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万見
- PDB-6i7e: Plasmodium falciparum Myosin A, Pre-powerstroke -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i7e
タイトルPlasmodium falciparum Myosin A, Pre-powerstroke
要素Myosin-A
キーワードMOTOR PROTEIN / Myosin A / Plasmodium falciparum / tunable mechanism
機能・相同性
機能・相同性情報


pellicle / inner membrane pellicle complex / glideosome / myosin complex / microfilament motor activity / cytoskeletal motor activity / actin filament organization / actin filament binding / actin cytoskeleton / actin binding ...pellicle / inner membrane pellicle complex / glideosome / myosin complex / microfilament motor activity / cytoskeletal motor activity / actin filament organization / actin filament binding / actin cytoskeleton / actin binding / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #20 / Alpha-Beta Plaits / Class XIV myosin, motor domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #530 / Other non-globular / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / Kinesin motor domain superfamily ...Alpha-Beta Plaits - #20 / Alpha-Beta Plaits / Class XIV myosin, motor domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #530 / Other non-globular / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / Kinesin motor domain superfamily / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Special / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / VANADATE ION / Myosin-A
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.492 Å
データ登録者Robert-Paganin, J. / Auguin, D. / Moussaoui, D. / Jousset, G. / Baum, J. / Trybus, K.M. / Houdusse, A.
資金援助 米国, 英国, 3件
組織認可番号国
Human Frontier Science ProgramRGY0066/2016 米国
Wellcome Trust109007/Z/15/A 英国
Wellcome Trust100993/Z/13/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Plasmodium myosin A drives parasite invasion by an atypical force generating mechanism.
著者: Robert-Paganin, J. / Robblee, J.P. / Auguin, D. / Blake, T.C.A. / Bookwalter, C.S. / Krementsova, E.B. / Moussaoui, D. / Previs, M.J. / Jousset, G. / Baum, J. / Trybus, K.M. / Houdusse, A.
履歴
登録2018年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,1364
ポリマ－86,5691
非ポリマー5663
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1150 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area32170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)197.460, 197.460, 178.144
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Myosin-A / PfM-A


分子量: 86569.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
遺伝子: PF13_0233
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8IDR3
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-VO4 / VANADATE ION


分子量: 114.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.76 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.6 M K-Phosphate dibasic, 0.7 M Na-Phosphate monobasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.979384 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979384 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.492→171.005 Å / Num. obs: 15557 / % possible obs: 59.5 % / 冗長度: 22.6 % / Biso Wilson estimate: 128.7 Å2 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 3.492→3.735 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6I7D

6i7d


解像度: 3.492→25.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.595
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 774 4.98 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.195 15557 58.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 150.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.6176 Å20 Å20 Å2
2--7.6176 Å20 Å2
3----15.2353 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.46 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.492→25.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6010 0 43 0 6053
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016167HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.258327HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2227SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes172HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes878HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6167HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.48
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion24.28
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion822SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7569SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.49→3.73 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 -5.78 %
Rwork0.233 717 -
all0.24 761 -
obs--16.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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