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万見
- PDB-3zzp: Circular permutant of ribosomal protein S6, lacking edge strand b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zzp
タイトルCircular permutant of ribosomal protein S6, lacking edge strand beta- 2 of wild-type S6.
要素RIBOSOMAL PROTEIN S6
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN / PROTEIN FOLDING / RNA-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / structural constituent of ribosome / translation
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S6/Translation elongation factor EF1B / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS6
類似検索 - 構成要素
生物種THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.96 Å
データ登録者Saraboji, K. / Haglund, E. / Lindberg, M.O. / Oliveberg, M. / Logan, D.T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Trimming Down a Protein Structure to its Bare Foldons: Spatial Organization of the Cooperative Unit.
著者: Haglund, E. / Danielsson, J. / Kadhirvel, S. / Lindberg, M.O. / Logan, D.T. / Oliveberg, M.
履歴
登録2011年9月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月25日Group: Database references
改定 1.22018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32019年5月22日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBOSOMAL PROTEIN S6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0311
ポリマ－9,0311
非ポリマー00
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)22.200, 40.800, 68.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN S6 / TS9


分子量: 9031.086 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 3-35,55-93 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CIRCULAR PERMUTANT OF THE RIBOSOMAL PROTEIN S6 FROM THERMUS THERMOPHILUS, WHICH HAS A LINKER BETWEEN THE WILD-TYPE N-AND C-TERMINI AND AN INCISION BETWEEN K54 AND D55 WITHOUT THE EDGE STRAND ...詳細: CIRCULAR PERMUTANT OF THE RIBOSOMAL PROTEIN S6 FROM THERMUS THERMOPHILUS, WHICH HAS A LINKER BETWEEN THE WILD-TYPE N-AND C-TERMINI AND AN INCISION BETWEEN K54 AND D55 WITHOUT THE EDGE STRAND BETA-2 OF WILD-TYPE S6. (RESIDUES 36-54).
由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P23370, UniProt: Q5SLP8*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細CIRCULAR PERMUTANT OF THE RIBOSOMAL PROTEIN S6, WHICH HAS A LINKER BETWEEN THE WILD-TYPE N- AND C- ...CIRCULAR PERMUTANT OF THE RIBOSOMAL PROTEIN S6, WHICH HAS A LINKER BETWEEN THE WILD-TYPE N- AND C-TERMINI AND AN INCISION BETWEEN K54 AND D55 WITHOUT THE STRAND BETA-2 OF WILD-TYPE S6 (RESIDUES 36-54).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 20.9 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 1.9M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M MES PH 6.5, 8% 1,4 DIOXANE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.038
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月13日
放射モノクロメーター: BENT SI (111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.038 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.96→20 Å / Num. obs: 38300 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 0.96→0.99 Å / 冗長度: 4.86 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RIS

1ris


解像度: 0.96→20 Å / Num. parameters: 6866 / Num. restraintsaints: 8147 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1369 1932 5 %RANDOM
all0.1129 38148 --
obs0.1129 -99.3 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 9 / Occupancy sum hydrogen: 542.32 / Occupancy sum non hydrogen: 733.74
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.96→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数606 0 0 129 735
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.033
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0215
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.094
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.106
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.112
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.044
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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