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- PDB-3ztj: Structure of influenza A neutralizing antibody selected from cult... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ztj
タイトルStructure of influenza A neutralizing antibody selected from cultures of single human plasma cells in complex with human H3 Influenza haemagglutinin.
要素
  • (FI6V3 ANTIBODY ...) x 2
  • (HEMAGGLUTININ ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN COMPLEX / X31 / MONOCLONAL ANTIBODY
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins ...Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.41 Å
データ登録者Voss, J.E. / Vachieri, S.G. / Gamblin, S.J. / Collins, P.J. / Haire, L.F. / Skehel, J.J.
引用ジャーナル: Science / 年: 2011
タイトル: A Neutralizing Antibody Selected from Plasma Cells that Binds to Group 1 and Group 2 Influenza a Hemagglutinins.
著者: Corti, D. / Voss, J.E. / Gamblin, S.J. / Codoni, G. / Macagno, A. / Jarrossay, D. / Vachieri, S.G. / Pinna, D. / Minola, A. / Vanzetta, F. / Silacci, C. / Fernandez-Rodriguez, B.M. / Agatic, ...著者: Corti, D. / Voss, J.E. / Gamblin, S.J. / Codoni, G. / Macagno, A. / Jarrossay, D. / Vachieri, S.G. / Pinna, D. / Minola, A. / Vanzetta, F. / Silacci, C. / Fernandez-Rodriguez, B.M. / Agatic, G. / Bianchi, S. / Giacchetto-Sasselli, I. / Calder, L. / Sallusto, F. / Collins, P.J. / Haire, L.F. / Temperton, N. / Langedijk, J.P.M. / Skehel, J.J. / Lanzavecchia, A.
履歴
登録2011年7月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月24日Group: Database references / Source and taxonomy
改定 1.22012年9月5日Group: Derived calculations
改定 1.32013年5月29日Group: Other
改定 1.42017年1月25日Group: Atomic model / Other
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMAGGLUTININ HA1 CHAIN
B: HEMAGGLUTININ HA2 CHAIN
C: HEMAGGLUTININ HA1 CHAIN
D: HEMAGGLUTININ HA2 CHAIN
E: HEMAGGLUTININ HA1 CHAIN
F: HEMAGGLUTININ HA2 CHAIN
G: FI6V3 ANTIBODY HEAVY CHAIN
H: FI6V3 ANTIBODY LIGHT CHAIN
I: FI6V3 ANTIBODY HEAVY CHAIN
J: FI6V3 ANTIBODY LIGHT CHAIN
K: FI6V3 ANTIBODY HEAVY CHAIN
L: FI6V3 ANTIBODY LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)322,10627
ポリマ－315,29512
非ポリマー6,81115
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area50590 Å2
ΔGint-114.3 kcal/mol
Surface area94260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)171.488, 193.428, 213.748
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.463, 0.69, -0.557), (-0.875, -0.254, 0.413), (0.143, 0.678, 0.721)1.96038, 104.58604, -46.47054
2given(-0.467, -0.873, 0.145), (0.689, -0.256, 0.678), (-0.555, 0.416, 0.72)98.87587, 56.96461, -8.83538
3given(-0.462, 0.699, -0.546), (-0.873, -0.251, 0.418), (0.155, 0.67, 0.726)0.67192, 104.09324, -46.28536
4given(-0.472, -0.869, 0.149), (0.692, -0.26, 0.673), (-0.546, 0.421, 0.724)98.51775, 57.50359, -9.65878
5given(-0.423, -0.878, 0.225), (0.748, -0.198, 0.634), (-0.512, 0.437, 0.74)95.10723, 51.22371, -12.88908
6given(-0.475, 0.681, -0.557), (-0.864, -0.242, 0.441), (0.166, 0.691, 0.704)2.92544, 102.65349, -48.75092
7given(-0.421, -0.879, 0.222), (0.75, -0.2, 0.631), (-0.51, 0.432, 0.743)95.57594, 51.13067, -12.73187
8given(-0.486, 0.698, -0.526), (-0.853, -0.25, 0.457), (0.188, 0.671, 0.717)1.24344, 101.90778, -48.36013

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要素

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HEMAGGLUTININ ... , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 HEMAGGLUTININ HA1 CHAIN


分子量: 36222.652 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)
株: A/AICHI/2/1968(H3N2) / 参照: UniProt: P03437, UniProt: Q91MA7*PLUS
#2: タンパク質 HEMAGGLUTININ HA2 CHAIN


分子量: 20212.350 Da / 分子数: 3 / Fragment: RESIDUES 346-520 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)
株: A/AICHI/2/1968(H3N2) / 参照: UniProt: P03437, UniProt: Q91MA7*PLUS

-
抗体 , 2種, 6分子 GIKHJL

#3: 抗体 FI6V3 ANTIBODY HEAVY CHAIN


分子量: 24557.555 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
#4: 抗体 FI6V3 ANTIBODY LIGHT CHAIN


分子量: 24105.758 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)

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糖 , 3種, 15分子

#5: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 75 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→143.4 Å / Num. obs: 97028 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 3.41→3.55 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 93.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.41→143.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 55.725 / SU ML: 0.393 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.457 / ESU R Free: 0.482 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28434 4640 5 %RANDOM
Rwork0.2341 ---
obs0.23671 88081 95.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 152.486 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.56 Å20 Å20 Å2
2---4.84 Å20 Å2
3---1.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.41→143.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19934 0 450 0 20384
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02220898
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0213686
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6991.96328491
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.971333266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.23652573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.58524.401927
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.412153200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.27815107
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.23224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02123292
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024188
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3851.512833
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0571.55245
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.795220682
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.52938065
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8634.57809
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.414→3.503 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.491 299 -
Rwork0.465 5915 -
obs--87.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6367-0.5272-1.29011.65081.71293.71690.069-0.15150.4680.04410.07370.2426-0.3974-0.1729-0.14270.24520.0228-0.10270.10480.08690.46857.6382108.198864.8478
21.02550.1348-0.18132.20962.30974.43980.0062-0.20370.27750.130.0422-0.0689-0.24940.422-0.04840.1481-0.1305-0.13130.09380.00410.215237.06297.248274.9634
30.93380.2344-0.25680.92141.43246.25590.0806-0.1674-0.1210.167-0.16530.18370.227-0.3660.08470.1515-0.1314-0.08470.08490.07520.17310.229778.547378.521
41.64760.31490.17941.58921.52259.6994-0.12730.79540.0921-0.53830.00980.17880.0275-0.23650.11750.3115-0.1541-0.14970.44650.1090.130521.647283.845721.2282
53.3571-0.8816-2.84551.92651.3955.7713-0.18620.7057-0.3745-0.51230.0162-0.04330.07740.17980.170.2687-0.1348-0.04460.2989-0.06430.154937.574572.974328.719
61.66230.3180.06884.32553.19295.3728-0.35840.6034-0.367-0.48560.2690.17920.37210.18420.08940.308-0.1742-0.040.2436-0.07240.183318.590364.988429.1574
7-0.2759-2.90060.37562.66721.24634.0704-0.14790.130.1857-0.15310.42950.6494-1.6007-1.7758-0.28160.92840.2388-0.19961.74320.9961.6685-2.0124103.598820.6356
85.37143.0165-0.32383.002-0.3233.03980.0255-0.2592-0.34460.2213-0.1866-0.4573-0.02830.6820.16110.2841-0.0712-0.02970.47340.08880.097563.460589.425135.8807
92.69410.2998-0.51547.6572-0.9263.0325-0.182-0.3441-0.44740.14620.16130.14490.12240.02540.02060.1736-0.0642-0.00450.1097-0.08010.350513.766341.559949.1021
100.7311-1.39951.2826-0.85130.9999-0.3558-0.18120.7438-0.07180.2022-0.41151.1489-0.3621-0.87750.59260.7914-0.4595-0.33322.82760.53031.7062-11.375884.464716.836
113.99952.0870.25096.004-0.35323.7263-0.18780.35860.5373-0.2870.18860.3902-0.4645-0.0721-0.00080.256-0.1413-0.04020.44920.09770.107655.0333100.96719.3179
123.05220.2692-0.98165.3367-1.43823.34760.03570.0386-0.63130.1298-0.3133-1.13740.23050.69490.27760.2798-0.0501-0.10440.307-0.12560.811534.623938.739743.6153
136.115-1.44272.01626.7128-2.32052.74310.5144-0.72780.35121.1011-0.6154-0.7927-1.58930.75980.1011.1751-0.6896-0.14221.4717-0.06180.452989.2487116.384728.9973
147.8473-0.37161.6706-0.1517-2.06294.3152-0.4923-2.329-0.10290.312-0.1114-0.38030.37520.23450.60361.09620.2204-0.28050.7543-0.05231.536923.323311.250666.2946
155.2189-1.46610.79953.6289-1.62832.9546-0.1455-0.64930.00080.3485-0.1694-0.6613-0.28831.15640.31480.5828-0.4495-0.08710.93950.04360.37689.0595113.313512.937
165.51962.39671.03954.0647-1.70921.1731-0.1898-0.0496-0.4426-0.389-0.0889-0.70230.91280.36870.27871.08520.26670.22540.5454-0.02711.841229.99353.249953.6811
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 328
2X-RAY DIFFRACTION2C9 - 328
3X-RAY DIFFRACTION3E9 - 328
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 175
5X-RAY DIFFRACTION5D1 - 175
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 175
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 113
8X-RAY DIFFRACTION8I1 - 113
9X-RAY DIFFRACTION9K1 - 113
10X-RAY DIFFRACTION10H1 - 103
11X-RAY DIFFRACTION11J1 - 103
12X-RAY DIFFRACTION12L1 - 103
13X-RAY DIFFRACTION13I114 - 210
14X-RAY DIFFRACTION14K114 - 210
15X-RAY DIFFRACTION15J107 - 212
16X-RAY DIFFRACTION16L107 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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