PDB-3wii: Crystal structure of the Fab fragment of B2212A, a murine monoclo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3wii

タイトル

Crystal structure of the Fab fragment of B2212A, a murine monoclonal antibody specific for the third fibronectin domain (Fn3) of human ROBO1.

要素

anti-human ROBO1 antibody B2212A Fab heavy chain
anti-human ROBO1 antibody B2212A Fab light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin Fab fragment / anti-hepatocellular carcinoma antibody / the third fibronectin type-III domain (Fn3) of human ROBO1

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Nakayama, T. / Mizohata, E. / Yamashita, T. / Nagatoishi, S. / Nakakido, M. / Iwanari, H. / Mochizuki, Y. / Kado, Y. / Yokota, Y. / Sato, R. ...

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2015
タイトル: Structural features of interfacial tyrosine residue in ROBO1 fibronectin domain-antibody complex: Crystallographic, thermodynamic, and molecular dynamic analyses
著者: Nakayama, T. / Mizohata, E. / Yamashita, T. / Nagatoishi, S. / Nakakido, M. / Iwanari, H. / Mochizuki, Y. / Kado, Y. / Yokota, Y. / Satoh, R. / Tsumoto, K. / Fujitani, H. / Kodama, T. / Hamakubo, T. / Inoue, T.

履歴

登録	2013年9月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年1月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年3月4日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3wii.cif.gz	366.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3wii.ent.gz	301 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3wii.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3wii_validation.pdf.gz	451.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3wii_full_validation.pdf.gz	459.6 KB	表示
XML形式データ	3wii_validation.xml.gz	38.4 KB	表示
CIF形式データ	3wii_validation.cif.gz	57 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/3wii ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/3wii	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3wihC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4wht-8 6y54-1 1hkl-d 3v0v-1 6m87-5 5ye4-2 4ncc-2 3ls4-d 5yfi-d 6y54-2 2fjf-1 3cfe-1 2bmk-1 1kno-3 6p7h-d 2v7h-2 5t0y-2 2adg-d 6wos-d 3cle-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: anti-human ROBO1 antibody B2212A Fab light chain

H: anti-human ROBO1 antibody B2212A Fab heavy chain

M: anti-human ROBO1 antibody B2212A Fab light chain

I: anti-human ROBO1 antibody B2212A Fab heavy chain

94.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

L: anti-human ROBO1 antibody B2212A Fab light chain

H: anti-human ROBO1 antibody B2212A Fab heavy chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.4 kDa, 2 ポリマー

2

M: anti-human ROBO1 antibody B2212A Fab light chain

I: anti-human ROBO1 antibody B2212A Fab heavy chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.4 kDa, 2 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.823, 136.490, 77.512
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.86, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	anti-human ROBO1 antibody B2212A Fab light chain 分子量: 23570.998 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体	anti-human ROBO1 antibody B2212A Fab heavy chain 分子量: 23803.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 663 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE SEQUENCE DATABASE OF THE THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT ...THE SEQUENCE DATABASE OF THE THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.33	47.29
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
293	1	蒸気拡散法, シッティングドロップ法	4.6	25%(w/v) PEG4000, 0.1M Na acetate trihydrate, 0.2M ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
293	2	蒸気拡散法, シッティングドロップ法	5.5	22%(w/v) PEG3350, 0.1M Na citrate tribasic dehydrate, 0.1%(w/v) n-octyl beta-D-glucopyranoside, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 109771 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 17.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.6-1.66	2.3	0.249	1	90.4
1.66-1.72	2.5	0.209	1	91.6
1.72-1.8	2.7	0.18	1	94.4
1.8-1.9	2.9	0.157	1	96
1.9-2.02	3.2	0.136	1	97.3
2.02-2.17	3.5	0.123	1	98.5
2.17-2.39	3.7	0.111	1	99
2.39-2.74	3.8	0.11	1	99.2
2.74-3.45	4.1	0.098	1	99.6
3.45-50	3.9	0.105	1	92.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
BBS		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	1.8.4_1496	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→14.907 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / Occupancy max: 1 / SU ML: 0.2 / σ(F): 0.73 / 位相誤差: 23.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2298	5363	5.01 %
R_work	0.1851	-	-
obs	0.1873	107141	94.07 %
all	-	109771	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.869 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	0.01 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→14.907 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6658	0	0	663	7321

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6843
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.229	9313
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.339	2443
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	1065
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1183

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.6182	0.3075	164	0.2672	3187	X-RAY DIFFRACTION	89
1.6182-1.6372	0.3029	180	0.2531	3351	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6372-1.6571	0.2948	189	0.2481	3373	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6571-1.6781	0.28	188	0.2293	3395	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6781-1.7001	0.2777	186	0.2265	3338	X-RAY DIFFRACTION	93
1.7001-1.7234	0.2661	180	0.2209	3385	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7234-1.748	0.271	178	0.2164	3418	X-RAY DIFFRACTION	94
1.748-1.774	0.2394	203	0.2123	3336	X-RAY DIFFRACTION	95
1.774-1.8017	0.2787	165	0.2037	3421	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8017-1.8312	0.2529	201	0.2004	3398	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8312-1.8627	0.2881	181	0.2007	3367	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8627-1.8965	0.2731	208	0.2009	3443	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8965-1.9329	0.2539	164	0.1988	3389	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9329-1.9723	0.2598	187	0.1932	3403	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9723-2.0151	0.2559	168	0.1826	3431	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0151-2.0618	0.2454	187	0.18	3389	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0618-2.1132	0.219	159	0.1819	3448	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1132-2.1702	0.2287	174	0.1756	3452	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1702-2.2339	0.2367	156	0.1827	3446	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2339-2.3057	0.2662	173	0.1875	3458	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3057-2.3878	0.2388	176	0.192	3414	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3878-2.483	0.2493	160	0.2022	3518	X-RAY DIFFRACTION	96
2.483-2.5954	0.2614	197	0.1987	3450	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5954-2.7315	0.2151	194	0.1931	3403	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7315-2.9014	0.2391	168	0.1889	3489	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9014-3.1236	0.1965	177	0.1836	3480	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1236-3.4344	0.2023	198	0.1718	3488	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4344-3.9235	0.1869	195	0.1571	3450	X-RAY DIFFRACTION	96
3.9235-4.9136	0.1907	163	0.1553	3233	X-RAY DIFFRACTION	89
4.9136-14.9081	0.2643	144	0.1988	3025	X-RAY DIFFRACTION	82

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.132	0.0978	-0.2747	0.406	-0.195	0.5486	0.0112	0.0504	0.0215	0.1182	0.0289	0.0496	-0.0008	-0.049	-0.0401	0.0183	-0.0035	-0.0004	0.0669	0.0083	0.0321	10.1632	3.7269	42.9187
2	0.0217	-0.0406	-0.0395	0.5426	0.0633	0.1015	-0.0048	-0.008	0.0067	-0.0046	0.0151	0.0017	0.0119	0.0187	-0.0103	0.0112	-0.0044	-0.0061	0.0527	0.0023	0.0295	19.8413	-1.1899	29.1356
3	0.1039	0.1714	-0.0005	0.4141	-0.0289	0.0719	-0.0148	0.015	-0.0071	-0.0197	0.0092	-0.0056	0.0043	-0.0119	0.0056	0.0084	0.0001	-0.0014	0.0464	-0.0017	0.0365	41.0619	28.8156	-7.7911
4	0.0942	0.075	-0.0248	0.5088	-0.0925	0.0903	-0.0042	0.0046	-0.0102	-0.0011	0.0003	0.0051	-0.0024	0.0005	0.004	0.0058	-0.0011	-0.0034	0.0456	-0.0034	0.0314	35.2492	33.7287	8.2541

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN L AND ( RESID 1:213 OR RESID 301:422 ) )	L	1 - 213
2	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN L AND ( RESID 1:213 OR RESID 301:422 ) )	L	301 - 422
3	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN H AND ( RESID 1:220 OR RESID 301:474 ) )	H	1 - 220
4	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN H AND ( RESID 1:220 OR RESID 301:474 ) )	H	301 - 474
5	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN M AND ( RESID 1:213 OR RESID 301:449 ) )	M	1 - 213
6	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN M AND ( RESID 1:213 OR RESID 301:449 ) )	M	301 - 449
7	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN I AND ( RESID 1:220 OR RESID 301:518 ) )	I	1 - 220
8	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN I AND ( RESID 1:220 OR RESID 301:518 ) )	I	301 - 518

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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