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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3kur | ||||||
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Title | Crystal structure of the MLLE domain of poly(A)-binding protein | ||||||
![]() | Polyadenylate-binding protein 1 | ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / all-helical domain / Methylation / mRNA processing / mRNA splicing / Nucleus / Phosphoprotein / RNA-binding / Spliceosome | ||||||
Function / homology | ![]() negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / mCRD-mediated mRNA stability complex / translation activator activity / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CRD-mediated mRNA stabilization / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / Deadenylation of mRNA / positive regulation of cytoplasmic translation / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / poly(A) binding ...negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / mCRD-mediated mRNA stability complex / translation activator activity / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CRD-mediated mRNA stabilization / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / Deadenylation of mRNA / positive regulation of cytoplasmic translation / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / poly(A) binding / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / mRNA stabilization / poly(U) RNA binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / Translation initiation complex formation / cell leading edge / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / positive regulation of viral genome replication / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / catalytic step 2 spliceosome / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / mRNA 3'-UTR binding / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / mRNA splicing, via spliceosome / cytoplasmic stress granule / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / lamellipodium / ribonucleoprotein complex / focal adhesion / mRNA binding / RNA binding / extracellular exosome / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kozlov, G. / Gehring, K. | ||||||
![]() | ![]() Title: Molecular Determinants of PAM2 Recognition by the MLLE Domain of Poly(A)-Binding Protein. Authors: Kozlov, G. / Menade, M. / Rosenauer, A. / Nguyen, L. / Gehring, K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 120.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 97.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3kusC ![]() 3kutC ![]() 1i2tS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
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Components
#1: Protein | Mass: 8493.868 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: C-terminal domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.3 Å3/Da / Density % sol: 62.73 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.3 Details: 1.3M ammonium sulfate, 0.5M lithium sulfate, 5% glycerol, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Apr 30, 2009 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.995 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→103.7 Å / Num. all: 30434 / Num. obs: 29430 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 23.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.57 Å / Redundancy: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 1602 / % possible all: 73.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: pdb entry 1I2T Resolution: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 17.618 / SU ML: 0.191 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.348 / ESU R Free: 0.274 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.041 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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