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万見
- PDB-6wez: Crystal Structure of Broadly Neutralizing Antibody 3I14-D93N Muta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wez
タイトルCrystal Structure of Broadly Neutralizing Antibody 3I14-D93N Mutant Bound to the Influenza A H3 Hemagglutinin
要素
  • (Hemagglutinin) x 2
  • heavy chain
  • light chain
キーワードVIRAL PROTEIN/Immune System / Antibody / Influenza / Hemagglutinin / Stem epitope / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus B / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex ...Haemagglutinin, influenzavirus B / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Harshbarger, W.D. / Lockbaum, G.J. / Deming, D.T. / Attatippaholkun, N. / Schiffer, C.A. / Marasco, W.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI121285 米国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH-15-1-0317 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Unique structural solution from a V H 3-30 antibody targeting the hemagglutinin stem of influenza A viruses.
著者: Harshbarger, W.D. / Deming, D. / Lockbaum, G.J. / Attatippaholkun, N. / Kamkaew, M. / Hou, S. / Somasundaran, M. / Wang, J.P. / Finberg, R.W. / Zhu, Q.K. / Schiffer, C.A. / Marasco, W.A.
履歴
登録2020年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
H: heavy chain
L: light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,18211
ポリマ－103,0574
非ポリマー3,1257
水00
1
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
H: heavy chain
L: light chain
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
H: heavy chain
L: light chain
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
H: heavy chain
L: light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)318,54733
ポリマ－309,17212
非ポリマー9,37521
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area56650 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area119670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.842, 130.842, 189.344
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Space group name HallP6c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 35418.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A5P1MU07
#2: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 20153.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A2P1E3C0

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#3: 抗体 heavy chain


分子量: 25125.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#4: 抗体 light chain


分子量: 22359.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

-
糖 , 2種, 6分子

#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Rhap]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 1種, 1分子

#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 15% w/v PEG 4000, 0.15M Ammonium Sulfate, 0.1M MES pH 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.205→45.42 Å / Num. obs: 29818 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.158 / Net I/σ(I): 10.17
反射 シェル解像度: 3.205→3.32 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 1.147 / Mean I/σ(I) obs: 1.18 / Num. unique obs: 2918 / CC1/2: 0.596 / Rpim(I) all: 0.581 / Rrim(I) all: 1.287 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 405I

405i


解像度: 3.21→45.42 Å / SU ML: 0.4178 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.8779
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2811 2000 6.72 %random
Rwork0.2328 ---
obs0.2362 29771 98.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.21→45.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6959 0 206 0 7165
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00337319
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67429934
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04761141
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00471269
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.93991082
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.21-3.290.40061430.37931928X-RAY DIFFRACTION96.73
3.29-3.370.3051440.28821981X-RAY DIFFRACTION99.86
3.37-3.470.39611400.32821963X-RAY DIFFRACTION97.72
3.47-3.590.37251430.26781985X-RAY DIFFRACTION99.72
3.59-3.710.33161480.27861998X-RAY DIFFRACTION99.08
3.71-3.860.33721380.26431988X-RAY DIFFRACTION99.81
3.86-4.040.35661360.26141934X-RAY DIFFRACTION96.41
4.04-4.250.30711420.22282002X-RAY DIFFRACTION99.77
4.25-4.520.24551450.19721990X-RAY DIFFRACTION99.53
4.52-4.870.22061390.17522002X-RAY DIFFRACTION99.67
4.87-5.350.2271450.18662002X-RAY DIFFRACTION99.63
5.35-6.130.28921410.20312007X-RAY DIFFRACTION99.4
6.13-7.710.29851470.23392012X-RAY DIFFRACTION99.45
7.72-45.420.21361490.22141979X-RAY DIFFRACTION97.26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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