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万見
- PDB-4a6y: CRYSTAL STRUCTURE OF FAB FRAGMENT OF ANTI-(4-HYDROXY-3-NITROPHENY... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a6y
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF FAB FRAGMENT OF ANTI-(4-HYDROXY-3-NITROPHENYL) -ACETYL MURINE GERMLINE ANTIBODY BBE6.12H3
要素
  • (ANTIBODY BBE6.12H3 HEAVY CHAIN) x 2
  • (ANTIBODY BBE6.12H3 LIGHT CHAIN) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTIBODY MULTISPECIFICITY / HUMORAL IMMUNE SYSTEM / COMPLEMENTARITY DETERMINING REGION FLEXIBILITY
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Khan, T. / Salunke, D.M.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2012
タイトル: Structural Elucidation of the Mechanistic Basis of Degeneracy in the Primary Humoral Response.
著者: Khan, T. / Salunke, D.M.
履歴
登録2011年11月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANTIBODY BBE6.12H3 LIGHT CHAIN
B: ANTIBODY BBE6.12H3 HEAVY CHAIN
H: ANTIBODY BBE6.12H3 HEAVY CHAIN
L: ANTIBODY BBE6.12H3 LIGHT CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,8884
ポリマ－92,8884
非ポリマー00
水2,342130
1
A: ANTIBODY BBE6.12H3 LIGHT CHAIN
B: ANTIBODY BBE6.12H3 HEAVY CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4302
ポリマ－46,4302
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3590 Å2
ΔGint-26.2 kcal/mol
Surface area19090 Å2
手法PISA
2
H: ANTIBODY BBE6.12H3 HEAVY CHAIN
L: ANTIBODY BBE6.12H3 LIGHT CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4582
ポリマ－46,4582
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-24.1 kcal/mol
Surface area19120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.283, 81.418, 128.911
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.50, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 ANTIBODY BBE6.12H3 LIGHT CHAIN


分子量: 22681.086 Da / 分子数: 1 / 断片: ANTIGEN BINDING / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / Cell: B CELL / 細胞株: ANTI-NP MURINE HYBRIDOMA / 器官: SPLEEN / 株: C57BL/6
#2: 抗体 ANTIBODY BBE6.12H3 HEAVY CHAIN


分子量: 23748.617 Da / 分子数: 1 / 断片: ANTIGEN BINDING / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / Cell: B CELL / 細胞株: ANTI-NP MURINE HYBRIDOMA / 器官: SPLEEN / 株: C57BL/6
#3: 抗体 ANTIBODY BBE6.12H3 HEAVY CHAIN


分子量: 23762.643 Da / 分子数: 1 / 断片: ANTIGEN BINDING / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / Cell: B CELL / 細胞株: ANTI-NP MURINE HYBRIDOMA / 器官: SPLEEN / 株: C57BL/6
#4: 抗体 ANTIBODY BBE6.12H3 LIGHT CHAIN


分子量: 22695.174 Da / 分子数: 1 / 断片: ANTIGEN BINDING / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / Cell: B CELL / 細胞株: ANTI-NP MURINE HYBRIDOMA / 器官: SPLEEN / 株: C57BL/6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.7 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.1 / 詳細: 21% PEG 3350 IN 0.05 M TRIS, PH 7.1

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年6月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER CMF12 38CU-6 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 19688 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 45.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 87.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
AUTOMARデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NGQ

1ngq


解像度: 2.9→23.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 125478.2 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 1665 9.9 %RANDOM
Rwork0.24 ---
obs0.24 16819 84.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 29.3416 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.33 Å20 Å2-1.44 Å2
2--8.46 Å20 Å2
3----6.14 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.52 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.66 Å0.61 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→23.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6463 0 0 130 6593
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d28
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.45
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.071.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.412
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.892
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.882.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 233 9.1 %
Rwork0.355 2328 -
obs--76.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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