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Yorodumi- PDB-3ztn: STRUCTURE OF INFLUENZA A NEUTRALIZING ANTIBODY SELECTED FROM CULT... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3ztn | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | STRUCTURE OF INFLUENZA A NEUTRALIZING ANTIBODY SELECTED FROM CULTURES OF SINGLE HUMAN PLASMA CELLS IN COMPLEX WITH HUMAN H1 INFLUENZA HAEMAGGLUTININ. | |||||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX / MONOCLONAL ANTIBODY. | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationviral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | HOMO SAPIENS (human)![]() INFLUENZA A VIRUS | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.001 Å | |||||||||
Authors | Hubbard, P.A. / Ritchie, A.J. / Corti, D. / Voss, J.E. / Gamblin, S.J. / Codoni, G. / Macagno, A. / Jarrossay, D. / Pinna, D. / Minola, A. ...Hubbard, P.A. / Ritchie, A.J. / Corti, D. / Voss, J.E. / Gamblin, S.J. / Codoni, G. / Macagno, A. / Jarrossay, D. / Pinna, D. / Minola, A. / Vanzetta, F. / Silacci, C. / Fernandez-Rodriguez, B.M. / Agatic, G. / Giacchetto-Sasselli, I. / Vachieri, S.G. / Sallusto, F. / Collins, P.J. / Haire, L.F. / Temperton, N. / Langedijk, J.P.M. / Skehel, J.J. / Lanzavecchia, A. | |||||||||
Citation | Journal: Science / Year: 2011Title: A Neutralizing Antibody Selected from Plasma Cells that Binds to Group 1 and Group 2 Influenza a Hemagglutinins. Authors: Corti, D. / Voss, J.E. / Gamblin, S.J. / Codoni, G. / Macagno, A. / Jarrossay, D. / Vachieri, S.G. / Pinna, D. / Minola, A. / Vanzetta, F. / Silacci, C. / Fernandez-Rodriguez, B.M. / Agatic, ...Authors: Corti, D. / Voss, J.E. / Gamblin, S.J. / Codoni, G. / Macagno, A. / Jarrossay, D. / Vachieri, S.G. / Pinna, D. / Minola, A. / Vanzetta, F. / Silacci, C. / Fernandez-Rodriguez, B.M. / Agatic, G. / Bianchi, S. / Giacchetto-Sasselli, I. / Calder, L. / Sallusto, F. / Collins, P.J. / Haire, L.F. / Temperton, N. / Langedijk, J.P.M. / Skehel, J.J. / Lanzavecchia, A. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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| PDBx/mmCIF format | 3ztn.cif.gz | 346.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3ztn.ent.gz | 283.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3ztn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3ztn_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3ztn_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | |
| Data in XML | 3ztn_validation.xml.gz | 34.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 3ztn_validation.cif.gz | 46.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/3ztn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/3ztn | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3ztjC ![]() 1rd8S ![]() 1za6S ![]() 3f12S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 2 molecules AB
| #1: Protein | Mass: 36389.070 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: HA1, RESIDUES 18-344 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() INFLUENZA A VIRUS / Strain: A/CALIFORNIA/04/2009(H1N1) / References: UniProt: C3W5S1 |
|---|---|
| #2: Protein | Mass: 20133.242 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: HA2, RESIDUES 345-520 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() INFLUENZA A VIRUS / Strain: A/CALIFORNIA/04/2009(H1N1) / References: UniProt: C3W5S1 |
-Antibody , 2 types, 2 molecules HL
| #3: Antibody | Mass: 24557.555 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Production host: ![]() |
|---|---|
| #4: Antibody | Mass: 24105.758 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Production host: ![]() |
-Sugars , 3 types, 5 molecules 
| #5: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #6: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #7: Sugar | |
|---|
-Non-polymers , 2 types, 6 molecules 


| #8: Chemical | ChemComp-SO4 / #9: Chemical | ChemComp-GOL / | |
|---|
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.49 Å3/Da / Density % sol: 64.78 % / Description: NONE |
|---|
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.9763 |
| Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3→57.16 Å / Num. obs: 30516 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 11.8 |
| Reflection shell | Resolution: 3→3.16 Å / Redundancy: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 100 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRIES 1RD8, 3F12, 1ZA6 Resolution: 3.001→57.162 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 0.97 / Phase error: 28.39 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.72 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 69.036 Å2 / ksol: 0.328 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.001→57.162 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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