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- PDB-3gbn: Crystal Structure of Fab CR6261 in Complex with the 1918 H1N1 inf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gbn
タイトルCrystal Structure of Fab CR6261 in Complex with the 1918 H1N1 influenza virus hemagglutinin
要素
  • (Hemagglutinin) x 2
  • Fab Heavy Chain
  • Fab Lambda Light Chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / hemagglutinin / Fab / neutralizing antibodies / antibody / pandemic flu / Cell membrane / Envelope protein / Fusion protein / Glycoprotein / Lipoprotein / Membrane / Palmitate / Transmembrane / Virion / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-ETHOXYETHANOL / Unknown ligand / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ekiert, D.C. / Elsliger, M.A. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2009
タイトル: Antibody recognition of a highly conserved influenza virus epitope.
著者: Ekiert, D.C. / Bhabha, G. / Elsliger, M.A. / Friesen, R.H. / Jongeneelen, M. / Throsby, M. / Goudsmit, J. / Wilson, I.A.
履歴
登録2009年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.label_asym_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
H: Fab Heavy Chain
L: Fab Lambda Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,89717
ポリマ－104,0864
非ポリマー1,81113
水5,278293
1
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
H: Fab Heavy Chain
L: Fab Lambda Light Chain
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
H: Fab Heavy Chain
L: Fab Lambda Light Chain
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
H: Fab Heavy Chain
L: Fab Lambda Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)317,69251
ポリマ－312,25812
非ポリマー5,43439
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_445z-1/2,-x-1/2,-y1
crystal symmetry operation12_455-y-1/2,-z,x+1/21
Buried area52610 Å2
ΔGint-197 kcal/mol
Surface area104050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)201.918, 202.249, 202.707
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-237-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hemagglutinin / Hemagglutinin HA1 chain / Hemagglutinin HA2 chain


分子量: 36452.797 Da / 分子数: 1 / 断片: Receptor binding domain, HA1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Brevig Mission/1/1918(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/South Carolina/1/1918 / 遺伝子: HA, Hemagglutinin (HA) / プラスミド: pFASTBAC-HT / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): HI5 / 参照: UniProt: Q9WFX3
#2: タンパク質 Hemagglutinin / Hemagglutinin HA1 chain / Hemagglutinin HA2 chain


分子量: 20394.445 Da / 分子数: 1 / 断片: Membrane Fusion domain, HA2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Brevig Mission/1/1918(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/South Carolina/1/1918 / 遺伝子: HA, Hemagglutinin (HA) / プラスミド: pFASTBAC-HT / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): HI5 / 参照: UniProt: Q9WFX3

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#3: 抗体 Fab Heavy Chain


分子量: 23981.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 Fab Lambda Light Chain


分子量: 23257.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 2種, 3分子

#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 303分子

#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 化合物 ChemComp-ETX / 2-ETHOXYETHANOL


分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#10: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#11: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.88 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 10.5% PEG 3K, 100mM NaAco 5.2, 50mM NaCl, Cryoprotectant: 25% glycerol, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 75 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03333 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月17日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03333 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 71438 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 20.7 % / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 30.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.32 / Rsym value: 0.79 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0070精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entries 1ADQ, 1RUZ

1adq

1ruz


解像度: 2.2→39.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 9.108 / SU ML: 0.109 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24142 3391 5.1 %RANDOM
Rwork0.20487 ---
obs0.20674 62751 95.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.767 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6167 0 131 293 6591
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0226474
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024276
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6851.9648785
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9673.00310401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0355808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.24124.816272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.87515982
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3541523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2977
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217174
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021262
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.01234034
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5831658
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.29556470
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.81482440
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.549112313
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 221 -
Rwork0.433 4528 -
obs--95.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.615-1.48171.13215.4073-3.43733.6680.07460.2769-0.1199-0.2442-0.02490.02040.14470.2026-0.04970.01110.0014-0.00130.0744-0.02760.0112-64.6657-22.767410.6577
21.0981-0.04320.43760.5711-0.55281.80930.0511-0.0343-0.00830.0244-0.1714-0.40460.23180.59750.12030.17480.0602-0.02010.371-0.00110.3697-22.9579-47.52145.446
32.0019-1.44020.44523.9329-1.00511.8823-0.0699-0.1785-0.10370.5-0.1238-0.34470.26070.56840.19370.29850.0171-0.08580.5290.03060.388-17.9674-54.459361.3031
40.6150.20970.17623.8407-1.8732.2994-0.0095-0.2009-0.23440.4199-0.1186-0.15420.4890.22080.12810.51610.1129-0.06390.54940.02540.4674-24.566-60.052359.697
51.0596-0.40081.08131.3228-0.75653.7833-0.008-0.10130.10290.2688-0.123-0.342-0.10520.49440.1310.0928-0.0105-0.02110.3036-0.03210.2738-26.9465-43.001348.1883
63.8801-3.14492.79173.8196-3.36213.28890.06140.0713-0.1453-0.1224-0.0655-0.07220.14740.22920.0040.01890.01880.00850.0899-0.03390.0493-51.2696-33.491324.4556
70.9610.3701-0.41134.5111-3.25735.4090.08570.14720.1753-0.3339-0.0753-0.0274-0.01430.2568-0.01040.0570.00650.02370.04340.02950.0341-68.848-12.50526.3346
82.3832-3.43872.60018.8038-5.29636.6724-0.1575-0.17030.08640.3860.06010.0262-0.39010.07070.09740.0245-0.0052-0.00250.0315-0.00990.0104-61.5166-15.633225.0451
91.4150.4291-0.40720.1364-0.15770.52980.01120.0540.0805-0.0115-0.01370.00520.01070.17150.00240.17780.0520.00370.14690.0090.1512-45.2967-42.798941.9566
103.4888-5.60415.5489.4427-9.15158.95920.2350.1315-0.1604-0.3466-0.09260.06460.36480.1558-0.14250.03310.0309-0.01480.0498-0.04980.0951-55.0539-45.926137.972
113.9769-4.93173.02059.1517-6.99127.03830.19130.0934-0.2250.00080.14030.7024-0.119-0.3305-0.33160.02760.02540.01990.03660.00090.1381-77.1768-12.173811.7042
127.0628-2.4442-0.06524.1919-0.13655.7229-0.01360.25740.6734-0.2020.04210.0878-0.5783-0.5799-0.02850.17330.08040.05640.08070.0610.1541-80.34223.52674.5365
135.6682.1842-1.36691.3458-1.46192.14370.0004-0.3931-0.2178-0.01-0.1317-0.15560.06640.11460.13130.05460.0078-0.01970.0892-0.02010.1245-37.2462-11.57524.9402
147.70272.19230.94153.25290.1422.6937-0.15310.20430.1152-0.11210.1802-0.152-0.08850.0904-0.02710.0076-0.01160.00710.0202-0.01690.0296-44.5955-5.336918.4909
153.23921.5867-2.67552.1989-1.72473.2851-0.04630.1541-0.3088-0.10430.0107-0.1966-0.0078-0.03710.03560.0267-0.02250.03070.0499-0.05140.1048-38.9183-10.070114.3283
167.91581.60070.17751.49090.43442.0985-0.0438-0.44450.32320.14360.0143-0.2196-0.05040.17840.02960.0625-0.0095-0.02930.0545-0.04180.0969-35.3571-2.972422.9478
175.03114.69214.29085.00173.9263.68220.0525-0.063-0.11260.70660.09080.0237-0.03350.0155-0.14330.71060.07820.00840.6318-0.05950.6051-11.19492.344530.5188
184.9337.06793.330610.22554.71742.3534-0.33150.393-0.1103-0.40090.3934-0.3714-0.24370.5655-0.06190.1999-0.0878-0.08120.89430.070.5866-13.28452.980823.5199
193.03891.06922.11491.01351.28035.6292-0.13880.14610.1849-0.07910.0917-0.0481-0.43220.18820.04710.44490.007-0.05590.18390.00870.3347-45.710318.541219.2691
204.6644-0.6417-0.42426.3515-0.70714.4556-0.1422-0.34610.44180.1523-0.0240.0319-0.1356-0.24580.16620.07310.01120.01260.0506-0.06580.121-48.11477.849724.6744
213.51170.2331.43893.1460.99584.8234-0.1907-0.36920.37890.30490.07630.2309-0.651-0.49550.11440.26220.1088-0.00680.2026-0.08930.2838-52.06715.256328.0563
224.45510.2896-0.06756.38741.22245.7245-0.33720.61240.141-0.85260.02910.2916-0.5629-0.28530.30820.1872-0.0173-0.01380.117-0.0120.2219-47.2536.262713.9467
233.22743.34972.27534.61722.53366.6451-0.3245-0.13050.4168-0.09150.0856-0.1012-1.2770.41670.2390.3625-0.0127-0.1160.1457-0.06890.3629-40.590614.474623.0681
242.125-0.18561.34563.3519-1.07981.1372-0.0361-0.01120.14930.0166-0.02510.2443-0.10840.03650.06120.5109-0.03460.02220.5881-0.07270.5819-12.779615.271427.8105
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 43
2X-RAY DIFFRACTION2A44 - 149
3X-RAY DIFFRACTION3A150 - 190
4X-RAY DIFFRACTION4A191 - 239
5X-RAY DIFFRACTION5A240 - 283
6X-RAY DIFFRACTION6A284 - 326
7X-RAY DIFFRACTION7B1 - 37
8X-RAY DIFFRACTION8B38 - 57
9X-RAY DIFFRACTION9B58 - 73
10X-RAY DIFFRACTION10B74 - 102
11X-RAY DIFFRACTION11B103 - 142
12X-RAY DIFFRACTION12B143 - 173
13X-RAY DIFFRACTION13H1 - 29
14X-RAY DIFFRACTION14H30 - 57
15X-RAY DIFFRACTION15H58 - 84
16X-RAY DIFFRACTION16H85 - 122
17X-RAY DIFFRACTION17H123 - 175
18X-RAY DIFFRACTION18H176 - 188
19X-RAY DIFFRACTION19L3 - 29
20X-RAY DIFFRACTION20L30 - 50
21X-RAY DIFFRACTION21L51 - 83
22X-RAY DIFFRACTION22L84 - 95
23X-RAY DIFFRACTION23L96 - 106
24X-RAY DIFFRACTION24L128 - 195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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