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Yorodumi- PDB-6uyn: Crystal structure of influenza A virus hemagglutinin from A/Ohio/... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6uyn | ||||||
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Title | Crystal structure of influenza A virus hemagglutinin from A/Ohio/09/2015 bound to the stalk-binding CR6261 antibody Fab | ||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / hemagglutinin / vaccine design / antibody / Fab / flu / influenza / H1N1 / structural genomics / NIAID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Influenza A virus Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.85 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of influenza A virus hemagglutinin from A/Ohio/09/2015 bound to the stalk-binding CR6261 antibody Fab Authors: Edwards, T.E. / Fox III, D. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Calhoun, B. / Conrady, D.G. / Abendroth, J. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6uyn.cif.gz | 335.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6uyn.ent.gz | 264.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6uyn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6uyn_validation.pdf.gz | 336.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6uyn_full_validation.pdf.gz | 336.5 KB | Display | |
Data in XML | 6uyn_validation.xml.gz | 1.4 KB | Display | |
Data in CIF | 6uyn_validation.cif.gz | 9.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/6uyn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/6uyn | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3gbnS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 63224.172 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus / Strain: A/Ohio/09/2015 / Gene: HA / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: A0A6C0TB04 |
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-Antibody , 2 types, 2 molecules HL
#2: Antibody | Mass: 24810.018 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) / Strain (production host): 293 |
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#3: Antibody | Mass: 23257.783 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) / Strain (production host): 293 |
-Sugars , 2 types, 3 molecules
#4: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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#5: Sugar |
-Non-polymers , 2 types, 39 molecules
#6: Chemical | ChemComp-CL / |
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#7: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.48 Å3/Da / Density % sol: 64.63 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: InvbR.18715.a.KN11.PD38335/CR6261 Fab PD38376 at 10.3 mg/mL against Morpheus screen condition C6: 10% PEG 8000, 20% ethylene glycol, 0.1 M MOPS/HEPES pH 7.5, 0.03 M each sodium nitrate, ...Details: InvbR.18715.a.KN11.PD38335/CR6261 Fab PD38376 at 10.3 mg/mL against Morpheus screen condition C6: 10% PEG 8000, 20% ethylene glycol, 0.1 M MOPS/HEPES pH 7.5, 0.03 M each sodium nitrate, disodium hydrogen phosphate, ammonium sulfate, crystal tracking ID 311368c6, unique puck ID dai6-1 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 9, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.85→35.26 Å / Num. obs: 33765 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.928 % / Biso Wilson estimate: 73.976 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 1.016 / Net I/σ(I): 15.52 / Num. measured all: 233927 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3GBN Resolution: 2.85→35.26 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 24.95 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 260.63 Å2 / Biso mean: 94.4453 Å2 / Biso min: 31.13 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.85→35.26 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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