PDB-3uve: Crystal structure of Carveol dehydrogenase ((+)-trans-carveol deh...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3uve

タイトル

Crystal structure of Carveol dehydrogenase ((+)-trans-carveol dehydrogenase) from Mycobacterium avium

要素

Carveol dehydrogenase ((+)-trans-carveol dehydrogenase)

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

(+)-trans-carveol dehydrogenase / (+)-trans-carveol dehydrogenase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium avium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...

履歴

登録	2011年11月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年3月11日	Group: Database references
改定 1.2	2015年4月15日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3uve.cif.gz	436.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3uve.ent.gz	358.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3uve.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3uve_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3uve_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	3uve_validation.xml.gz	51 KB	表示
CIF形式データ	3uve_validation.cif.gz	73.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/3uve ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/3uve	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gvcC 3gvgC 3gwcC 3h7fC 3h81C 3he2C 3hwiC 3hwkC 3hzgC 3icoC 3khpC 3llsC 3moyC 3mpzC 3mybC 3ndnC 3ndoC 3nf4C 3ng3C 3njdC 3nwoC 3o0mC 3o38C 3oc6C 3oc7C 3oi9C 3oksC 3omeC 3p0tC 3p2yC 3p4iC 3p4tC 3p5mC 3p85C 3pe8C 3pk0C 3ppiC 3pzyC 3q1tC 3q8nC 3qbpC 3qdfC 3qhaC 3qivC 3qk8C 3qkaC 3qljC 3qmjC 3qreC 3quaC 3quvC 3qxiC 3qxzC 3qyrC 3r0oC 3r1iC 3r1jC 3r20C 3r2nC 3r4tC 3r6hC 3r6oC 3r7kC 3r8cC 3r9pC 3r9qC 3r9rC 3r9sC 3r9tC 3rd5C 3rd7C 3rd8C 3rfqC 3rihC 3rr2C 3rr6C 3rrpC 3rrvC 3rsiC 3rv2C 3s82C 3sbxC 3sf6C 3sllC 3svkC 3svtC 3swoC 3swtC 3swxC 3t3wC 3tavC 3tcrC 3tdeC 3tjrC 3tl3C 3tlfC 3trrC 3tx2C 3tzqC 3tzuC 3u0aC 3ucxC 4di1C 4dieC 4dq8C 4dxlC 4ed4C 4egeC 4egfC 4emdC 4eo9C 4eyeC 4f3wC 4f47C 4ffcC 4gk6C 4hdtC 4hr3C 4i1yC 4ijnC 4iv6C 4iz9C 4j5iC 4kamC 4lgvC 4o2dC 3t7cS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3t7c-d 3oec-d 3s55-2 3tl3-1 5aga-d 3ai2-1 1g0o-d 3vdr-d 4flv-d 5ej2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: MyavA.01326.d

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (3) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Carveol dehydrogenase ((+)-trans-carveol dehydrogenase)

B: Carveol dehydrogenase ((+)-trans-carveol dehydrogenase)

C: Carveol dehydrogenase ((+)-trans-carveol dehydrogenase)

D: Carveol dehydrogenase ((+)-trans-carveol dehydrogenase)

ヘテロ分子

125 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.610, 59.440, 108.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.100, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carveol dehydrogenase ((+)-trans-carveol dehydrogenase) 分子量: 30305.566 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium avium (バクテリア) 株: 104 / 遺伝子: MAV_0896 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0QB72, UniProt: A0A0H2ZTN5*PLUS, (+)-trans-carveol dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 893 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.3 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.62 詳細: EBS internal tracking number 224967H10. From a focus screen based on JCSG C6. Reservoir: 42.5% PEG 300, 0.1 M phosphate-citrate, MyavA.01326.d.A1 PS00817 at 48 mg/mL, pH 4.62, VAPOR ...詳細: EBS internal tracking number 224967H10. From a focus screen based on JCSG C6. Reservoir: 42.5% PEG 300, 0.1 M phosphate-citrate, MyavA.01326.d.A1 PS00817 at 48 mg/mL, pH 4.62, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

結晶

マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.3 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.62
詳細: EBS internal tracking number 224967H10. From a focus screen based on JCSG C6. Reservoir: 42.5% PEG 300, 0.1 M phosphate-citrate, MyavA.01326.d.A1 PS00817 at 48 mg/mL, pH 4.62, VAPOR ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 180725 / Num. obs: 161312 / % possible obs: 89.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.72 % / B_iso Wilson estimate: 20.012 Å² / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 12.79

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.55-1.59		2.4	0.468	2.4	29537	12423	93.6
1.59-1.63			0.387	3	30185	12125	93.5
1.63-1.68			0.348	3.4	29898	11811	93.3
1.68-1.73			0.293	4.1	29144	11320	92.8
1.73-1.79			0.245	5	28848	11010	92.4
1.79-1.85			0.201	6	28130	10525	91.7
1.85-1.92			0.153	7.7	27581	10130	91.2
1.92-2			0.119	9.6	26597	9651	90.4
2-2.09			0.099	11.5	25502	9200	89.8
2.09-2.19			0.078	13.8	24530	8744	89.2
2.19-2.31			0.065	16.1	23270	8209	88.2
2.31-2.45			0.056	18	22168	7741	87.4
2.45-2.62			0.049	20	20774	7162	86.3
2.62-2.83			0.042	22.9	19327	6619	85.2
2.83-3.1			0.035	26.2	17853	6040	84.3
3.1-3.47			0.029	31.5	16062	5366	83.1
3.47-4			0.024	36.3	14088	4691	81.8
4-4.9			0.021	39.8	12108	3937	80.9
4.9-6.93			0.023	36.8	9304	3004	79.2
	6.93		0.021	38.7	4910	1604	74.3

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	48.8 Å
Translation	2.5 Å	48.8 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3T7C

3t7c

解像度: 1.55→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.97 / SU B: 2.118 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.16	8057	5 %	RANDOM
R_work	0.146	-	-	-
obs	0.146	161312	89.25 %	-
all	-	180725	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.798 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.32 Å²	0 Å²	-0.11 Å²
2-	-	-0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8326	0	236	893	9455

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	8933
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	5905
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.534	1.984	12204
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.147	3	14499
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.34	5	1186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.201	23.908	348
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.165	15	1402
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.885	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	1406
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	10011
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1737

LS精密化シェル

解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.247	579	-
R_work	0.234	11549	-
all	-	12128	-
obs	-	-	93.42 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2731	-0.0021	-0.0813	0.3078	0.0051	0.3389	-0.0027	-0.0151	0.0169	0.0147	-0.0079	0.0379	-0.0264	-0.014	0.0105	0.0156	-0.0013	0.0077	0.0029	-0.0054	0.0161	9.054	4.167	42.569
2	0.3161	0.0047	0.0905	0.2932	0.0008	0.3185	0.0025	-0.024	-0.0202	0.0126	-0.0041	-0.0131	0.0294	0.0555	0.0016	0.0187	0.0018	-0.0076	0.0292	0.0092	0.007	39.607	-5.5	42.963
3	0.3004	0.0167	-0.0508	0.2486	0.0116	0.3243	-0.0027	0.0244	0.0201	-0.0131	-0.0038	-0.0044	-0.0319	0.0562	0.0065	0.016	-0.0023	0.0013	0.0263	0.0099	0.0049	39.64	3.149	11.317
4	0.2852	-0.0076	0.111	0.3251	0.0242	0.3352	0.0025	0.0146	-0.0138	-0.0107	-0.0097	0.039	0.0245	-0.0154	0.0072	0.0201	0.0014	-0.0152	0.0033	-0.0047	0.0177	9.066	-6.697	11.783

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 282
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	300 - 310
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	286 - 931
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 282
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	286 - 310
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	287 - 936
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 282
8	X-RAY DIFFRACTION	3	C	300 - 310
9	X-RAY DIFFRACTION	3	C	286 - 937
10	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 282
11	X-RAY DIFFRACTION	4	D	300 - 310
12	X-RAY DIFFRACTION	4	D	286 - 934

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