[日本語] English
万見
- PDB-3ztn: STRUCTURE OF INFLUENZA A NEUTRALIZING ANTIBODY SELECTED FROM CULT... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ztn
タイトルSTRUCTURE OF INFLUENZA A NEUTRALIZING ANTIBODY SELECTED FROM CULTURES OF SINGLE HUMAN PLASMA CELLS IN COMPLEX WITH HUMAN H1 INFLUENZA HAEMAGGLUTININ.
要素
  • (FI6V3 ANTIBODY LIGHT ...) x 2
  • (HAEMAGGLUTININヘマグルチニン) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX (ウイルス性) / MONOCLONAL ANTIBODY. (モノクローナル抗体)
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / リボン / 抗体 / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ヘマグルチニン
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.001 Å
データ登録者Hubbard, P.A. / Ritchie, A.J. / Corti, D. / Voss, J.E. / Gamblin, S.J. / Codoni, G. / Macagno, A. / Jarrossay, D. / Pinna, D. / Minola, A. ...Hubbard, P.A. / Ritchie, A.J. / Corti, D. / Voss, J.E. / Gamblin, S.J. / Codoni, G. / Macagno, A. / Jarrossay, D. / Pinna, D. / Minola, A. / Vanzetta, F. / Silacci, C. / Fernandez-Rodriguez, B.M. / Agatic, G. / Giacchetto-Sasselli, I. / Vachieri, S.G. / Sallusto, F. / Collins, P.J. / Haire, L.F. / Temperton, N. / Langedijk, J.P.M. / Skehel, J.J. / Lanzavecchia, A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2011
タイトル: A Neutralizing Antibody Selected from Plasma Cells that Binds to Group 1 and Group 2 Influenza a Hemagglutinins.
著者: Corti, D. / Voss, J.E. / Gamblin, S.J. / Codoni, G. / Macagno, A. / Jarrossay, D. / Vachieri, S.G. / Pinna, D. / Minola, A. / Vanzetta, F. / Silacci, C. / Fernandez-Rodriguez, B.M. / Agatic, ...著者: Corti, D. / Voss, J.E. / Gamblin, S.J. / Codoni, G. / Macagno, A. / Jarrossay, D. / Vachieri, S.G. / Pinna, D. / Minola, A. / Vanzetta, F. / Silacci, C. / Fernandez-Rodriguez, B.M. / Agatic, G. / Bianchi, S. / Giacchetto-Sasselli, I. / Calder, L. / Sallusto, F. / Collins, P.J. / Haire, L.F. / Temperton, N. / Langedijk, J.P.M. / Skehel, J.J. / Lanzavecchia, A.
履歴
登録2011年7月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月24日Group: Database references / Source and taxonomy
改定 1.22017年7月12日Group: Advisory / カテゴリ: database_PDB_caveat
改定 1.32019年2月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_data_processing_status ...diffrn_source / pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52020年3月4日Group: Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp / pdbx_database_status ...chem_comp / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf ..._chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _database_PDB_caveat.text / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HAEMAGGLUTININ
B: HAEMAGGLUTININ
H: FI6V3 ANTIBODY LIGHT CHAIN
L: FI6V3 ANTIBODY LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,63615
ポリマ－105,1864
非ポリマー2,45011
水0
1
A: HAEMAGGLUTININ
B: HAEMAGGLUTININ
H: FI6V3 ANTIBODY LIGHT CHAIN
L: FI6V3 ANTIBODY LIGHT CHAIN
ヘテロ分子

A: HAEMAGGLUTININ
B: HAEMAGGLUTININ
H: FI6V3 ANTIBODY LIGHT CHAIN
L: FI6V3 ANTIBODY LIGHT CHAIN
ヘテロ分子

A: HAEMAGGLUTININ
B: HAEMAGGLUTININ
H: FI6V3 ANTIBODY LIGHT CHAIN
L: FI6V3 ANTIBODY LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)322,90745
ポリマ－315,55712
非ポリマー7,35133
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555-z+1/2,-x,y+1/21
crystal symmetry operation10_545-y,z-1/2,-x+1/21
Buried area51710 Å2
ΔGint-342 kcal/mol
Surface area101880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)206.100, 206.100, 206.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HAEMAGGLUTININ / ヘマグルチニン


分子量: 36389.070 Da / 分子数: 1 / 断片: HA1, RESIDUES 18-344 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)
株: A/CALIFORNIA/04/2009(H1N1) / 参照: UniProt: C3W5S1
#2: タンパク質 HAEMAGGLUTININ / ヘマグルチニン


分子量: 20133.242 Da / 分子数: 1 / 断片: HA2, RESIDUES 345-520 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)
株: A/CALIFORNIA/04/2009(H1N1) / 参照: UniProt: C3W5S1

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#3: 抗体 FI6V3 ANTIBODY LIGHT CHAIN


分子量: 24557.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
#4: 抗体 FI6V3 ANTIBODY LIGHT CHAIN


分子量: 24105.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)

-
糖 , 3種, 5分子

#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-L-Talp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 6分子

#8: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.78 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→57.16 Å / Num. obs: 30516 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.7_650)精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1RD8, 3F12, 1ZA6

1rd8

3f12

1za6


解像度: 3.001→57.162 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 0.97 / 位相誤差: 28.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2891 1531 5 %
Rwork0.2141 --
obs0.218 30434 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 69.036 Å2 / ksol: 0.328 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.001→57.162 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6207 0 154 0 6361
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096513
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2778875
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4392240
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0791002
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051132
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0005-3.09740.34181240.2752595X-RAY DIFFRACTION100
3.0974-3.20810.32221370.2552573X-RAY DIFFRACTION100
3.2081-3.33650.32291310.23422591X-RAY DIFFRACTION100
3.3365-3.48830.31061130.2372607X-RAY DIFFRACTION100
3.4883-3.67220.41811370.28552580X-RAY DIFFRACTION100
3.6722-3.90220.34321400.2582587X-RAY DIFFRACTION100
3.9022-4.20350.3041430.18732613X-RAY DIFFRACTION100
4.2035-4.62630.20541420.14792624X-RAY DIFFRACTION100
4.6263-5.29530.23061740.15952604X-RAY DIFFRACTION100
5.2953-6.66990.27531330.19652688X-RAY DIFFRACTION100
6.6699-57.17220.29121570.23222841X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4677-0.19490.4570.0795-0.19980.45840.42280.10290.3982-0.01020.3165-0.0216-0.6145-0.2756-0.48450.6185-0.07520.20220.4018-0.02670.44333.0957-16.641356.8946
21.1999-0.3277-0.01350.9217-0.76841.3819-0.29410.14290.2229-0.0207-0.1755-0.01880.0216-0.1370.27220.2787-0.13820.05420.2522-0.06970.236528.2927-9.977271.992
30.1006-0.0181-0.07620.25740.18550.1732-0.06430.0024-0.0726-0.0295-0.0755-0.0081-0.011-0.1830.02770.10180.14420.09550.3763-0.20230.825215.176-1.96874.4214
41.2328-0.2398-0.14630.06330.05350.3480.36090.07660.28510.04830.1577-0.0610.6630.1605-0.46920.63380.06120.03860.4690.02870.5945-0.27258.830474.9507
50.575-0.6744-0.59730.84950.66350.64680.26940.0277-0.1545-0.01860.3348-0.0735-0.1309-0.0093-0.46880.5345-0.09960.22140.6364-0.12050.6937-6.361720.025683.8523
61.1234-0.23640.21781.4619-1.38451.34310.00140.34950.3103-1.01470.054-0.0699-0.52170.1598-0.04980.86610.103-0.04820.49820.1050.4179-11.696523.298988.945
71.66380.29230.32330.1249-0.30641.76920.41350.1075-0.3780.1794-0.14430.059-0.47050.1969-0.23080.63270.18920.01260.3417-0.07680.4937-7.348614.519983.1178
80.63220.33470.17310.57320.05613.2264-0.2327-0.26220.1335-0.0988-0.1083-0.25560.1199-0.75930.25340.67650.10880.09570.65410.19380.4729-8.291124.870698.2895
92.8535-1.4285-0.14351.5314-0.17480.3375-0.07530.78080.21150.352-0.17870.08270.028-0.21320.23880.30670.02140.07020.48680.09320.5172-13.886611.797491.6614
101.36040.89470.97491.0927-0.20692.90770.71430.23280.20210.02960.06060.40630.1796-0.5335-0.7470.59220.26860.07390.74290.21270.6134-30.790628.175397.6357
110.2040.088-0.05380.5391-0.23030.10080.00710.053-0.2267-0.32120.07960.2046-0.085-0.0637-0.07781.0014-0.1098-0.03890.30620.06050.7095-13.581234.991994.8798
120.3544-0.55970.03562.30071.27631.39220.0944-0.27820.2978-0.3379-0.07180.1538-0.2015-0.51180.03730.52310.17820.07910.6972-0.08010.6758-25.225328.8777100.8272
132.15490.45991.83842.1280.04321.63180.58870.5458-1.0049-0.0307-0.40910.47630.1278-0.2471-0.15740.16120.03550.09550.759-0.180.6998-25.029211.080993.9215
141.5977-0.71110.9921.5805-1.49183.0560.5290.01770.2595-0.36240.69580.42190.0971-0.198-1.04230.58450.10820.18120.52820.06170.603-20.5131.7579112.2131
150.5578-0.15880.94020.0554-0.30361.5193-0.4668-0.4745-0.3650.41180.6172-0.07570.4714-0.4269-0.31220.526-0.04420.18810.3233-0.06110.6528-21.05618.0062110.8862
160.57850.08810.56010.40570.45570.92990.1118-0.1840.08530.14340.1165-0.2691-0.1349-0.4492-0.10720.65280.15450.19130.5823-0.01410.4249-10.632726.2385105.1586
170.46290.31670.1652.5518-1.2860.8829-0.18040.3562-0.50250.52360.20580.0454-0.15940.1148-0.06880.276-0.07330.17180.3923-0.07940.6592-26.386415.5752102.1902
180.29180.4445-0.1071.0577-0.37970.3930.05450.19260.1158-0.3159-0.11010.33260.0447-0.19950.02830.51470.25750.15010.8965-0.04130.583-19.287311.347488.9862
190.71390.1364-0.29081.6535-0.25820.47640.73070.3303-0.03-0.0763-0.6403-0.0383-0.10630.01190.02540.42840.0442-0.03520.49810.03250.42584.25096.716478.191
20-0.011-0.0615-0.05250.0262-0.23890.80660.332-0.0240.2924-0.4437-0.2762-0.2449-0.4277-0.105-0.06810.4168-0.05440.08250.4714-0.0480.547121.831-5.854474.1111
210.3677-0.27570.05850.4114-0.09120.01870.52470.1179-0.0932-0.88010.41730.14630.31610.4513-0.82840.97860.03310.00551.13130.05760.606143.408-20.417969.935
220.7158-1.42090.62753.75620.13962.8371-0.18110.1009-0.29270.51720.456-0.59-0.344-0.2668-0.20490.5479-0.18730.24910.49020.01650.560232.4339-20.016554.3687
230.4296-0.0728-0.68090.02080.10961.1070.24630.2204-0.238-0.51820.28090.07880.07270.3185-0.55460.88880.18890.04070.9337-0.08620.565632.9678-22.784246.2448
240.02420.00520.02770.0485-0.00570.03510.03460.0317-0.00530.003-0.0131-0.02290.03780.02850.02290.1101-0.25760.03190.11070.46610.482918.9738-22.828458.215
250.18320.24660.12010.36640.10010.2002-0.07990.15970.1516-0.0285-0.03150.0727-0.00310.00670.03270.07450.075-0.1780.5712-0.16140.566514.6753-20.144166.1317
260.16540.2276-0.02930.36090.03880.1413-0.09220.0810.0311-0.05930.0317-0.04580.0504-0.0754-0.074-0.104-0.3481-0.14280.21250.15790.303812.3802-14.825372.5988
271.37271.00220.07661.942-1.05641.4741-0.12960.2760.2933-0.09670.33390.24290.0810.0191-0.08880.5447-0.2190.10240.33410.00810.33922.6309-9.558680.4868
280.80980.699-0.94520.7482-0.50662.06220.46620.08120.15760.014-0.12140.4692-0.3365-0.0899-0.20950.46260.0558-0.10890.4806-0.10310.52351.11547.669399.5182
290.02370.0032-0.0329-0.00480.00120.01660.04370.03180.0584-0.02210.04780.0479-0.01480.01820.0451-0.4884-0.29820.44830.16820.40810.14536.8352.0553100.077
300.13380.0197-0.18960.005-0.02450.4665-0.0640.07510.2016-0.18610.14540.1333-0.1546-0.0889-0.09660.45520.0286-0.00410.1284-0.04340.365713.0286-4.488290.7485
310.2992-0.07630.15530.18160.24110.57370.02110.05830.03430.4574-0.2143-0.27-0.08590.07340.02210.38420.04110.02590.35640.4712-0.188521.3802-12.112481.8308
325.1812-0.41330.35240.26630.22090.2912-0.3623-0.54740.2624-0.093-0.0828-0.2980.06280.4620.21790.3411-0.04970.13760.67630.3010.487626.5143-20.652670.952
330.3071-0.1211-0.32360.278-0.12240.67010.0692-0.4038-0.0982-0.070.1013-0.0356-0.01390.244-0.1160.8428-0.17150.0070.6685-0.07010.657830.6693-29.651962.5385
340.2991.3605-0.09176.404-0.48520.19750.2309-0.02650.5874-0.5497-0.0854-0.151-0.0546-0.0188-0.21840.7241-0.03380.1110.3759-0.08560.851335.7513-38.586755.3493
351.97210.83430.86040.48740.0561.079-0.2009-0.03120.4945-0.18730.1265-0.25760.2745-0.31320.10510.5723-0.0324-0.00750.6244-0.22510.983542.8052-32.519655.491
360.14440.0797-0.02791.2466-0.21950.0430.0893-0.02610.03280.30310.1285-0.1289-0.4790.0483-0.17731.0555-0.14050.2730.6408-0.28421.314242.0316-31.992552.0752
370.93430.35940.56550.37570.25720.35360.05930.0178-00.25240.1920.03650.36810.1253-0.21051.2830.14760.34791.33250.09060.584136.307-33.253142.2013
380.3277-0.3610.37510.6788-0.11770.7311-0.2128-0.0399-0.1809-0.0548-0.19580.11660.1996-0.08310.15990.75210.15780.25090.855-0.30421.057829.2554-33.548447.6988
390.40030.23360.20210.24590.04270.1588-0.04280.0304-0.0401-0.3952-0.1537-0.044-0.0945-0.06790.07081.2116-0.2290.40230.9778-0.54651.148537.8388-42.625446.3084
400.0384-0.06670.00640.1198-0.0093-0.0006-0.1418-0.0837-0.10440.08490.07360.05630.06740.01020.04791.03120.23550.25870.4004-0.08290.612151.8248-41.360547.5104
410.0851-0.0838-0.03980.08130.03730.0173-0.05280.38560.3140.0061-0.1296-0.0960.0693-0.04810.0440.4387-0.24780.04611.06990.65560.5624-7.4674-4.793356.7702
421.7276-0.45021.17021.6561-0.05550.83290.005-0.8413-0.22860.50090.1327-0.0238-0.2523-0.4231-0.11630.79930.18410.05720.95680.21720.6972-1.94865.631938.6281
430.36130.0008-0.76850.5582-0.03922.7107-0.6337-0.1583-0.11760.2234-0.2689-0.1188-0.0984-0.27260.77860.49910.06240.02340.77360.17110.42151.27431.042851.4069
440.8532-0.00560.79690.63860.67321.46290.4034-0.33580.0870.4963-0.0157-0.10740.0091-0.358-0.30350.5175-0.0568-0.06350.51690.06610.24764.3706-8.756658.4966
450.1331-0.03540.04460.1291-0.07060.17320.16130.0316-0.0143-0.16760.09920.0965-0.0688-0.11280.01670.8461-0.6519-0.11780.67010.46150.3498-1.0756-8.599540.9243
460.1665-0.1227-0.12210.7346-0.05370.1238-0.05340.04820.04220.09650.0772-0.12680.2847-0.18170.0740.4123-0.2822-0.12750.51610.25420.32676.6417-9.437949.4183
470.11550.1229-0.0180.17380.07270.1981-0.0289-0.00640.09070.0494-0.01390.1452-0.14820.0074-0.08820.6632-0.17920.01530.30590.41310.504914.3494-5.730954.3389
480.06730.0116-0.09120.1343-0.15370.2109-0.16210.2544-0.0637-0.41290.1402-0.18210.17280.0942-0.02120.5445-0.4480.31910.20170.16880.260610.2269-2.66646.161
491.6693-0.8783-0.07860.51590.09930.0797-0.0329-0.51690.4336-0.01960.24910.4984-0.0253-0.0484-0.22470.4801-0.1631-0.05810.58140.26770.62094.72852.614150.7753
500.09130.02310.05880.05860.02660.04190.09510.1053-0.0609-0.15590.04630.0570.03230.11360.0440.6186-0.0502-0.44790.78970.2960.16622.2879-3.374735.3672
510.4502-0.29340.04670.86960.06530.01470.07160.14290.0652-0.6962-0.15610.02960.11730.36060.05240.6285-0.23150.0380.53280.21460.00963.6644-10.693656.3611
520.33770.0527-0.14570.59440.90161.5417-0.07950.2414-0.0697-0.5352-0.0333-0.2222-0.0012-0.1510.06280.5998-0.0950.17790.38570.05650.317.7029-14.642854.3691
532.8233-0.1554-1.26383.27780.95420.9679-0.04980.47460.1282-0.3481-0.2454-0.018-0.039-0.39160.11190.8029-0.42030.06840.52250.0870.46030.6971-14.897654.7335
540.8719-0.2882-0.13950.2310.40410.9420.4891-0.2520.14620.06010.18940.1581-0.0456-0.309-0.30730.1237-0.2524-0.01161.0090.2020.3455-4.40430.793337.4158
550.8342-0.04340.29580.5466-0.67880.94120.0602-0.16060.10370.14590.18290.02260.13990.1528-0.13821.27830.0073-0.01550.99490.36490.7862-13.59228.583127.8569
561.39370.0578-0.23670.5305-0.19260.84970.04480.2695-0.03220.1940.02930.1863-0.04030.06680.03110.6905-0.11440.08611.84630.43880.7486-15.4062.042528.1244
570.51820.1362-0.07020.23730.09030.3083-0.10920.0819-0.0292-0.0990.10770.1276-0.13650.2374-0.04251.0144-0.307-0.07911.12520.51510.3783-15.776-6.740428.3033
580.6433-0.3584-0.07830.2030.0590.0673-0.104-0.4717-0.0955-0.04320.05320.05490.01850.02220.04040.6466-0.3093-0.27021.56920.62231.154-8.3492-0.060123.9217
590.37580.0762-0.04330.0151-0.00270.03950.0081-0.0710.01050.0304-0.0020.04510.093-0.1598-0.00390.9172-0.4814-0.22521.7003-0.27650.4799-21.3904-4.449426.621
600.03930.1292-0.21040.479-0.80741.38-0.12940.0526-0.0735-0.1852-0.35680.070.16510.10620.39720.9546-0.32640.12941.33550.11730.9053-19.16028.781533.215
610.15860.05660.00250.1-0.07310.11280.06710.0320.0104-0.11710.01-0.0662-0.17050.0979-0.02231.2435-0.5101-0.04881.30370.1070.31015.5403-24.216541.0148
620.25980.1404-0.00550.3618-0.17990.1114-0.0060.03430.0426-0.10160.0609-0.2932-0.03310.0004-0.01361.0041-1.0805-0.31270.97320.17071.1238-10.0859-27.95236.0623
630.9748-0.0245-0.30410.73220.50270.47840.1033-0.14580.14780.01080.06250.01390.02970.0934-0.04840.4113-0.6844-0.22980.74560.19931.0521-16.0851-32.162842.735
640.0634-0.35350.10551.9415-0.5770.17290.01670.26230.0808-0.3560.356-0.24330.2903-0.6354-0.27890.90640.07690.08790.9932-0.14650.35596.458-29.064343.6798
650.39140.3271-0.32290.3937-0.12550.4619-0.1542-0.12350.1368-0.09460.30230.28220.22460.28280.3250.3985-0.6691-0.06620.70150.70740.31892.8822-25.529352.7533
660.0725-0.09430.03670.1735-0.02080.2198-0.08670.01020.1099-0.14880.04410.15430.0153-0.0712-0.13690.5096-0.3884-0.13720.98130.43880.1064-8.9522-16.754849.6291
670.25820.0358-0.28750.334-0.27190.5643-0.0419-0.00810.09160.1741-0.02350.16510.04820.13950.03591.0571-0.5804-0.1480.53770.25520.6077-3.8915-25.043157.8888
680.0151-0.02380.03230.084-0.01230.1189-0.03020.16990.0162-0.00710.05980.0343-0.047-0.0721-0.04111.1214-0.75720.14931.27280.30390.754-14.0976-26.517353.9025
690.51490.19750.25890.49980.09320.134-0.2073-0.09640.0816-0.1465-0.1207-0.07190.0722-0.0820.070.709-0.52680.05010.7440.13710.8220.21-32.155748.2445
701.3182-0.2969-0.13661.1369-0.23191.0437-0.1002-0.415-0.3019-0.1557-0.1007-0.0915-0.0254-0.1581-0.00710.595-0.159-0.3620.70330.38340.7352-17.8351-28.176447.5089
71-0.00230.00950.01560.19720.37950.9378-0.0950.3251-0.1721-0.5880.47630.2830.02240.0481-0.130.644-0.2943-0.06090.48380.17170.69830.8814-20.694246.8902
720.35120.3167-0.13960.9952-0.64170.42550.1498-0.1888-0.1881-0.07680.5379-0.08010.62450.0872-0.49430.8831-0.2839-0.0970.6887-0.09910.4041-0.555-20.707440.9315
730.59470.3468-0.00630.3366-0.05440.0157-0.16360.2202-0.01460.111-0.1630.02420.2167-0.43960.26281.2614-0.7544-0.4281.31570.24341.1475-19.3619-26.812835.6937
740.2932-0.177-0.07310.1718-0.05290.182-0.0461-0.3526-0.28860.0453-0.14940.0304-0.0250.20410.0010.618-0.322-0.58131.04860.66891.3763-27.3403-21.848723.1782
750.1184-0.06190.06490.3160.00420.07630.18570.06020.05760.11690.0344-0.03330.0567-0.1249-0.05291.3911-0.9186-0.11871.43190.4341.1853-23.7765-19.954526.1516
760.1847-0.08060.15590.0636-0.08130.13160.0858-0.2793-0.2506-0.15840.21580.29270.0026-0.0483-0.12610.7359-1.0957-0.30221.23270.69421.3653-18.9256-14.788626.1764
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 1:14)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 15:30)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 31:35)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 36:49)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 50:55)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 56:70)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 71:84)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 85:95)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN A AND RESID 96:115)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN A AND RESID 116:131)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN A AND RESID 132:138)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN A AND RESID 139:165)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN A AND RESID 166:177)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN A AND RESID 178:196)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN A AND RESID 197:216)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN A AND RESID 217:232)
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN A AND RESID 233:251)
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN A AND RESID 252:262)
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN A AND RESID 263:296)
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN A AND RESID 297:327)
21X-RAY DIFFRACTION21(CHAIN B AND RESID 1:9)
22X-RAY DIFFRACTION22(CHAIN B AND RESID 10:28)
23X-RAY DIFFRACTION23(CHAIN B AND RESID 29:37)
24X-RAY DIFFRACTION24(CHAIN B AND RESID 38:45)
25X-RAY DIFFRACTION25(CHAIN B AND RESID 46:50)
26X-RAY DIFFRACTION26(CHAIN B AND RESID 51:56)
27X-RAY DIFFRACTION27(CHAIN B AND RESID 57:63)
28X-RAY DIFFRACTION28(CHAIN B AND RESID 64:76)
29X-RAY DIFFRACTION29(CHAIN B AND RESID 77:84)
30X-RAY DIFFRACTION30(CHAIN B AND RESID 85:93)
31X-RAY DIFFRACTION31(CHAIN B AND RESID 94:104)
32X-RAY DIFFRACTION32(CHAIN B AND RESID 105:112)
33X-RAY DIFFRACTION33(CHAIN B AND RESID 113:121)
34X-RAY DIFFRACTION34(CHAIN B AND RESID 122:128)
35X-RAY DIFFRACTION35(CHAIN B AND RESID 129:135)
36X-RAY DIFFRACTION36(CHAIN B AND RESID 136:141)
37X-RAY DIFFRACTION37(CHAIN B AND RESID 142:147)
38X-RAY DIFFRACTION38(CHAIN B AND RESID 148:156)
39X-RAY DIFFRACTION39(CHAIN B AND RESID 157:167)
40X-RAY DIFFRACTION40(CHAIN B AND RESID 168:173)
41X-RAY DIFFRACTION41(CHAIN H AND RESID 1:6)
42X-RAY DIFFRACTION42(CHAIN H AND RESID 7:13)
43X-RAY DIFFRACTION43(CHAIN H AND RESID 14:30)
44X-RAY DIFFRACTION44(CHAIN H AND RESID 31:35)
45X-RAY DIFFRACTION45(CHAIN H AND RESID 36:43)
46X-RAY DIFFRACTION46(CHAIN H AND RESID 44:52A)
47X-RAY DIFFRACTION47(CHAIN H AND RESID 53:59)
48X-RAY DIFFRACTION48(CHAIN H AND RESID 60:72)
49X-RAY DIFFRACTION49(CHAIN H AND RESID 73:82C)
50X-RAY DIFFRACTION50(CHAIN H AND RESID 83:89)
51X-RAY DIFFRACTION51(CHAIN H AND RESID 90:100A)
52X-RAY DIFFRACTION52(CHAIN H AND RESID 100B:100G)
53X-RAY DIFFRACTION53(CHAIN H AND RESID 100H:103)
54X-RAY DIFFRACTION54(CHAIN H AND RESID 104:115)
55X-RAY DIFFRACTION55(CHAIN H AND RESID 116:120)
56X-RAY DIFFRACTION56(CHAIN H AND RESID 136:145)
57X-RAY DIFFRACTION57(CHAIN H AND RESID 161:166)
58X-RAY DIFFRACTION58(CHAIN H AND RESID 167:172)
59X-RAY DIFFRACTION59(CHAIN H AND RESID 173:177)
60X-RAY DIFFRACTION60(CHAIN H AND RESID 194:203)
61X-RAY DIFFRACTION61(CHAIN L AND RESID 1:6)
62X-RAY DIFFRACTION62(CHAIN L AND RESID 7:13)
63X-RAY DIFFRACTION63(CHAIN L AND RESID 14:21)
64X-RAY DIFFRACTION64(CHAIN L AND RESID 22:27A)
65X-RAY DIFFRACTION65(CHAIN L AND RESID 27B:38)
66X-RAY DIFFRACTION66(CHAIN L AND RESID 39:49)
67X-RAY DIFFRACTION67(CHAIN L AND RESID 50:56)
68X-RAY DIFFRACTION68(CHAIN L AND RESID 57:63)
69X-RAY DIFFRACTION69(CHAIN L AND RESID 64:73)
70X-RAY DIFFRACTION70(CHAIN L AND RESID 74:85)
71X-RAY DIFFRACTION71(CHAIN L AND RESID 82:96)
72X-RAY DIFFRACTION72(CHAIN L AND RESID 97:102)
73X-RAY DIFFRACTION73(CHAIN L AND RESID 103:109)
74X-RAY DIFFRACTION74(CHAIN L AND RESID 110:115)
75X-RAY DIFFRACTION75(CHAIN L AND RESID 135:141)
76X-RAY DIFFRACTION76(CHAIN L AND RESID 155:178)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る