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- PDB-2yiz: X-ray structure of Mycobacterium tuberculosis Dodecin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yiz
タイトルX-ray structure of Mycobacterium tuberculosis Dodecin
要素DODECIN
キーワードFLAVOPROTEIN / FLAVIN BINDING PROTEIN / PROTEIN-ENGINEERING / PUTATIVE STORAGE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Dodecin / Dodecin-like superfamily / Dodecin / Flavin-binding protein dodecin / Dodecin-like / Dodecin subunit-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Dodecin family protein
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Vinzenz, X. / Grosse, W. / Linne, U. / Meissner, B. / Essen, L.-O.
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2011
タイトル: Chemical Engineering of Mycobacterium Tuberculosis Dodecin Hybrids.
著者: Vinzenz, X. / Grosse, W. / Linne, U. / Meissner, B. / Essen, L.-O.
履歴
登録2011年5月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_special_symmetry / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DODECIN
B: DODECIN
C: DODECIN
D: DODECIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,57520
ポリマ－30,0264
非ポリマー5,54916
水4,702261
1
A: DODECIN
B: DODECIN
C: DODECIN
D: DODECIN
ヘテロ分子

A: DODECIN
B: DODECIN
C: DODECIN
D: DODECIN
ヘテロ分子

A: DODECIN
B: DODECIN
C: DODECIN
D: DODECIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,72460
ポリマ－90,07712
非ポリマー16,64748
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
Buried area47940 Å2
ΔGint-182.4 kcal/mol
Surface area25790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.302, 94.302, 230.907
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1072-

GOL

21C-1071-

TRS

31C-1071-

TRS

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISARGARGAA3 - 283 - 28
21HISHISARGARGBB3 - 283 - 28
31HISHISARGARGCC3 - 283 - 28
41HISHISARGARGDD3 - 283 - 28
12LEULEUHISHISAA36 - 5536 - 55
22LEULEUHISHISBB36 - 5536 - 55
32LEULEUHISHISCC36 - 5536 - 55
42LEULEUHISHISDD36 - 5536 - 55
13GLNGLNARGARGAA57 - 6557 - 65
23GLNGLNARGARGBB57 - 6557 - 65
33GLNGLNARGARGCC57 - 6557 - 65
43GLNGLNARGARGDD57 - 6557 - 65

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.4998, 0.8662, -0.000125), (0.2889, -0.1666, 0.9428), (0.8166, -0.4712, -0.3335)-47.14, 27.19, 76.98
2given(0.4998, 0.8662, -0.000125), (0.2889, -0.1666, 0.9428), (0.8166, -0.4712, -0.3335)-47.14, 27.19, 76.98
3given(0.4998, 0.8662, -0.000125), (0.2889, -0.1666, 0.9428), (0.8166, -0.4712, -0.3335)-47.14, 27.19, 76.98
4given(0.5005, -0.8658, -9.2E-5), (-0.2886, -0.1669, 0.9428), (-0.8162, -0.4718, -0.3334)47.12, 27.23, 76.97
5given(0.5005, -0.8658, -9.2E-5), (-0.2886, -0.1669, 0.9428), (-0.8162, -0.4718, -0.3334)47.12, 27.23, 76.97
6given(0.5005, -0.8658, -9.2E-5), (-0.2886, -0.1669, 0.9428), (-0.8162, -0.4718, -0.3334)47.12, 27.23, 76.97
7given(0.4999, 0.2886, 0.8166), (0.8661, -0.1666, -0.4714), (3.9E-5, 0.9428, -0.3333)-0.00239, -54.43, 76.97
8given(0.4999, 0.2886, 0.8166), (0.8661, -0.1666, -0.4714), (3.9E-5, 0.9428, -0.3333)-0.00239, -54.43, 76.97
9given(0.4999, 0.2886, 0.8166), (0.8661, -0.1666, -0.4714), (3.9E-5, 0.9428, -0.3333)-0.00239, -54.43, 76.97

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
DODECIN


分子量: 7506.432 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 2-70 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: Q8VK10

-
非ポリマー , 6種, 277分子

#2: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細COENZYME A (COA): NON-COVALENTLY BOUND, NOT COMPLETELY DEFINED IN DENSITY AND THEREFORE ONLY PARTLY ...COENZYME A (COA): NON-COVALENTLY BOUND, NOT COMPLETELY DEFINED IN DENSITY AND THEREFORE ONLY PARTLY REFINED FLAVIN MONONUCLEOTIDE (FMN): NON-COVALENTLY BOUND GLYCEROL (GOL): IN CASE OF F1, F4, F5 ELECTRON DENSITY ALONG 3-FOLD AXIS WAS INTERPRETED AS GLYCEROL 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL (TRS): ELECTRON DENSITY ALONG 3-FOLD AXIS WAS INTERPRETED AS TRIS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.37 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5
詳細: 10 MM CO CL2, 100 MM NAOAC PH 5.0, 200 MM HEXANEDIOL.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9184
検出器タイプ: MARRESEARCH MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→14.91 Å / Num. obs: 43832 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 26.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 24.8
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0110精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V21

2v21


解像度: 1.7→14.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 3.046 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. COA ALONG THREEFOLD AXIS WAS ONLY PARTLY DEFINED IN ELECTRON DENSITY AND THEREFORE ONLY PARTLY REFINED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19743 1084 2.5 %RANDOM
Rwork0.17198 ---
obs0.17261 42659 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3 Å2-0.15 Å20 Å2
2---0.3 Å20 Å2
3---0.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→14.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2084 0 204 261 2549
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0212458
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021585
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3422.0233344
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78833842
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.615298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.77723.333108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.05915370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8671520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2350
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022691
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02485
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8311.51403
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2091.5593
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.50422248
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.13431055
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6424.51087
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 728 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Atight positional0.010.05
2Btight positional0.010.05
3Ctight positional0.010.05
4Dtight positional0.010.05
1Atight thermal0.060.5
2Btight thermal0.050.5
3Ctight thermal0.070.5
4Dtight thermal0.060.5
LS精密化 シェル解像度: 1.699→1.743 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 73 -
Rwork0.196 3104 -
obs--98.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.84590.01680.48581.11560.17943.1124-0.0650.0643-0.0424-0.0710.0053-0.26690.05920.4230.05970.05260.00050.01890.13370.0040.073421.450.04955.985
21.02880.3309-0.22613.5988-0.55260.98980.0024-0.28030.00250.41240.0072-0.1597-0.10440.0873-0.00960.1105-0.0032-0.03740.1241-0.00290.023710.74.67275.896
31.06570.15580.0133.2614-1.38971.5701-0.00840.2044-0.1167-0.2897-0.0043-0.3130.21270.17230.01270.1150.02180.03070.1037-0.03020.056210.822-7.97840.741
43.1397-0.9403-0.70891.14490.20641.31090.0599-0.01660.3977-0.0866-0.0297-0.1366-0.30920.0788-0.03010.1172-0.02150.0010.0533-0.0090.0889.20419.63658.195
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 101
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 101
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 101
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 101

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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