , 2種, 8分子 ADGJBEHK

#1: タンパク質
TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2 / ELONGIN 18 KDA SUBUNIT / ELONGIN-B / ELOB / RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR SIII SUBUNIT B / SIII P18


分子量: 13147.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15370
#2: タンパク質
TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1 / ELONGIN 15 KDA SUBUNIT / ELONGIN-C / ELOC / RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR SIII SUBUNIT C / SIII P15


分子量: 10974.616 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15369

-
タンパク質 , 1種, 4分子 CFIL

#3: タンパク質
VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR / PROTEIN G7 / PVHL


分子量: 18840.438 Da / 分子数: 4 / Fragment: PVHL54-213, RESIDUES 54-213 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40337

-
非ポリマー , 3種, 228分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-ZUN / (4R)-N-[4-(DIHYDROXYAMINO)BENZYL]-4-HYDROXY-1-[(3-METHYLISOXAZOL-5-YL)ACETYL]-L-PROLINAMIDE


分子量: 390.390 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H22N4O6
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.46 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M NA CITRATE PH 5.8, 0.2 M MG ACETATE, 15% PEG 8000, 50 MM DTT.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97903
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97903 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→45 Å / Num. obs: 56353 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 53.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 10.04
反射 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.85 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZRF

3zrf


解像度: 2.5→41.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / SU B: 13.331 / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.56 / ESU R Free: 0.34 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30152 2417 4.3 %RANDOM
Rwork0.22894 ---
obs0.23235 53932 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→41.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10268 0 118 223 10609
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02210631
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.631.9914472
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.26351300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.57123.289447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.783151695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.5991576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.21660
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0228071
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.761.56651
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.471210785
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.99533980
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3444.53687
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.504→2.569 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.333 3995 -
Rfree-0 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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