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万見
- PDB-3uky: Mouse importin alpha: yeast CBP80 cNLS complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uky
タイトルMouse importin alpha: yeast CBP80 cNLS complex
要素
  • Importin subunit alpha-2
  • Nuclear cap-binding protein complex subunit 1
キーワードPROTEIN TRANSPORT/PROTEIN BINDING / Arm repeat / Armadillo repeat / Nuclear transport / nuclear localisation signal binding / importin beta binding / PROTEIN TRANSPORT-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Processing of Intronless Pre-mRNAs / nuclear cap binding complex / RNA cap binding / Sensing of DNA Double Strand Breaks / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / primary miRNA processing / regulation of mRNA processing / positive regulation of viral life cycle / mRNA 3'-end processing ...Processing of Intronless Pre-mRNAs / nuclear cap binding complex / RNA cap binding / Sensing of DNA Double Strand Breaks / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / primary miRNA processing / regulation of mRNA processing / positive regulation of viral life cycle / mRNA 3'-end processing / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / commitment complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / response to osmotic stress / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / nuclear import signal receptor activity / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / nuclear localization sequence binding / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / NLS-bearing protein import into nucleus / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / 7-methylguanosine mRNA capping / mRNA export from nucleus / mRNA transcription by RNA polymerase II / mRNA splicing, via spliceosome / cytoplasmic stress granule / protein import into nucleus / host cell / DNA-binding transcription factor binding / postsynaptic density / mRNA binding / glutamatergic synapse / perinuclear region of cytoplasm / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
MIF4G-like, type 1 / MIF4G-like, type 2 / Nuclear cap-binding protein subunit 1 / MIF4G like / MIF4G like / MIF4G domain / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat ...MIF4G-like, type 1 / MIF4G-like, type 2 / Nuclear cap-binding protein subunit 1 / MIF4G like / MIF4G like / MIF4G domain / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear cap-binding protein complex subunit 1 / Importin subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Marfori, M. / Forwood, J.K. / Lonhienne, T.G. / Kobe, B.
引用ジャーナル: Traffic / 年: 2012
タイトル: Structural Basis of High-Affinity Nuclear Localization Signal Interactions with Importin-alpha
著者: Marfori, M. / Lonhienne, T.G. / Forwood, J.K. / Kobe, B.
履歴
登録2011年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Importin subunit alpha-2
C: Nuclear cap-binding protein complex subunit 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3502
ポリマ－59,3502
非ポリマー00
水3,819212
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2380 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area18650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.195, 89.747, 98.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Importin subunit alpha-2 / Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit ...Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit / PTAC58 / RAG cohort protein 1 / SRP1-alpha


分子量: 55268.473 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 70-529 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kpna2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52293
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear cap-binding protein complex subunit 1 / Cap-binding protein 80 / CBP80


分子量: 4081.608 Da / 分子数: 1 / 断片: yCBP80 cNLS peptide, residues 1-30 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: CBP80 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P34160
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.8M sodium citrate, 10mM DTT, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.953693 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953693 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50.57 Å / Num. obs: 29432 / % possible obs: 68.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PJN

1pjn


解像度: 2.35→43.18 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.39 / SU ML: 0.29 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2152 1437 5.07 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.1894 28351 95.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 27.981 Å2 / ksol: 0.346 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 237.8 Å2 / Biso mean: 38.6603 Å2 / Biso min: 9.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6669 Å2-0 Å20 Å2
2---6.3126 Å2-0 Å2
3---6.9795 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→43.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3378 0 0 212 3590
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023451
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5964696
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043561
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003604
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4391283
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.35-2.4340.25921220.25022392251486
2.434-2.53140.32951300.25452510264091
2.5314-2.64660.3051310.24082560269193
2.6466-2.78610.27141620.22372605276795
2.7861-2.96070.24051310.20082722285398
2.9607-3.18920.22431420.19712743288598
3.1892-3.510.21081610.19562770293199
3.51-4.01760.18831490.169427902939100
4.0176-5.06050.16381490.143728472996100
5.0605-43.18680.18931600.17429753135100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0923-0.20030.07190.5357-0.24960.5183-0.3472-0.2171-0.09230.3648-0.20740.64670.1964-0.5727-0.03430.5799-0.24460.05170.2067-0.02880.4601-2.0265-16.9729-13.895
21.1462-0.18780.31321.01080.03670.61870.174-0.0961-0.24710.2889-0.05850.01260.2623-0.0316-0.01450.2378-0.0369-0.03720.173-0.00530.20925.518-11.6778-13.6378
30.5963-0.00880.09760.91250.2601-0.37360.080.01720.0321-0.0567-0.05320.00930.03540.0272-0.010.15840.0145-0.02370.1119-0.01520.13476.96735.8289-17.7704
40.388-0.6258-0.24720.62490.51260.59830.0467-0.04480.0933-0.0699-0.0186-0.0485-0.01050.0166-0.03560.0829-0.00530.00470.0801-0.00410.1746-0.982823.4357-11.1454
51.4569-0.6441-0.84690.25450.30651.42630.0366-0.15840.1961-0.06050.1268-0.2515-0.08550.10830.09210.1071-0.00710.0090.0888-0.04770.223-8.348835.587.0825
60.50170.0444-0.18470.27310.15210.3497-0.031-0.95520.47570.17010.1292-0.0939-0.00920.2382-0.06630.22620.0175-0.07150.4135-0.08830.2837-7.922137.358523.3107
72.3278-0.52820.4262.83051.43651.2219-0.6766-1.83790.3051.17510.99720.0804-0.40220.0477-0.1050.5442-0.0679-0.0560.6944-0.2660.3997-11.75146.099229.9622
81.0004-0.64760.06291.2081-0.0827-0.00160.2854-0.88570.02651.31080.3231-0.68590.37991.0173-0.10610.81340.0382-0.3031.1879-0.09650.5476-0.202237.546734.4157
90.27290.22970.07860.60550.16860.28520.0601-0.0288-0.7994-0.21160.1713-0.07280.91950.3915-0.08470.6160.05380.11160.4302-0.17140.58242.753630.99286.827
101.6173-0.14571.22192.0945-0.18531.42570.30710.1082-0.178-0.0812-0.25960.78480.185-0.2326-0.09190.3291-0.0522-0.00090.2971-0.09060.3104-2.74122.8751-9.5607
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain B and resid 71:78)B71 - 78
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 79:123)B79 - 123
3X-RAY DIFFRACTION3(chain B and resid 124:220)B124 - 220
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 221:310)B221 - 310
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 311:414)B311 - 414
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 415:449)B415 - 449
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 450:472)B450 - 472
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 473:497)B473 - 497
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 3:23)C3 - 23
10X-RAY DIFFRACTION10(chain C and resid 24:30)C24 - 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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