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- PDB-7bvw: Crystal structure of the RING-H2 domain of Arabidopsis RMR1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bvw
タイトルCrystal structure of the RING-H2 domain of Arabidopsis RMR1
要素AT5G66160 protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / C3H2C3 / ring finger / E3 ligase
機能・相同性: / Ring finger domain / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / membrane / AT5G66160 protein
機能・相同性情報
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Chen, S. / Wong, K.B.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The RING-finger of AtRMR1 (Arabidopsis receptor-homology-transmembrane-RING-H2 sorting receptor 1) is an E3 ligase that mediate its trafficking
著者: Chen, S. / Zeng, Y.L. / Wong, H.Y. / Yang, L. / Luo, F. / Jiang, L.W. / Wong, K.B.
履歴
登録2020年4月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AT5G66160 protein
B: AT5G66160 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7918
ポリマ－18,4412
非ポリマー3506
水1,31573
1
A: AT5G66160 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4174
ポリマ－9,2211
非ポリマー1963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5090 Å2
手法PISA
2
B: AT5G66160 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3744
ポリマ－9,2211
非ポリマー1543
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area4790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.431, 23.648, 75.699
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.800, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-403-

ZN

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要素

#1: タンパク質 AT5G66160 protein / Really-Interesting-New-Gene (RING) domain


分子量: 9220.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At5g66160 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SoluBL21 / 参照: UniProt: C0Z2X4
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.67 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年1月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→37.72 Å / Num. obs: 7849 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 27884
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.213 / Num. unique obs: 650 / CC1/2: 0.95 / Rpim(I) all: 0.135 / Rrim(I) all: 0.253 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4V3K

4v3k


解像度: 2.1→32.23 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.31
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2219 422 5.38 %
Rwork0.1791 --
obs0.1815 7846 97.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 87.05 Å2 / Biso mean: 27.392 Å2 / Biso min: 12.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→32.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1184 0 6 73 1263
Biso mean--24.23 32.65 -
残基数----154
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1-2.40.2721440.1955241197
2.4-3.030.24781140.2042249498
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.4047 Å / Origin y: 5.8871 Å / Origin z: 94.4639 Å
111213212223313233
T0.1217 Å2-0.0052 Å20.0021 Å2-0.1062 Å2-0.0178 Å2--0.2148 Å2
L3.8357 °21.6406 °20.4386 °2-1.5369 °20.0277 °2--0.3544 °2
S0.0314 Å °-0.0805 Å °-0.0116 Å °0.0639 Å °-0.0459 Å °0.0266 Å °-0.029 Å °0.0012 Å °0.0052 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA205 - 402
2X-RAY DIFFRACTION1allA501
3X-RAY DIFFRACTION1allB205 - 279
4X-RAY DIFFRACTION1allB401 - 501
5X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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