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万見
- PDB-3u7w: Crystal structure of NIH45-46 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u7w
タイトルCrystal structure of NIH45-46 Fab
要素
  • Heavy chain, Ig gamma-1 chain C region
  • Light chain, Ig kappa chain C region
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ig fold / Antibody / HIV gp120
機能・相同性
機能・相同性情報


IgD immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / Fc-gamma receptor I complex binding / CD22 mediated BCR regulation / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / antibody-dependent cellular cytotoxicity ...IgD immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / Fc-gamma receptor I complex binding / CD22 mediated BCR regulation / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / antibody-dependent cellular cytotoxicity / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / immunoglobulin mediated immune response / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Scavenging of heme from plasma / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / complement activation, classical pathway / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / antigen binding / Cell surface interactions at the vascular wall / FCERI mediated MAPK activation / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / blood microparticle / immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...: / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa constant / Immunoglobulin heavy constant gamma 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Diskin, R. / Bjorkman, P.J.
引用ジャーナル: Science / 年: 2011
タイトル: Increasing the Potency and Breadth of an HIV Antibody by Using Structure-Based Rational Design.
著者: Diskin, R. / Scheid, J.F. / Marcovecchio, P.M. / West, A.P. / Klein, F. / Gao, H. / Gnanapragasam, P.N. / Abadir, A. / Seaman, M.S. / Nussenzweig, M.C. / Bjorkman, P.J.
履歴
登録2011年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月21日Group: Database references
改定 1.22017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 2.02019年12月25日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue ...entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / software / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 2.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Heavy chain, Ig gamma-1 chain C region
L: Light chain, Ig kappa chain C region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6837
ポリマ－48,0902
非ポリマー5945
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4870 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area20650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.380, 87.390, 166.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 Heavy chain, Ig gamma-1 chain C region


分子量: 25089.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHG1 / 細胞株 (発現宿主): HEK 2936E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01857
#2: 抗体 Light chain, Ig kappa chain C region


分子量: 23000.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGKC / 細胞株 (発現宿主): HEK 2936E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01834

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糖 , 1種, 1分子

#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 129分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 12% polyethylene glycol 20,000, 0.1 M sodium acetate pH 5.0, 0.1 M sodium/potassium tartrate, 0.02 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年4月25日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→38.8 Å / Num. all: 22923 / Num. obs: 22795 / % possible obs: 99.5 %
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.6-2.6929199.3
2.6929-2.8007199
2.8007-2.9281199.8
2.9281-3.0824199.5
3.0824-3.2755199.4
3.2755-3.5282198.1
3.5282-3.883199.5
3.883-4.4441198.3
4.4441-5.5964199.2
5.5964-38.6889198

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Web-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_805)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3NGB

3ngb


解像度: 2.6→38.685 Å / SU ML: 0.89 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2381 1136 5.01 %5%
Rwork0.1841 ---
all0.187 22923 --
obs0.1868 22692 99.04 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.819 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3458 Å2-0 Å20 Å2
2---1.8509 Å2-0 Å2
3---2.1967 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→38.685 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3380 0 37 125 3542
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043503
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8384747
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0291270
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057516
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004610
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.71830.39261390.34532640X-RAY DIFFRACTION99
2.7183-2.86160.33941400.2732647X-RAY DIFFRACTION100
2.8616-3.04080.26951410.21372672X-RAY DIFFRACTION100
3.0408-3.27550.22651410.18342684X-RAY DIFFRACTION100
3.2755-3.60490.26161400.18222648X-RAY DIFFRACTION98
3.6049-4.1260.23011410.17222722X-RAY DIFFRACTION99
4.126-5.19630.17621450.132693X-RAY DIFFRACTION99
5.1963-38.68890.22371490.18222850X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3732-0.48080.90454.6362-1.2692.0924-0.1384-0.0133-0.1997-0.04620.38010.79990.1821-0.4039-0.20950.1721-0.02970.05310.34630.03590.32899.3457.49511.7049
25.5691-0.95821.80332.00251.44942.2728-0.2675-0.1743-0.08020.16610.3218-0.01760.1217-0.4585-0.02370.12790.02190.01990.2581-0.05150.181218.801314.3983.9234
31.75451.659-0.4632.27920.39072.4353-0.08080.1733-0.1806-0.1182-0.0175-0.13330.10530.1570.08120.17460.07210.0250.2948-0.00670.219420.768811.3858-0.3401
42.19981.8653-1.88951.8712-2.04813.7725-0.17030.23840.02670.03410.3110.33530.2347-0.4642-0.15690.26050.02250.03980.31130.04640.31315.22473.299514.2888
53.17020.14890.09824.3084-1.10110.5362-0.2022-0.7755-0.08391.12350.24210.62010.2567-0.2012-0.2280.61090.04390.24830.37240.13520.4556-6.8976-3.136437.7543
61.45081.0624-0.10131.42630.57632.70140.0534-0.14930.32810.26640.35540.757-0.3411-0.7741-0.24490.47430.1210.20970.40060.20140.4876-7.00021.599928.6152
76.32651.2081-0.4153.6958-0.13697.5045-0.0740.1798-0.03340.59910.12750.7720.3985-1.30260.05430.53290.02880.17390.76330.19480.8616-15.8058-6.234331.4761
85.8684-1.3767-2.07184.42210.17472.9241-0.6057-0.6143-0.68120.8934-0.0870.24460.48650.21130.63280.25780.03210.01010.39390.09010.253623.203616.852226.7698
93.0499-1.2083-4.12122.85970.39976.3821-0.3032-0.2650.20750.54980.187-0.23860.12360.41670.15040.31440.0229-0.00020.19110.0180.217727.740619.354719.2101
102.98140.4638-0.86448.82390.17585.85340.1542-0.20770.3746-0.06220.1830.7569-0.1343-0.6609-0.22450.29910.03670.02660.42350.08850.273418.285326.39216.6686
116.5619-6.0421-4.62037.54474.82713.83670.4055-0.59050.20840.2799-0.0136-0.6032-0.55921.197-0.26850.4029-0.1233-0.00550.49550.05460.298229.48625.153923.3987
121.04840.6471-0.70320.6834-0.35650.41940.00270.02030.19820.4717-0.11480.20710.0952-0.3558-0.09740.29150.07180.07310.33010.010.257217.066717.400426.3603
130.89760.6064-0.3425.3717-0.14791.6092-0.1584-0.11180.0091-0.1690.2495-0.1231-0.0880.02-0.08260.38340.03360.18510.30310.03340.36223.2952-2.332938.0225
142.69952.5733-0.81523.0784-0.81151.7910.0349-0.146-0.44220.1353-0.083-0.52930.27170.01950.15120.41220.0460.16930.24820.07870.32112.8776-10.437742.9505
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resseq 2:25)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resseq 26:45)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resseq 46:103)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resseq 104:128)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resseq 129:149)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resseq 150:207)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resseq 208:221)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resseq 1:18)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resseq 19:36)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resseq 37:59)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'L' and (resseq 60:73)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resseq 74:113)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'L' and (resseq 114:174)
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'L' and (resseq 175:214)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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