+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3tb2 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | 1-Cys peroxidoxin from Plasmodium Yoelli | ||||||
要素 | 1-Cys peroxiredoxin | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peroxiredoxin activity / cell redox homeostasis / cellular response to oxidative stress / mitochondrion / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Plasmodium yoelii (ヨーエリマラリア原虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Qiu, W. / Artz, J.D. / Vedadi, M. / Sharma, S. / Houston, S. / Lew, J. / Wasney, G. / Amani, M. / Xu, X. / Bray, J. ...Qiu, W. / Artz, J.D. / Vedadi, M. / Sharma, S. / Houston, S. / Lew, J. / Wasney, G. / Amani, M. / Xu, X. / Bray, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Hui, R. / Bochkarev, A. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Biochem.Parasitol. / 年: 2007 タイトル: Genome-scale protein expression and structural biology of Plasmodium falciparum and related Apicomplexan organisms. 著者: Vedadi, M. / Lew, J. / Artz, J.D. / Amani, M. / Zhao, Y. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Gao, M. / Hills, T. / Brokx, S. / Qiu, W. / Sharma, S. / Diassiti, A. / Alam, Z. / Melone, M. / Mulichak, ...著者: Vedadi, M. / Lew, J. / Artz, J.D. / Amani, M. / Zhao, Y. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Gao, M. / Hills, T. / Brokx, S. / Qiu, W. / Sharma, S. / Diassiti, A. / Alam, Z. / Melone, M. / Mulichak, A. / Wernimont, A. / Bray, J. / Loppnau, P. / Plotnikova, O. / Newberry, K. / Sundararajan, E. / Houston, S. / Walker, J. / Tempel, W. / Bochkarev, A. / Kozieradzki, I. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Roos, D. / Kain, K. / Hui, R. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3tb2.cif.gz | 198.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3tb2.ent.gz | 166.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3tb2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3tb2_validation.pdf.gz | 495.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 3tb2_full_validation.pdf.gz | 501.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3tb2_validation.xml.gz | 40.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3tb2_validation.cif.gz | 57.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tb/3tb2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tb/3tb2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1txjC 1xccC 1y6zC 1z6gC 1z7dC 1z81C 1zo2C 2a22C 2a4aC 2aifC 2amxC 2aqwC 2av4C 2awpC 2ayvC 2b71C 2bddC 2f4zC 2fdsC 2ffcC 2fo3C 2fu0C 2ghiC 2h1rC 2h2yC 2h66C 2hjrC 2hteC 2hvgC 3pggC C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25360.250 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Pet15 Tev Is a Modification of Pet15b (novagen) with Thrombin Site Replaced with Tev Site. 由来: (組換発現) Plasmodium yoelii (ヨーエリマラリア原虫) 遺伝子: py04285 / プラスミド: pET15-TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q86SB3 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.46 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: # 22% Peg 3350, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 0.2M Lithium Sulfate, 5% Ethylene Glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH 5.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月6日 |
放射 | モノクロメーター: UNKNOWN / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→100 Å / Num. obs: 56255 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 44.44 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.397 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.3→78.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9529 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9373 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.41 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.223 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→78.42 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
|