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- PDB-4ae3: Crystal structure of ammosamide 272:myosin-2 motor domain complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ae3
タイトルCrystal structure of ammosamide 272:myosin-2 motor domain complex
要素MYOSIN-2 HEAVY CHAIN
キーワードHYDROLASE / ATPASE / CONTRACTILE PROTEIN / ACTIN BINDING / MOTOR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent ATPase activity / pseudopodium retraction / uropod retraction / cytoplasmic actin-based contraction involved in forward cell motility / phagocytic cup base / pathogen-containing vacuole / equatorial cell cortex / contractile actin filament bundle assembly / cell trailing edge / contractile vacuole organization ...calcium-dependent ATPase activity / pseudopodium retraction / uropod retraction / cytoplasmic actin-based contraction involved in forward cell motility / phagocytic cup base / pathogen-containing vacuole / equatorial cell cortex / contractile actin filament bundle assembly / cell trailing edge / contractile vacuole organization / myosin filament assembly / aggregation involved in sorocarp development / culmination involved in sorocarp development / RHO GTPases activate PAKs / adenyl nucleotide binding / response to differentiation-inducing factor 1 / hypotonic response / uropod / mitotic actomyosin contractile ring / actomyosin contractile ring / mitotic actomyosin contractile ring contraction / actin-myosin filament sliding / detection of mechanical stimulus / apical cortex / negative regulation of actin filament polymerization / bleb assembly / actomyosin / substrate-dependent cell migration, cell extension / myosin filament / filopodium assembly / early phagosome / cortical actin cytoskeleton organization / myosin II complex / cortical actin cytoskeleton / microfilament motor activity / pseudopodium / cytoskeletal motor activity / cleavage furrow / mitotic cytokinesis / response to mechanical stimulus / 14-3-3 protein binding / response to cAMP / extracellular matrix / muscle contraction / cell motility / response to hydrogen peroxide / protein localization / chemotaxis / actin filament binding / cell cortex / regulation of cell shape / cytoplasmic vesicle / cytoskeleton / calmodulin binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. ...Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / IQ motif, EF-hand binding site / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
AMMOSAMIDE 272 / ADP ORTHOVANADATE / Myosin-2 heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM (キイロタマホコリカビ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Chinthalapudi, K. / Heissler, S.M. / Fenical, W. / Manstein, D.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Basis for Ammosamide Mediated Myosin Motor Activity Inhibition
著者: Chinthalapudi, K. / Heissler, S.M. / Fenical, W. / Manstein, D.J.
履歴
登録2012年1月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYOSIN-2 HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,8759
ポリマ－88,5141
非ポリマー1,3618
水7,909439
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.050, 145.520, 153.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2301-

HOH

21A-2305-

HOH

31A-2367-

HOH

41A-2377-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 MYOSIN-2 HEAVY CHAIN / MYOSIN II HEAVY CHAIN


分子量: 88513.969 Da / 分子数: 1 / 断片: MOTOR DOMAIN, RESIDUES 2-761 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM (キイロタマホコリカビ)
株: AX4 / プラスミド: PDXA-3H
発現宿主: DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM (キイロタマホコリカビ)
株 (発現宿主): AX4 / 参照: UniProt: P08799, EC: 3.6.4.1

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非ポリマー , 5種, 447分子

#2: 化合物 ChemComp-AOV / ADP ORTHOVANADATE


分子量: 544.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N5O14P2V / コメント: エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-27X / AMMOSAMIDE 272 / 1-メチル-2-オキソ-6,8-ジアミノ-1,2-ジヒドロピロロ[4,3,2-de]キノリン-4-カルボン酸メチル


分子量: 272.259 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H12N4O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 439 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細AMMOSAMIDE 272 (27X): AMMOSAMIDE 272 ADP ORTHOVANADATE (AOV) (AOV): ADP LINKED TO VO4
配列の詳細RESIDUES FROM 750 ARE NOT RESOLVED IN THE MOTOR DOMAIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 50 MM HEPES PH 7.6, 140 MM NACL, 11% W/V PEG5K-MME, 2% (V/V) MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER X8 PROTEUM / 波長: 1.5418
検出器タイプ: BRUKER / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→41.91 Å / Num. obs: 34133 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 76.61 % / Biso Wilson estimate: 47.465 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.57 / Net I/σ(I): 16.68
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 49.39 % / Mean I/σ(I) obs: 2.16 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
PROTEUM2データ削減
SADABSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YV3

1yv3


解像度: 2.5→41.914 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.63 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: LEVER ARM RESIDUES(FROM 700 TO 748) ARE HIGHLY MOBILE.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2536 1721 5 %
Rwork0.2138 --
obs0.2158 34133 98.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 63.103 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.5819 Å20 Å20 Å2
2--6.4747 Å20 Å2
3----10.0566 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→41.914 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5963 0 89 439 6491
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0126172
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5548340
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.922334
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.103902
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091076
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.57360.34491320.27112701X-RAY DIFFRACTION100
2.5736-2.65660.25731170.25192711X-RAY DIFFRACTION99
2.6566-2.75150.30011610.24792675X-RAY DIFFRACTION99
2.7515-2.86170.36021310.25742658X-RAY DIFFRACTION99
2.8617-2.99190.34091530.25422673X-RAY DIFFRACTION100
2.9919-3.14960.2941480.22642686X-RAY DIFFRACTION98
3.1496-3.34680.23851400.22692641X-RAY DIFFRACTION98
3.3468-3.60510.23561400.20022667X-RAY DIFFRACTION98
3.6051-3.96770.22551500.19262668X-RAY DIFFRACTION98
3.9677-4.54120.21371390.17712704X-RAY DIFFRACTION98
4.5412-5.71910.23271680.19512745X-RAY DIFFRACTION99
5.7191-41.91990.24031420.21512883X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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