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万見
- PDB-3zip: minor-site specific NLS (A58) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zip
タイトルminor-site specific NLS (A58)
要素
  • A58NLS
  • IMPORTIN SUBUNIT ALPHA-2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / NUCLEAR IMPORT / NUCLEAR LOCALIZATION SIGNALS
機能・相同性
機能・相同性情報


Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / nuclear import signal receptor activity / protein import into nucleus / cytoplasmic stress granule / host cell / DNA-binding transcription factor binding ...Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / nuclear import signal receptor activity / protein import into nucleus / cytoplasmic stress granule / host cell / DNA-binding transcription factor binding / postsynaptic density / glutamatergic synapse / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats ...Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Importin subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Chang, C.-W. / Counago, R.M. / Williams, S.J. / Kobe, B.
引用ジャーナル: Traffic / 年: 2013
タイトル: Distinctive Conformation of Minor Site-Specific Nuclear Localization Signals Bound to Importin-Alpha
著者: Chang, C.-W. / Counago, R.M. / Williams, S.J. / Boden, M. / Kobe, B.
履歴
登録2013年1月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IMPORTIN SUBUNIT ALPHA-2
B: A58NLS
C: A58NLS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9803
ポリマ－52,9803
非ポリマー00
水88349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.140, 90.180, 99.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 IMPORTIN SUBUNIT ALPHA-2 / IMPORTIN ALPHA P1 / KARYOPHERIN SUBUNIT ALPHA-2 / PENDULIN / PORE TARGETING COMPLEX 58 KDA SUBUNIT ...IMPORTIN ALPHA P1 / KARYOPHERIN SUBUNIT ALPHA-2 / PENDULIN / PORE TARGETING COMPLEX 58 KDA SUBUNIT / PTAC58 / RAG COHORT PROTEIN 1 / SRP1-ALPHA


分子量: 49872.836 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 72-497 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P52293
#2: タンパク質・ペプチド A58NLS


分子量: 1553.769 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.89 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.75 M SODIUM CITRATE, 0.1 M HEPES BUFFER (PH 6.5) AND 10 MM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537
検出器日付: 2010年9月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→19.87 Å / Num. obs: 28437 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 52.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.95 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IAL

1ial


解像度: 2.4→19.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9561 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9425 / SU R Cruickshank DPI: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.204 / SU Rfree Blow DPI: 0.163 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.162
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1905 1435 5.05 %RANDOM
Rwork0.1643 ---
obs0.1656 28389 99.99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 58.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9631 Å20 Å20 Å2
2--4.2164 Å20 Å2
3----5.1795 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3394 0 0 49 3443
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013455HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.014700HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1612SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes89HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes489HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3455HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.54
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.04
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion479SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4261SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2461 151 5.17 %
Rwork0.1985 2768 -
all0.2009 2919 -
obs--99.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8606-0.41861.36546.5694-2.25113.78310.1450.1573-0.1911-0.4499-0.0214-0.28840.26630.2538-0.1235-0.02220.0373-0.0471-0.0942-0.0076-0.0499-5.6006-8.258515.3859
21.85440.92610.42552.6665-0.51650.87340.0849-0.12770.12610.22580.01070.0208-0.0703-0.0528-0.0956-0.03560.0034-0.0028-0.066-0.0044-0.0307-4.863914.833816.4526
32.170.1602-0.64594.211-1.12282.25930.09360.0760.11790.17230.00290.2196-0.21230.0035-0.0965-0.0769-0.00490.0446-0.06580.02770.02933.43428.8265.8779
42.33330.3455-1.07282.8208-0.91332.9099-0.00480.78810.3178-0.42420.17240.3825-0.0567-0.536-0.1676-0.1617-0.0057-0.03760.02730.1517-0.07738.400337.4981-19.2805
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|72 - 156}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|157 - 262}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|263 - 329}
4X-RAY DIFFRACTION4{A|330 - 497}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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