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- PDB-3oqt: Crystal structure of Rv1498A protein from mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oqt
タイトルCrystal structure of Rv1498A protein from mycobacterium tuberculosis
要素Rv1498A PROTEIN
キーワードFLAVOPROTEIN / DODECIN / FLAVIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Dodecin / Dodecin-like superfamily / Dodecin / Flavin-binding protein dodecin / Dodecin-like / Dodecin subunit-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dodecin family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Liu, F. / Xiong, J. / Kumar, S. / Yang, C. / Li, S. / Ge, S. / Xia, N. / Swaminathan, K.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural and biophysical characterization of Mycobacterium tuberculosis dodecin Rv1498A.
著者: Liu, F. / Xiong, J. / Kumar, S. / Yang, C. / Ge, S. / Li, S. / Xia, N. / Swaminathan, K.
履歴
登録2010年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Rv1498A PROTEIN
B: Rv1498A PROTEIN
C: Rv1498A PROTEIN
D: Rv1498A PROTEIN
E: Rv1498A PROTEIN
F: Rv1498A PROTEIN
G: Rv1498A PROTEIN
H: Rv1498A PROTEIN
I: Rv1498A PROTEIN
J: Rv1498A PROTEIN
K: Rv1498A PROTEIN
L: Rv1498A PROTEIN
M: Rv1498A PROTEIN
N: Rv1498A PROTEIN
O: Rv1498A PROTEIN
P: Rv1498A PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,60129
ポリマ－122,20216
非ポリマー39913
水4,810267
1
A: Rv1498A PROTEIN
B: Rv1498A PROTEIN
C: Rv1498A PROTEIN
D: Rv1498A PROTEIN
ヘテロ分子

A: Rv1498A PROTEIN
B: Rv1498A PROTEIN
C: Rv1498A PROTEIN
D: Rv1498A PROTEIN
ヘテロ分子

A: Rv1498A PROTEIN
B: Rv1498A PROTEIN
C: Rv1498A PROTEIN
D: Rv1498A PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,93321
ポリマ－91,65212
非ポリマー2829
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_445z-1/2,-x-1/2,-y1
crystal symmetry operation12_455-y-1/2,-z,x+1/21
Buried area27320 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area32700 Å2
手法PISA
2
E: Rv1498A PROTEIN
F: Rv1498A PROTEIN
G: Rv1498A PROTEIN
H: Rv1498A PROTEIN
ヘテロ分子

E: Rv1498A PROTEIN
F: Rv1498A PROTEIN
G: Rv1498A PROTEIN
H: Rv1498A PROTEIN
ヘテロ分子

E: Rv1498A PROTEIN
F: Rv1498A PROTEIN
G: Rv1498A PROTEIN
H: Rv1498A PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,93321
ポリマ－91,65212
非ポリマー2829
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_445z-1/2,-x-1/2,-y1
crystal symmetry operation12_455-y-1/2,-z,x+1/21
Buried area26980 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area33170 Å2
手法PISA
3
I: Rv1498A PROTEIN
J: Rv1498A PROTEIN
K: Rv1498A PROTEIN
L: Rv1498A PROTEIN
ヘテロ分子

I: Rv1498A PROTEIN
J: Rv1498A PROTEIN
K: Rv1498A PROTEIN
L: Rv1498A PROTEIN
ヘテロ分子

I: Rv1498A PROTEIN
J: Rv1498A PROTEIN
K: Rv1498A PROTEIN
L: Rv1498A PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,00224
ポリマ－91,65212
非ポリマー35112
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_454-z-1,x+1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation11_444y-1/2,-z-1/2,-x-11
Buried area27650 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area31890 Å2
手法PISA
4
M: Rv1498A PROTEIN
N: Rv1498A PROTEIN
O: Rv1498A PROTEIN
P: Rv1498A PROTEIN
ヘテロ分子

M: Rv1498A PROTEIN
N: Rv1498A PROTEIN
O: Rv1498A PROTEIN
P: Rv1498A PROTEIN
ヘテロ分子

M: Rv1498A PROTEIN
N: Rv1498A PROTEIN
O: Rv1498A PROTEIN
P: Rv1498A PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,93321
ポリマ－91,65212
非ポリマー2829
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_454-z-1,x+1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation11_444y-1/2,-z-1/2,-x-11
Buried area27480 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area32590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.946, 143.946, 143.946
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-106-

CL

21E-107-

CL

31I-114-

NA

41K-105-

CL

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J
111K
121L
131M
141N
151O
161P

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 70 / Label seq-ID: 1 - 70

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF
7GG
8HH
9II
10JJ
11KK
12LL
13MM
14NN
15OO
16PP

-
要素

#1: タンパク質
Rv1498A PROTEIN


分子量: 7637.628 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: MT1547, Rv1498.1, Rv1498A / プラスミド: PTO-T7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q8VK10
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.3 %
結晶化温度: 295 K / pH: 5.8
詳細: 2M NH4H2PO4SODIUM, 100 MILLIMOLAR TRIS (PH 8.5), temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.5418
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月20日 / 詳細: HELIOS MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→50 Å / Num. obs: 22825 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 43.9 % / Rsym value: 0.15 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.88→2.95 Å / 冗長度: 41.5 % / Rsym value: 0.69 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
PHASER(CCP4)位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CC7

2cc7


解像度: 2.88→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.876 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.84 / SU B: 18.33 / SU ML: 0.367 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.531 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28285 1163 5.1 %RANDOM
Rwork0.25225 ---
obs0.25382 21544 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.895 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.88→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8576 0 13 267 8856
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0218713
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8991.91911778
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.03451104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.1923.077416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.929151408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6111580
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.026660
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2510.23903
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.25833
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2346
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1580.24
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2790.21027
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1680.2120
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0530.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5281.55497
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7328770
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.10133312
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9744.53008
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 535 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.790.5
2Bmedium positional1.080.5
3Cmedium positional1.190.5
4Dmedium positional1.070.5
5Emedium positional1.010.5
6Fmedium positional0.940.5
7Gmedium positional0.960.5
8Hmedium positional0.980.5
9Imedium positional0.830.5
10Jmedium positional1.260.5
11Kmedium positional2.170.5
12Lmedium positional1.050.5
13Mmedium positional0.960.5
14Nmedium positional0.950.5
15Omedium positional0.980.5
16Pmedium positional0.790.5
1Amedium thermal1.592
2Bmedium thermal1.432
3Cmedium thermal1.62
4Dmedium thermal2.162
5Emedium thermal1.682
6Fmedium thermal0.892
7Gmedium thermal1.112
8Hmedium thermal1.232
9Imedium thermal1.182
10Jmedium thermal1.232
11Kmedium thermal1.342
12Lmedium thermal12
13Mmedium thermal3.152
14Nmedium thermal2.082
15Omedium thermal1.532
16Pmedium thermal1.532
LS精密化 シェル解像度: 2.878→2.952 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 98 -
Rwork0.326 1505 -
obs--98.22 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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